袁從來不放心任何人，他大權總攬，遇事躬親，真是一個名符其實的獨裁者。在他垂亡的時候，他發現自己已經陷於眾叛親離，四面楚歌了，這才請出黎元洪、徐世昌、段祺瑞來共撐危局。他請黎每天和他一塊兒辦公，意思是要培養黎作為一個國家的元首，來接替他的地位，使他可以放心地告老還鄉，釣游洹上；他把政治方面的一切交給徐世昌，由徐全權負責；又把軍事問題全權付託段祺瑞。
然而，不管袁是真心或是假意，這一切都嫌太遲了，黎根本和他貌合神離；徐世昌雖然位高望重，但對北洋軍系或是南方的反袁運動完全不發生影響；只有段祺瑞還在北洋軍系中有極高的威望，南方護國軍方面也把段當作一個實力派來看。
5年4月22日，徐請辭國務卿，他僅僅作了一個月的馮婦，就辭職前往河南輝縣水竹村做「掛冠詩人」去了。
23日，袁發表段祺瑞為國務卿兼陸軍總長，陸徵祥為外交總長（不久陸退休，由曹汝霖兼任），王揖唐為內務總長，孫寶琦為財政總長（不久孫亦不幹，乃由周自齊繼任），劉冠雄為海軍總長，曹汝霖為交通總長，張國淦為教育總長，金邦平為農商總長，章宗祥為司法總長，王士珍為參謀總長，庄蘊寬為審計院長。
段奉命於危難之際，其處境和辛亥革命後袁出而組閣時一樣，他要求變更政事堂而成為真正的責任內閣。袁是個老狐狸，他在表面上完全接受了段的意見，發表申令說：「依照《約法》第二十一條，制定政府組織法，樹責任內閣之先聲。」可是這只是一張空頭支票而已，段這時候態度很堅決，他宣稱如果沒有實權他就不幹，袁這才被迫於5月8日下令，廢除政事堂，恢複國務院。
段的第一步目的達到，就要求第二步，他請求撤銷大元帥統帥辦事處，袁在這個呈文上批了一句：「君能每日到部辦公乎？」段又請求讓陸軍部接收模範團和拱衛軍，袁來個相應不理。袁這時看出段所走的路完全和自己當年對付清朝一樣。
段組閣後不久，他接到梁啟超一封信，略云：
「今日之有公，猶辛亥之有項城。清室不讓，雖項城不能解辛亥之危；項城不退，雖公不能挽今日之局。」
然而段是袁一手提拔起來的人，他雖然不滿意袁，可是正如他自己所說的，對袁是「受恩深重」。他是個十足的舊中國軍人，因此認為自己出面倒袁是萬萬不可以，他需要護國軍來打倒袁，然後自己以北洋軍系領袖的身份來對付護國軍。他知道在此以前是袁一個人和護國軍作戰，所以護國軍能居上風，如果護國軍和整個北洋系作戰，護國軍不一定會居上風的！
袁、段之間在這最後關頭仍舊不能諧和，不愉快出在國務院秘書長身上，段一天也離不開他的得意門生徐樹錚，他想用徐為國務院秘書長，但因為徐是袁最不歡喜的人，所以段怕當面和袁談此事時弄僵了，乃轉託王士珍。王是個閱歷很深的黃老派，他當然也知道袁討厭徐，又不便對段推辭，乃來一個「拖」字，拖了幾天沒有下文，段忍耐不住，乃請張國淦代他向袁提出。張礙於段的拜託，乃去見袁，輕聲地對袁說：「總理想自己物色一個院秘書長。」他的話才說完，袁的臉色就沉了下來問：「他想用誰？用誰？」張一看情形不妙，可是總統如此追問，只好勉強地說：「想用徐又錚（徐的別號）以資熟手。」袁的臉色更難看了，恨聲地說：「真是笑話，軍人總理，軍人秘書長，這裡是東洋刀，那裡也是東洋刀。」然而袁氣儘管氣，當前情況不是鬧氣的時候，所以又自己轉彎，平下臉色對張國淦說：「你去告訴芝泉（段的別號），徐樹錚是軍事人材，就叫他再任陸軍次長吧！」張國淦是知道段曾託過王士珍的，這時王士珍也在坐，他偷眼望了望王；只見王臉上毫無表情，就好像完全什麼也不知道，他心裡想王真有道行，不愧是「北洋三傑之龍」。
張從袁處出來，立刻就去見段，他當然不把袁那些難聽的言語和難看的臉色告訴段，只把袁要徐樹錚做陸軍次長的話講了出來。他的話還沒有講完，就見段猛地把桌子一拍，隨手把銜在嘴中的煙斗使勁地扔在地板上，臉色的難看超過了袁，大聲地說：「怎麼，到了今天，還是一點都不肯放手嗎！」段這時雖然走袁辛亥年的老路，然而形勢上卻不如袁，所以他雖然取得責任內閣的虛名，結果連國務院秘書長都不能派，仍是袁指定的王式通擔任秘書長，不過折衷辦法由徐樹錚為幫辦秘書，就是副秘書長。
