袁死黎繼，北京政府的大權便在段祺瑞掌握中，一切大政均是段的決定。6月10日裁撤了陸海軍大元帥統率辦事處，這是袁以總統的身份抓軍權的機構，袁在世之日和段鬧得最不愉快的，就是這個機構，黎當總統，段自然不能再讓這個機構存在，所以首先廢除了它。13日令徐樹錚為國務院秘書長，令王式通為國務院參議。徐樹錚是段的智囊，倚為腹心，卻又是袁所最憎恨的人。段出任國務總理時，就為了要派徐樹錚為國務院秘書長而和袁鬧得極不愉快，現在是段的天下了，徐樹錚當然要先掌大權的。這正合了一朝天子一朝臣的古話。19日下令裁撤京畿軍政執法處，這是袁的特務機構，也是被各方最痛恨的機構，段為了收攬人心，所以先裁撤了它。29日廢國務卿名義，仍恢複國務總理，裁撤參政院和平政院所屬的肅政廳。
30日政府人事大改組，外交總長、交通總長曹汝霖，內務總長王揖唐、海軍總長劉冠雄、司法總長、農商總長章宗祥、教育總長張國淦辭職照準。以唐紹儀為外交總長、許世英為內務總長、陳錦濤為財政總長、程璧光為海軍總長、張耀曾為司法總長、孫洪伊為教育總長、張國淦為農商總長、汪大燮為交通總長、段祺瑞自兼陸軍總長。唐紹儀未到任以前陳錦濤暫兼外交總長，張耀曾未到任前，以張國淦兼司法總長。7月12日再局部改組，以孫洪伊為內務總長、范源濂為教育總長、許世英為交通總長。8月1日改派谷鍾秀為農商總長，張國淦轉任總統府秘書長。
7月6日對於各省軍政首長的名稱加以修改，在官制未定以前，各省督理軍務長官改稱督軍，民政長官改稱省長。令張作霖為奉天督軍，孟恩遠吉林督軍，張懷芝山東督軍，趙倜河南督軍，閻錫山山西督軍，馮國璋江蘇督軍，張勳安徽督軍，李純江西督軍，李厚基福建督軍，呂公望浙江督軍，王占元湖北督軍，陳宦湖南督軍，陳樹藩陝西督軍，蔡鍔四川督軍，陸榮廷廣東督軍，陳炳焜廣西督軍，唐繼堯雲南督軍，劉顯世貴州督軍。令朱家寶為直隸省長，郭宗熙吉林省長，畢桂芳黑龍江省長，田文烈河南省長，沈銘昌山西省長，齊耀琳江蘇省長，倪嗣沖安徽省長，戚揚江西省長，范守佑湖北省長，張廣建甘肅省長，楊增新新疆省長，朱慶瀾廣東省長，羅佩金廣西省長，任可澄雲南省長，戴戡貴州省長，胡瑞霖署福建省長，孫發緒署山東省長，張作霖兼署奉天省長，呂公望兼署浙江省長，陳宦兼署湖南省長，陳樹藩兼署陝西省長，蔡鍔兼署四川省長。令朱家寶兼署直隸督軍，畢桂芳兼署黑龍江督軍，張廣建兼署甘肅督軍，楊增新兼署新疆督軍。令湖南督軍陳宦迅速赴任，未到任前以陸榮廷暫署，廣東督軍陸榮廷未到任前以龍濟光暫署。令授李烈鈞勛二位，陸軍中將加上將銜。
段祺瑞發表的各省軍政首長名單，是煞費若心的，一方面要促進南北統一，一方面要鞏固北洋勢力，求全而不全，換湯沒有換藥。舉例言之，袁頒布的將軍名義和護國軍方面的都督名義同時取消，代之為督軍，只是在都督和將軍兩個銜頭中各抽出一個字合創督軍的新名詞而已；其次是委曲求全方面，這次人事安排，無論帝制與反袁派，在台上或新被逐（如陳宦）者，都給予一定的位置安排，人人各得其所，在安排上總算盡了最大努力。段的本意想在各省達到軍民分治，所以只有少數省份是以督軍而兼署省長的，署是臨時性質。以省長而兼署督軍的，只有四個省。這些省都是以小軍閥或者以文人而權充軍事長官，這當然是臨時性質。至於段在四川、湖南、廣東、廣西四省的權力分配，簡直是播下了戰爭種子，製造了紛亂的根源。尤其是對湖南，湖南是南北用兵必爭之地，較之四川還要重要，因為在北洋軍來說，取湖南比取四川容易得多。
為什麼段不維持湯薌銘的湖南督軍而改派他為廣東查辦使呢？原來就在段發表各省督軍名單的前兩天，湖南出了事，湯薌銘逃之夭夭。湖南獨立時，北洋軍第六師在湘西，安武軍倪毓棻部在岳州，湯直接指揮的，是北洋軍一個混成旅，由旅長車震率領，駐紮在長沙附近。這時候，廣西軍已有一部分到達衡陽和寶慶。陸榮廷以護國軍湘、粵、桂聯軍總司令身份，於6月初由廣東開到湖南，進駐衡州。在湖南內部，趙恆惕等已組成了湘軍兩師，湘西一部分民軍也開到長沙附近成立了一個師。這是個劍拔弩張的局面，袁軍與護國軍無法和平相處，隨時可能發生衝突。湯薌銘的處境，和陳宦在成都有點相同，既不能指揮駐紮在湘西、湘北的袁軍，又不能指揮湖南的民軍和桂、粵的客軍。最糟的是湖南人恨透了這個殺人如麻的湯屠戶，因此各路民軍圍攻長沙，以及國民黨人要用手槍和炸彈對付湯的風聲傳遍了長沙城。7月4日深夜湯薌銘在四面楚歌中離開了長沙。
