7月15日，段祺瑞在北京正式組閣：特任汪大燮為外交總長，段自兼陸軍總長，劉冠雄為海軍總長。17日繼續發表閣員名單，特任湯化龍為內務總長，梁啟超為財政總長，林長民為司法總長，張國淦為農業總長，曹汝霖為交通總長，范源濂為教育總長。這個內閣中，研究系佔了五席，是外交、內政、財政、司法、教育。梁啟超得到了以前求之不得的財政總長。對研究系而言，這是它極盛時代。
17日國務院下令嚴緝康有為、劉廷琛、萬繩栻、梁敦彥、胡嗣瑗。至於真正的罪魁禍首張勳，只受到免職拿辦的處分。
據說張勳託庇於荷蘭公使館時，一手拿著手槍，一手拿著《復辟實錄》，內有北洋軍閥贊成復辟的文電。因此北洋軍閥投鼠忌器，不敢懲辦他。王占元、張懷芝、張作霖而且紛電北京政府，要求對張勳寬大處理。段祺瑞除了在形式上曾向荷蘭公使要求引渡外，也無其他行動。
據說張勳所珍藏的《復辟實錄》其分二類：第一類為徐州會議紀錄，是由幕僚根據回憶補寫的；第二類為北洋軍閥贊成復辟的函電，共計82件。由於張手中有這些文件，所以他有恃無恐，以此為他勒索的本錢。
北洋派三領袖之一的王士珍自覺無顏見人，他的兩個老朋友一個做了總統（馮國璋），一個當了總理（段祺瑞），而他卻變成復辟的附從，因此他準備回正定原籍隱居，段聽了馬上跑到他的寓邸安慰他，勸他以北洋團體為重，繼續擔任參謀總長。
王士珍之外，北京軍警長官江朝宗（步軍統領）、吳炳湘（警察總監）、陳光遠（第七師長）等附逆無罪，而且維持北京秩序有功，均不加罪。江朝宗是段所不歡喜的人，所以調為迪威將軍，步軍統領則調第八師長李長泰繼任。復辟犯馮德麟因張作霖的保釋電而獲得自由。張鎮芳、雷震春兩人准在獄中自備菜肴，且特准吸食鴉片。
段不僅沒有懲辦復辟禍首的興趣，甚至還想借題大赦洪憲帝制的禍首。原因是洪憲帝制禍首交通系首領梁士詒、朱啟鈐、周自齊等都是他的老朋友，在張勳復辟時，交通系曾慨助軍費，不過他雖有此意，卻因顧慮全國輿論而未立即實現。
復辟笑劇中，最有趣的是康有為和梁啟超師徒兩人各助一方，康助張復辟，復辟後的「宣統上諭」就是康的手筆；梁助段討逆，討逆檄則是梁的手筆。兩大國手所撰文獻都很動人，復辟失敗後，康恨梁入骨，有詩為證：
「此次討逆發難於梁賊啟超也，詩曰：鴟梟食母獍食父，刑天舞戚虎守闕。逢蒙彎弓專射羿，坐看日落淚潸潸。」
康有為後來曾有《致徐太傅書》洋洋五千言，登在《不忍》雜誌第九、第十兩冊中，揭發復辟經過，力指段祺瑞、馮國璋、徐世昌都曾與謀，始亂終棄，憤憤不平。且有詩為證——
「諸帥本與少軒徐州訂盟復辟，今竟妒功背盟無信，感而賦詩，詩曰：圍城慘淡睹龍爭，蟬嘇聲中聽炮聲。諸帥射王敢傳檄，群僚賣友竟稱兵，晉陽興甲何名義？張柬無謀召喪傾。信義雲亡人道絕，龍祣收影涕沾纓」。
馮國璋於8月1日抵北京，黎元洪本避住法國醫院，因馮抵京後要來看他，所以回到東廠衚衕迎接。馮抵京當天就去見黎，兩位總統相見，互相客套一番，馮殷勤地要迎黎回任總統，黎卻說了許多眾望所歸的話請馮繼任。馮這次拜訪，只坐了半個鐘頭就走了。黎送馮走後，仍回到法國醫院去。
段不願意讓黎復任總統，卻也並不希望馮繼任總統，他本想暗示北方軍閥推舉徐世昌為臨時總統，可是他的計畫還未開始，北方軍人們不識段的心意，即紛紛電請代總統入京執行元首職權。倪嗣沖在電報中呼馮為「我大總統」，呼黎為「前大總統」。這樣一來，段不好意思不讓馮代下去，只好作順水人情，他認為今後的總統只是一個高拱無為的元首，馮當了這個毫無實權的總統，反而比較在南京擁兵自重好得多，馮是在段這種心情下當了總統。
馮抵京時，清室派有代表到站歡迎。8月4日馮特派內務總長湯化龍為代表答謝遜清皇帝派代表歡迎他的盛意。湯見到溥儀時，恭行三個鞠躬禮，大聲地說：「大中華民國大總統，謹派內務總長湯化龍，致謝大清皇帝，並敬問大清皇帝安好！」世續代表溥儀也大聲地唱道：「大清皇帝謹謝大中華民國大總統答禮的盛意，並回問大總統安好！」
