段祺瑞討伐南方，武力統一的政策行不通，又受直系的反對，湖南情勢又突變，他只能出之辭職一途了。當他辭呈尚未提出時，江蘇督軍李純又來電建議總理不兼陸軍總長、解散臨時參議院、派唐紹儀為北方議和總代表、迅速召開南北和議。
11月16日段被迫提出辭呈，同時發出「正密」銑電痛論北洋派團結的必要，以及自己不得不辭職的苦衷，電云：
「祺瑞自五月罷職以後，久已厭絕人事，閉門謝客，國變再出，大違初衷。就任以來，賴諸君子群策群力，共濟艱難，私冀發揮我北洋同袍之實力，統一國家，奠寧宇內，庶幾人民得以安堵，法治乃能設施。此次西南之役，……迭經閣議，詢謀無間，既非私心自用，又非黷武佳兵，耿耿此心，可對同志。（指北洋同志）……乃奸人煽惑，軍無鬥志，刪日王汝賢、范國璋等通電傳來，閱之痛惜。不意我同袍中，競有此不顧大局之人，干紀禍國，至於此極也。……今日中國，盜賊盈途，奸人恣肆，綱紀日夷，習俗日敝，所謂護法護國，有名無實，徒供欺詐者譸張為幻之具。……環顧國內，惟有我北方軍人實力，可以護法護國。果能一心同德，何國不成，何力不就。辛亥癸丑之間，我北方軍人，人數不及今日三之一，地利不及今日三之一，所以能統一國家者，心志一而是非明也。近來南方黨徒，亦知我北方軍人，宗旨正大，根底盤深，非彼西南勢力所能兼并，乃別出陰謀，一曰利用，二曰離間，三曰誘餌，昌言反對者，固為彼所深仇，即與之周旋，亦是佯為結好；無非啟我鬩牆之爭，收彼漁人之利，始以北方攻北方，繼以南方攻北方，終至於滅國亡種而後快。王汝賢為虎作倀，飲鴆而甘，撫今追昔，能無憤慨，湘省之事，非無收拾之法，我不忍使北方攻北方，以自抉藩籬，落彼陷井也。王汝賢等不明大義，原不足惜，我不忍以王汝賢之故，致今同室操戈，嫌怨日積，實力一破，團結無方，影響及於國家也。我北方軍人分裂，即中國分裂之先聲，我北方實力消亡，即中國消亡之朕兆。祺瑞愛國家，不計權力，久荷諸君子深知，為國家計，當先為北方實力計，舍祺瑞辭職之外，別無可以保全之法，決計遠引，已於昨日呈中乞休，既非負氣而去，又非畏難苟安，大勢所趨，宜觀久遠，倘能達我愚誠，北方實力得以鞏固，艱難時局，得以挽回，則祺瑞今日之辭職，實為萬不可緩之舉。……自北以往，伏願諸君子……時時以北方實力，即國家實力為念，團結堅固，勿墮彼輩陰謀之中，以維持國家於不敝，此祺瑞鰓鰓愚衷所禱祈以求者也。臨別之贈，幸審存之。段祺瑞。銑印。」
段認為北洋軍閥是中國正統的勢力，因此沒有北洋軍閥便無中國。他說「北方軍人，宗旨正大」，忘記了他自己教唆督軍團造反以謀恢複自己的勢力，便是極不正大的行為；他的責備直系軍人不應該「啟閱牆之爭」，使西南「收漁人之利」，忘記了他自己的假對外以制內，便是「閱牆」，日本便是「漁人」；他說西南「始以北方攻北方，繼以南方攻北方，終至於滅國亡種而後快」。忘記了他自己始以西南攻西南，繼以北方攻西南。他詆毀西南用離間計來破壞北洋團體，其實北洋自己利害鬥爭，自行分裂何待離間。他一面責備王汝賢，一面仍想把北洋軍閥團結成一個勢力，作撐持中國的台柱。可是這根台柱，已經成了破朽的廢料，難以修補了。
段的密電發出後，徐樹錚另發一密電，要求皖系各軍閥複電擁護段。馮國璋於是也發出一通密電，原文如下：
「國事瀕危，人心浮動，一隅生隙，全國動搖。茲將數日經歷情形，暨失機可惜之點，通告於後：自復辟打消，共和再造，軍人實為功首，此後軍人團體，即為全國之中心點，生死存亡，有莫大之關係，此不但本國人所共和，亦外交團所共認。此次政府成立，所行政策，以改良民國根本大法為宗旨，故不急召集新國會，而為先設參議院之舉，在法律上雖微有不同，而用心實無私意存於其內。西南二三省，起而反對，無理要求，中央屢為遷就，愈就愈遠，不得已而用兵，只為達到宗旨而已，初非有武力壓迫之野心也。兵事既起，勝負雖未大分，而川事則中央頗為得手，黔、滇在川之兵，不日可期退出川界。廣東方面，陸、陳、譚雖有援湘之兵，因龍、李、莫傾向中央，暗中牽制，以是不能大舉。是時也，湖南戰事，我北軍將士，稍為振奮，保持固有之勢力，中央即可達完善之結果。