段系決定不顧一切改選總統，南方的桂系則盡一切努力想延長馮國璋的總統任期。7年8月31日廣州非常國會宣言，將繼續召集護法會議，並進行總統的選舉。對於所有北京政府締結的對外條約和公布的法律，一概認為無效。政學系的議員進一步主張即選馮國璋為大總統。9月2日廣州的軍政府發表宣言，否認安福國會有選舉總統之權，如果選出了總統，西南決不承認。
段系既然決心要選舉，為了怕發生意外，於是召奉軍一旅開到南苑。張作霖向北京政府呈請恢複張勳的自由，而康有為又公然到了北京，於是北京內外人心皇皇，以為又要發生第二次復辟。
9月4日，安福國會組織兩院選舉委員會，到議員436人，徐世昌以425票當選為總統。據說投票前每位議員都領了出席費和一張徐世昌親筆題名的照片，少數不受控制的議員則以每張票5000元收買，由安福系所辦的華通銀行付款。整個大選經費是從日本借款中提出的。議員們在投票後，段內閣分別不同身價聘他們為顧問、咨議，每月送乾薪200元到1000元不等。
9月5日繼續選副總統，兩院議員到者僅88人，因人數不足流會。副總統本有四個人有希望競選，是馮國璋、段祺瑞、張作霖、曹錕。馮、段已有承諾同時下野，張作霖亦自動放棄，於是只剩下曹錕一人。交通系主張不要選北洋軍人，以免西南更走極端，俾讓徐世昌發動和平。積極主張的是梁士詒，北洋部分軍人認為梁是廣東人，想促成南方人當副總統，可是梁士詒則說他是希望緩選副座以留待對統一和平有功之人。梁曾有函致北洋軍人申述自己意見書云：
「夫主張速選者，本謂選出曹使，則北洋系固結可期。士詒忝廁北洋有年，北洋系之固結，邇年來竭力經營，未嘗稍懈。然士詒愛北洋系，而尤愛國家；且愛國家，即所以愛北洋系也。夫主張速選，以固結北洋系者，惟知固結北洋系，而不知因此足令國家分裂。曷言乎足令國家分裂？今日大總統已下令勸和，全國士商，多求罷戰，是和平統一已為全國心理所同趨，苟無意外之阻力發生，則和平統一，當可告成。今若速選曹使為副座，則全國士商，不免大起猜疑，將謂中央又復主戰，而西南人士，必以為故表對敵之意，是使已熟之和平終於無果。此足令國家分裂理由一也。西南對於主座之個人，本是同欽共仰，惟對於主座之選舉，猶以違法相攻，今若選曹使為副座則彼等必合個人與選舉而並攻之，其終也必至危及主座，若是則政局愈紛，去和平統一愈遠矣。此足令國家分裂之理由二也。副座未選之前，則西南猶懷或歸己得之望，此望未絕，則和平統一之機尚存。若一旦選出，則此望遂絕，而彼等必自行選舉，若是則南北分立之局以成，而和平統一終於無望。此足令國家分裂之理由三也。有此三理由，故士詒主張緩舉為有益於時局也。」
梁士詒因此一主張而和直繫結怨，日後梁組閣受到吳佩孚的激烈反對，大部分由此而起。
徐世昌當選總統後有歌電謙辭，這是北洋政府官僚們例行地做作姿態。電云：
「國會成立，適值選舉總統之期，乃以世昌克膺斯選，世昌愛民愛國，豈後於人，初非沽高蹈之名，並不存畏難之見。惟惓念國家杌隉之形，默察商民顛連之狀，質諸當世，返諸藐躬，實有非衰老之軀，所能稱職者。並非謙讓。實本真誠，謹為我國會暨全國之軍民長官並林下諸先生一言，幸垂聽焉！民國遞嬗，變亂屢經，想望承平，徒存虛願，但艱危狀況，有什佰於當時者。道德不立，威信不行。紀綱不肅，人心不定、國防日亟，邊陲之擾亂堪虞、歐戰將終，世局之變遷宜審。其他凡事實所發現，情勢所抵牾，當局諸公，目擊身膺，寧俟昌之喋喋？是即才能學識，十倍於昌，處此時艱，殆將束手，此愛國而無補於國，不能不審顧躊躇者也。國之本在民，乃者烽火之警，水潦之災，商業之停滯，金融之頓挫，土匪劫掠，村落為墟，哀哀窮民，無可告訴。吏無撫治之方，人鮮來蘇之望，固無暇為教養之計畫，並不能蘇喘息於須臾。忝居民上，其謂之何？睹此流離困苦之國民，無術以善其後，復何忍侈談政策，愚我編氓？此愛民而無以保民，更悚惕而不自安者也。然使假昌以壯盛之年，亦未嘗無澄清之志。今則衰病侵尋，習於閑散，偶及國事，輒廢眠食。若以暮齒，更忝高位，將徒抱愛國愛民之願，必至心有餘而力不足，精神不注，叢脞堪虞，智慮不充，疏漏立見。既恐以救國者轉貽國羞，更恐以救民者適為民病，彼時無以對我全國之民，更何以對諸君子乎？吾斯未信，不敢率爾以從，心所謂危，謹用掬誠以告，惟我國會暨我全國之軍民長官，盱衡時局，日切隱憂，所望各勉責任，共濟艱難，起垂蹙之民生，登諸衽席。挽瀕危之國運，繫於苞桑。昌雖在野，禱祀求之矣。邦基之重，非所敢承，幹濟艱屯，必有賢俊，幸全塵翮，俾遂初服。除致函參眾兩院懇辭，並函達馮大總統國務院外，特此電達。」