馮就職後，派張一麐為秘書長，師景云為侍從武官兼軍事辦公處長，熊炳琦為侍從武官兼參謀長，張宗昌為侍從武官兼副官處長，殷鴻壽為侍從武官兼執法處長，侍從武官長仍為蔭昌，總統府指揮使仍為徐邦傑，這兩人是袁時代就擔任這項職務，歷事袁、黎、馮三位總統，可稱三朝元老。
馮很認真地唱出「將相和」，他要北洋三傑團結，以重振北洋聲勢，他認為今後府院是一家，上下是一致，內外是一心。他緊握著段的手，親切地說：「以後咱們再也沒有什麼府、院之爭了。」他又對王士珍和段祺瑞說：「咱們三人從此要一條心，通力合作，在咱們三個人中間，無所謂總統、總理、參謀總長。」他的三傑一體論煞有介事。其實三人各有矛盾。根本無法「一體」。
段祺瑞討平張勳復辟時，總統問題曾使他面臨兩種抉擇，一是讓黎元洪復職，二是請馮國璋真除，在事情上段本來就瞧不起黎，這次兩人鬧得太傷感情，段認為黎免他總理職太傷他的自尊心，所以他完全不考慮讓黎復職。張國淦曾勸他說，黎無兵無勇，經過這次顛沛，如果由段擁他復任，則黎一定很聽話。馮有兵有勇，又同是北洋派的兩大台柱，做了總統可不會像黎這麼聽話。段也同意這個意見，無奈他為人太剛愎，同時又中了一種毒素，認為馮雖然有兵有勇，在北洋派中有號召力，如果留在南京便會成氣候，如果來到北京就任空頭的大總統，就慢慢會消蝕。因此他在黎、馮二人中便支持馮。其實早在袁世凱小站練兵時起，馮、段兩人便面和心不和；袁世凱死後，馮、段兩人各有千秋，對於爭奪北洋派領袖，向來不遺餘力。
段本來打算在馮入京後，即派段芝貴為江蘇督軍，小段在袁世凱時代是一等紅督，做過湖北督軍和奉天督軍，其後雖以帝制餘孽而休息一個時期，這次討逆他又東山再起，有功於「再造共和」，段想用他代替馮為江蘇督軍，應該是說得過去的，因為同是北洋派。那知馮國璋也有他的安排。他在離開南京以前，就提出調任江西督軍李純為江蘇督軍，升任駐南苑的第十二師長陳光遠為江西督軍。原來李純、陳光遠和湖北督軍王占元在北洋派中都是親馮的。早在辛亥革命時，馮國璋統率北軍第一軍南下與革命軍作戰，第一軍是由第六鎮統制（即師長）李純，第二鎮協統（即旅長）王占元，第四鎮協統陳光遠等混合編成，由此以後，他們便逐漸形成一個小集團，就是後來赫赫有名的「直系」。
直系名稱是因為馮國璋是直隸人，這和段祺瑞的皖系是因為段祺瑞是安徽合肥人相同，不過參加這兩系的軍閥們，並不完全是這兩省人，大都因為個人利害關係，並且在直、皖兩系明爭暗鬥過程中，他們的成員互相變化，很難劃分界限。
馮國璋不只是安排了江蘇督軍，同時又將一向由自己統率的禁衛軍擴大為兩個師，禁衛軍是清朝末年成立的，辛亥年袁再起組閣，即以馮為禁衛軍統領，民國成立後，馮仍繼續統率這支軍隊，名稱也不變。迨馮繼任總統後，禁衛軍改編為兩個師，以王廷楨為第十六師師長，留在南京，與由江西調來的第六師長齊燮元共同守衛江蘇地盤，另以劉詢為第十五師長兼總統拱衛軍司令移駐北京。這樣的安排，他在北京當總統便有自己的軍隊，而在長江一帶又有地盤。第六師師長齊燮元原任十二旅旅長，因前任師長周炳文患精神病，齊乃升任，這支軍隊一直駐防江西，它的前身是武衛右軍，後改第六鎮，再改第六師，段祺瑞、王士珍、吳祿貞、李純都帶過這支軍隊。
黎在馮就職後，就正式向馮提出離京赴津休養的要求，果然不出張國淦的判斷，馮慨然應允，很高興黎能離開北京城。由於馮的答允，段不便阻黎出京，但仍責成湯化龍擔保黎出京後，不作政治活動、不南下。
8月28日黎黯然離開了北京城，他在北京雖然是先任副總統後任總統，但北京留給他的，全都是痛苦的紀錄。他到天津後立即返回他的私邸，段密令曹錕就近派人監視他。
袁世凱死後的北方天下和北洋系從沒有一天安定下來，而總統問題和內閣問題也是時局紛亂的中心，北洋實力人物互相排斥，互相傾軋，黎不是北洋系，趕走了黎，紛擾並沒有解決，仍繼續不斷地發生新問題，增加新糾紛。
段內閣是7月14日由天津遷回北京的，迂迴北京後，即面臨了許多大問題，總統問題由於馮國璋來京，總算解決了，剩下還有國會問題和對德宣戰問題。
段本人當然不喜歡國會，但是既為民主共和國，就不能沒有國會。梁啟超建議在舊國會已被解散，新國會還未成立時，召集臨時參議院代行國會立法權。這是仿效民國成立時