不意我北軍九死一生，最有名譽之健兒，誤聽人言，壯志消沮，雖系一部分之自棄，而掣動新勝，暨相持未敗之眾，於是合謀罷戰，要求長官，通電乞和，不顧羞恥，雖曰其中有不得已之苦衷，而中央完全將成之計畫，盡行打消矣。諸君聞之，能不惜哉！能不痛哉！特是通電求和，主持人道，欲達宗旨，亦必能戰而後能和。假如佔住勢力，戰勝一步，宣布調停，再進一程，徵求同意，為中央留餘地，保政府之威嚴，吾輩軍人之名譽大張，國家人民之幸福是賴，樂何如之。乃不出此而為搖尾乞求，縱達到和平目的，我軍人麵皮喪盡矣。國璋亦軍人之一分子也，如此行為，萬無下場餘地，不為羞死，亦將氣死。諸君皆愛國丈夫，有何高見，如何挽救，能否賈勇救國，振奮部下士卒精神，籌兵籌餉，以謀勝利，則大錯雖已鑄成，尚可同心補救。國璋代行權位，惶愧奚如！國之不存，身將焉附？如有同心，國璋願自督一旅，親身督戰，先我士卒，以雪此羞。宣布事實，渴望答覆！」
11月18日，直系四督直隸督軍曹錕、湖北督軍王占元、江蘇督軍李純、江西督軍陳光遠發表聯名巧電，主張停戰。長江三督忽然變成直系四督，聲勢大震，對段來說可算是制命之傷。直系四督通電如下：
「慨自政變發生，共和復活，當百政待理之際，忽起操戈同室之爭，溯闕原因，固由各方政見參差，情形隔閡，以致初生齟齬，繼積猜嫌，亦由二三私利之徒，意在竊社憑城，道乃乘機構釁，而黨派爭樹，因得以利用之術，為挑拔之謀，逞攘奪之野心，泄報復之私忿。名為政見，實為意見，名為救國，實乃禍國，於是鬩牆煮豆，一發難收。錕等數月以來，中夜彷徨，焦思達旦，竊慮覆亡無日，破卵同悲，熱血填膺，憂痛並集。蓋我國外交地位，無可諱言，歐戰將終，我禍方始，及今補救，尚恐後時。至財政困難，尤達極點，鴆酒止渴，漏脯療飢，比於自戕，奚堪終日？東北災浸，西南兵爭，人民流離，商業停滯，凡諸險狀，更仆難志。大廈將傾，而內鬨不已，亡在眉睫，而罔肯犧牲，每一思維，不寒而慄，中心憤激，無淚可揮。夫兵猶火也，不戢自焚矣，如項城覆轍可鑒，矧同種相殘，寧足為勇？鷸蚌相持，庸足為智？即使累戰克捷，已足騰笑臨邦，若復兩敗俱傷，勢且同歸於盡。今者北倚湘而湘不可倚，南圖蜀而蜀未可圖，仁人君子，忍復騙父老兄弟於冰天雪地槍休彈雨之中？且戰局延長一日，即多傷一日元氣，展伸一處，即多貽一處痛苦，公等誠心衛國，偉略匡時，其於利害禍福所關，固已洞若觀火。況爭點起於政治，悲憫本有同情。錕等不才，抱寧人息事之心，存排難解紛之志，奔走啼泣，慘切叫號，而誠信未孚，終鮮寸效，俯仰愧怍，無地自容，誰希望之殷，始終未懈。故自政爭以來，默察真正之民意，仰體元首不忍人之心，委曲求全，千迴百折，必求達於和平目的，以拯國家之危難，而固統一之宏基。區區愚忱，當邀共諒。現在時勢危迫，萬難再緩，不得不重申前說，為四百兆人民，請命於公等之前。伏願念亡國之慘哀，生靈之痛苦，即日先行停戰，各守區域，毋再衝突，俾得熟商大計，迅釋糾紛。魯仲連之職，錕等願擔任之。更祈開誠布公，披示一切，既屬家人骨肉，但以國家為前提，無事不可相商，無事不能解決。若彼此之隱，未克盡宣，則和平之局，詎復可冀？公等位望，中外具瞻，輿論一時，信史萬世，是非功過，自有專歸，而旋乾轉坤，亦唯公等是賴，反手之間，利害立判，舉足之際，輕重攸分，救國救民，千鈞一髮。臨電迫切，不知所云」。
就在這個通電發出的時間，段祺瑞奉命免兼陸軍總長，遺缺由王士珍繼任。
曹錕雖是直系，以前並未加入長江三督的主和集團，且一向與皖系保持良好關係，被稱為直、皖二系的兩棲督軍，因此當時頗有舉足輕重之勢。直、皖兩系都極力拉攏曹錕，他則一直不作左右袒，他當時在北洋派中實力最大，又是清朝時的北洋大臣地位，他的一舉一動，對北京都有嚴重影響。
曹錕本在直、皖兩系明爭暗鬥中保持中立，忽然聯合直系的長江三督要求停止南北戰爭，對段來說是個無比的打擊，因此皖系的人拚命向曹拉攏，段的紅人徐樹錚曾跑到天津來遊說曹，要曹站在皖系這一方面，將來皖系在召集新國會選副總統時，就選曹為副總統。他對曹說：長江三督以李純為首，南北和平如果實現，主和派的李純必然政治地位提高，曹錕必無所得。徐樹錚這些話很有力量，曹當然知道將來的新國會必然是皖系控制，此時幫皖系，皖系選他為副總統決無問題。同時黎元洪和馮國璋都是由副總統而扶