歌電發出後，北方軍閥當然一致敦促如期就職，只有南方是勸阻徐就職的，廣州軍政府由岑春煊、伍廷芳兩總裁聯合拍電致徐，勸勿就職。
「讀歌日通電，借悉非法國會選公為總統，公既惕世變，復自謙抑，竊為公能周察民意，不願冒登大位，至可欽佩。惟公之立言，雖咨嗟太息於國事之敗壞，而所以致敗壞之原因，公未嘗言之，此春煊、廷芳所不能默爾而息者。致亂之故，雖非一端，救國之方，理或無二。一言以次之曰：『奉法守度而已』。《約法》為國命所託，有悍然不顧而為法外之行動者，有託名守法而行壞法之實者，均足以召亂。自國會被非法解散，《約法》精神橫遭斲喪，既無以杜奸人覬覦之心，更無以平國民義憤之氣。護法軍興，志在盪亂，北庭怙惡，視若寇讎，譸張為幻，與日俱積，以為民國不可無國會，而竟以私意構成之，總統不可無繼人，而竟以非法選舉之。自公被選，國人深感北庭無悔禍之誠，更無以測公意之所在。使公能毅然表示於眾曰：『非法之舉，不能就也，助亂之舉，不可從也。』如此國人必高公義，即仇視國會，或感公一言而知所變計。戢亂止暴，國人敢忘其功？惜乎公雖辭職，而於非法國會之選舉，竟無一詞以正之也。竊慮公未細察，受奸人盅惑，不能堅持不就職之旨，此後國事，益難收拾，天下後世，將謂公何？如有謂公若將就職，而某某等省，可以單獨媾和者；國會可以取消，從新組織者；護法各省，如不服從，仍可以武力壓制之者，此等莠言，皆欲踞公於爐火之上，而陷民國於萬劫不復耳。願公堅塞兩耳，切勿妄聽。公從政有年，富於閱歷，思保令名，宜由正軌。煊、遷忝列舊交，愛國愛公，用特忠告，幸留意焉！」
馮國璋收到徐世昌一函，內容和歌電相同，立函復徐世昌，敦請出山，詞意誠摯，函云：
「頃奉大函，以國會成立，選舉我公為中華民國大總統，虞棼絲之難理，辭高位而不居。謙德深光，孤標獨峻，即茲舉動，具仰儀型。惟審察現在國家之情形，與夫國民感受之痛苦，倒懸待解，及溺須援。天下事尚有可為，大君子何遽出此？略抒胸臆，幸垂察焉！比年以來，迭更事變，魁杓既無所專屬，法律幾成為具文。內則罥斧相尋，外則風雲日惡，以雲險象，莫過今茲。……然危廈倘易棟樑，或可免於傾圯，洪波但得舟楫，又何畏夫風濤？不患無位，而患無才；亦有治人，乃有治法。我公淵襟睿略，傑出冠時，具世界之眼光，蘊經綸於懷抱。與國記樞密之姓名，方鎮多幕府之偏裨，一殿巋然，萬流奔赴。天眷中國，重任加遺，所望握統馭之大權，建安攘之偉業，公雖卑以自牧，遜謝不遑，而欲延共和垂絕之紀年，當此固舍公莫屬也。邦本在民，誠如明示。爾在兵連禍結，所至為墟，士持千里之糧，民失一椽之庇。瘡痍滿目，饑饉洊臻，定人謀之不臧，抑天心之未厭？我公仁言利溥，感人自深，縱博濟猶病聖人，恩澤難偏於枯朽，而至誠可格天地，戾氣或化為祥禨，況旋轉之功，匪異人任，惻隱之念，有動於中，必能噓備瘠以陽春，挽沉冥之浩劫。公謂教養匪易，慮遠心長，實則彼呼號待盡之孑黎，此日已望公如歲也。夫以我公之憂國愛民也如彼，而國與民之相需於我公者又如此，既系安危之重，忍占肥遁之貞，平日以道義相期，不能不希我公之變計矣。至若慮蹉跎於晚歲，益足征沖淡之虛懷，但公本神明強固之身，群以整頓乾坤相屬，雖諸葛素持謹慎，而衡武詎至倦勤，亦惟有企視老成，發揮緒餘，以資矜式耳。國璋行能無似，謬攝政權，歷一稔之期間，貽百端之叢脞，清夜內訟，良用慚惶，所代及時，負擔獲馳，徒抱和平之虛願，私冀收效於將來。我公為群帥所歸心，小民所託命，切盼信期就職，早釋糾紛，庶望治者得以慰延頸跂足之勞，而承乏者不至有接替無人之懼，耳目爭屬，心理皆同，謹布區區，願言夙駕，專肅奉復。」
徐世昌這年64歲，他是北洋的元老和重臣，本身不是軍閥。在前清時代，外任總督，內握軍機，民國時代則以超然姿態為政治上一大力量，因老成望重，而為北方