湯薌銘走後，湘軍已成立了三個師，師長是陳復初、趙恆惕、陳忠洵。曾繼梧以湘軍第一軍長暫代湖南都督，龍璋暫代湖南民政長。隨後程潛以湖南護國軍總司令名義由雲南到了湖南，他的部隊也改為湘軍第四師。湯薌銘的離去，並未減輕湖南的火藥味，而7月6日北京政府又發表陳宦為湖南督軍兼署省長，陳宦未到任前，派陸榮廷署理督軍和省長。這個命令使湖南更加複雜了。
段祺瑞對陳宦印象惡劣極了，那麼段又為什麼派陳為湖南督軍兼署省長呢？這是由於黎元洪堅決主張必須給陳一個督軍職務。當湯薌銘逃離湖南後，段打算迅速派遣一支北洋軍進駐湖南，又苦於無兵可調，恰好這時陳宦由四川撤出時，手上還有兩旅兵力，派他就近入湘，既可敷衍黎，又給陳一個戴罪圖功的機會。
這道命令立刻引起了湖南人民的激烈反對，湖南人趕走了一個北洋軍閥，斷不容又來一個北洋軍閥，因此湖南各界推舉年已七旬的劉人熙為湖南都督。為什麼推劉呢？因為劉人熙以前做過廣西藩台，與桂軍陸榮廷頗有淵源，想通過劉的關係取得桂軍協助以拒北洋軍。
陸榮廷支持湖南人民這個行動，因為桂軍也不希望北洋軍大舉進駐湖南。北軍人湘問題引起了湖南人民和滇軍、桂軍的反對，其他黨派人士如熊希齡、范源濂等則希望調蔡鍔回到湖南，國民黨人士則希望以甫由美返國的黃興擔任。可是蔡、黃兩人均無意於湘督。黃興推薦譚延闓以自代。譚在各方都有很好的人緣，不過和北洋系的關係不夠深。
這時，窮途末路的陳宦知道自己不適宜於督湘，因此自動表示辭去湘督，而段祺瑞也了解，如果硬性派北軍人湘，必會引起戰爭，段覺得這個用兵時間尚未成熟。因此他於7月16日改派劉人熙為湖南督軍，並下令把第六師由湘西調回江西，第七師由四川調往洛陽，第三師也由四川調回岳州。
段祺瑞本來預定的計畫是派第三師師長曹錕繼陳宦以後的湖南督軍，可是，段自己覺得他在北京的基礎尚未穩定，必須靠一個可靠的北洋大將在自己身邊，以加強自己的地位，因此選中了曹錕。曹一直給人印象是「老實人」，所以段調曹為直系督軍。同時把7月間開回岳州的第三師分批調回北方。
這並不等於段完全放棄湖南，因為他又安了一個棋子在湖南，他派他的內親吳光新率領北軍第三旅接防岳州。這當然是埋伏吳做為將來湘督的打算。天下事如要人莫知，除非已莫為。段內定吳為湘督的消息，立刻傳遍了湖南，當然又引起湖南全省激烈的反對，甚至公開宣稱為了抗阻北軍。不惜一戰。
段這才了解湖南的強硬，於是在8月3日下令改派譚延闓為湖南省長兼署督軍。所謂的「署」是暫代的意思，段這命令中，派譚為省長暫代督軍，即表示將來還要派一個督軍，所以段這期間給譚的電報都是稱譚為省長。
譚延闓是反袁的，他在湖南很得人望。癸丑二次革命失敗後，他承當一切湖南的責任，袁調他和趙恆惕赴京。趙被囚，他亦形同軟禁，有這段經過，更使他在湖南受人愛戴。
湖南人對於湘督一職很敏感，這是因為湯薌銘殺戮太甚所招致，而湖南人甚至西南護國軍方面，反對北洋軍再入湖南的態度，則尤其堅決，不過北洋軍留在岳州已是既成事實，所以當時等於有一個默契，只要北軍不越過洞庭湖，似乎雙方就能和平共存下去。
譚延闓8月20日就任湘督。
北京政府任命各省督軍命令頒布後，首先發生了馮國璋和張勳互爭地盤的糾紛。馮、張兩人都是袁時代的「上將軍」，不過馮在北洋派中的資望遠在張勳之上。張勳的地盤在安徽，他的總部則在徐州，並將隴海線徐州以東的廣大地區據為己有，這些地區是屬於江蘇的，馮國璋對此久已不能忍受。袁世凱末期，袁正想利用馮、張兩人的利害矛盾以便從中操縱，馮鑒於袁的態度，所以只得隱忍，袁死後，督軍命令又發表，馮認為再也不能容忍下去了，因此電請張勳移駐安慶以符定製。那知張勳卻告訴馮，他除了安徽督軍一職外，還兼長江巡閱使，江蘇是在長江流域內，長江巡閱使駐防徐州怎能說不符定製。馮接了這個電報，氣得一佛出世，二佛升天，竟氣得向北京政府辭職。
馮辭職當然是