這一幕歷史重演來得太快了，辛亥武昌起義後，清政府四面楚歌，草木皆兵，面臨垂亡之頃，明明知道用袁世凱是等於吃毒藥，然而卻不得不飲鴆止渴。不到五年，袁在全國人民一致反對他，舊部紛紛叛離他的危急關頭，也不得不起用段以求渡過難關。袁何嘗不知道他的這個老幹部已經學會了他的本事，以子之矛攻子之盾，他當然是有戒心的：我只是請你來解我的圍，不是請你來篡我的位。辛亥年我接收清政府的兵權，現在你想接收我的拱衛軍和模範團，辛亥年我向清政府提出責任內閣的條件，而現在你也向我提同樣條件，你真是「孔夫子門前賣文章」。
在袁危急存亡關頭，段頗想另有作為，大幹一番，想不到上台所辦的第一件事，卻是加速送終袁的天下，就是下令中國、交通兩行停止兌付現金。出這個主意的人是梁士詒，梁是民國初年財政巨頭，交通系領袖。段、梁兩人本極相投，段上台後，認為收拾袁的殘局必先整頓財政，所以找梁請教。梁把當時財政內幕全盤托出，並將中國、交通兩行實際情形亦告訴了段。梁說：中、交兩行流行市面的鈔票有7000餘萬元，而庫存只有2000餘萬元，放出的商款約2000萬元，歷年貸給政府的有4000萬元，目前如果要維持應發的軍政各費，又借不到內債或外債，則只有增發鈔票一途，增發鈔票通貨膨脹，可能發生擠兌，局面將不堪收拾。段認為巧婦難為無米炊，只有冒險一途，通令停兌，騰出時日，整理兌現。段遂於5月12日由國務院下令：
「五月十二日國務院令：溯自歐戰發生，金融停滯，商業凋敝。近因國內多故，民生日蹙，言念及此，實切隱憂。查各國當金融緊迫之時，國家銀行紙幣，有暫行停止兌現及禁止提取銀行現款之法，以資維持，俾現款可以保存，各業咸資周轉。法良利溥，自宜仿照辦理。應由財政、交通兩部，轉飭中國、交通兩銀行，自奉令之日起，所有該兩行已發行之紙幣，及應付款項，暫時一律不準兌現付現。一俟大局定後，即行頒布院令，定期兌付。所存之準備現款，應責成該兩行一律封存。至各省地方應由各將軍、都統、巡按使，凡有該兩行分設機關，地方官務即酌派軍警，監視該兩行，不準私自違今兌現付現。並嚴行彈壓禁止滋擾。如有官商軍民人等，不收該兩行紙幣，或授受者自行低減折扣等情，應隨時嚴行究辦。依照《國幣條例施行細則》第九條辦理，一面與商會及該兩行接洽，務期同心努力，一致進行。並飭該兩行將所有已發行兌換券種類額數，克日詳晰列表，呈報財政部，以防濫發。仰各切實遵行。此令！」
這個命令到上海後，上海中國銀行經理宋漢章精明練達顧全大局，立即邀約股東開會商討應付辦法，決定五點：
（一）上海中國銀行，由股東聯合會舉定監察員二人，到行監察，合行事務，悉歸股東聯合會主持。以後政府不得提用款項，一切悉照普通銀行營業辦事。（二）本行所有財產負債，已移交外國律師代表股東管理一切，並隨時有查帳之權。（三）上海分行鈔票，將準備金備足，移交外國律師保管。隨時兌現，不得停付，即中央有令他處停止兌現，惟上海仍照向章辦理。（四）所有存款，均到期立兌。（五）將來如商家有損失，悉歸股東聯合會負責向南北政府交涉，歸正式政府承認。
由於上海中國銀行的這一舉措，使得上海商場穩定，毫無驚擾，各省中國銀行多有效法。
中、交兩行停兌後，外人多歸罪於梁士詒，認為是梁恐怕交通銀行周轉不靈，乃出此策。又有謂袁想逃走，先將中、交兩行現款偷運到國外。總之，這是下策，因為這樣一來，民心更散，袁個人和袁的政府信用完全破產。
5月29日袁發表《宣布帝制案始末》。這是一篇「大」文章，把變更國體責任諉諸各省公民，把自己說成是一個維持共和的人物，是一個容易受騙的老實人。最後袁且威脅說要把各省區軍民長官要求改變國體和先後推戴、請早登大位的文電公布。這是袁死前最後一個、也是最重要的一個文告，特全文登錄如下：
大總統告令：據海軍總長劉冠雄巡洋回京面稱，帝制議案撤銷後，群言淆亂，謠諑繁興，好事者借端煽惑，龐雜支離，請將關於帝制議案始末，明白宣布，以釋群疑等語。本大總統前於本年三月二十一日特發明令，將上年十二月十一日承認帝位之案，即行撤銷，並以菲躬薄德誠不足以感人，明不足以燭物，引咎自責，不欲多言。乃近來反對之徒，往往造言離奇，全昧事實，在污衊一人名譽顛倒是非之害小，而鼓動