雲南以邊僻一隅來對抗袁世凱，在形勢上來說，強弱之勢任人皆知是很懸殊的，癸丑（民國2年）第二次革命，國民黨幾乎奄有半壁山河，和袁一開火，就迅告失敗，所以袁在稱帝前後，確是沒有把雲南看在眼中。
然而，雲南有它有利的條件，在地理因素上，雲南居高屋建瓴之勢，易守而難攻，雲南的軍隊驍勇善戰，並且極能吃苦耐勞，這是雲南用兵的有利之點。
唐繼堯在蔡鍔抵達雲南後召集軍事會議時，曾分析整個戰略形勢，他說：
「雲南東北與川黔桂毗連，出師形勢關係甚鉅。茲就三省地勢言之，貴陽為滇南門戶，辰沅為湖南西門，以雲南為根本，奮師東征，以一支上辰沅經新化取長沙；以一支由辰沅下沅水取常德，長沙取，北向岳州逾洞庭之險以有武昌；常德取，北扼虎渡規荊州以指襄陽。有武昌則長江之消息通，有襄陽則中原之消息通，不出旬月，東南大勢俱屬雲南矣。此上策也！要之雲南之險，不在雲南而在西蜀，以雲南為根本，大舉東上，以一支出敘、滬進渝、夔下宜昌、武漢，以一支出寧遠過成都上泯洮趕秦、隴，如是則以西南而忽據西北，天下視聽必且一新，以為亞夫之兵從天降也。此亦上策也！若夫南寧者，廣西心膂，梧州者，西江上游，由雲南展膂而東，駐師梧州，以一支東下廣州，封城綿遠，田壤沃饒，大海南環，五嶺北阻，北出則可以震動江左，東出則可以進據閩浙，以一支由梧州向桂休逾衡、永、浮湘直下，長岳既得，武漢震驚，此中策也，故據以上所論，我可發展之時機可分為三：
（一）我軍勢力完全達到黔、桂、蜀三省。
（二）我軍由黔、桂、蜀以達武漢，閩、浙、秦、隴。
（三）向閩、浙之兵以取守勢，進秦隴之兵相機威迫袁軍右側，然後以武漢主力大舉北向。
今擬兩策並用，三路出師。」
在軍事會議中，有三個重要的課題引起爭論，第一：起義討袁後應該成立一個什麼型式的機構？當時有的主張成立元帥府，有的主張設立軍政府，可是蔡鍔也好，唐繼堯也好，都主張不要包辦討袁，應該示天下以公，於是決定把袁世凱所派的地方官制「將軍」和「巡按使」合併，恢複都督府，召集省議會。第二：起義討袁後，義軍應如何稱呼？當時有的主張稱討賊軍，有的主張稱定亂軍，最後決定用李梓暢所建議的護國軍。護國的含義是維護中華民國國體。第三：護國軍政府的都督應由誰擔任？唐繼堯推蔡鍔，蔡鍔推唐繼堯。在唐來說，蔡是他的學長（蔡是日本士官三期，唐是日本士官六期），又比他長一歲，蔡且一直是唐的長官，唐回任滇督也出於蔡的推薦，蔡在國內外都有大名足資號召，所以誠心誠意地推薦蔡出任都督；可是蔡推唐也有理由，護國興師舉義全賴雲南，唐是雲南人，蔡自己是湖南人，主客之勢已成，自己不能喧賓奪主，何況唐督滇已有三年，在雲南已有基礎，所以也是誠記誠意地推讓唐為都督。兩位賢者的謙讓，成為民國初年政治史上的佳話。最後，蔡以嚴肅的口吻說：「我們這次舉義，最要緊的是要贏得全國各方的同情，以求得多助。蓂賡（唐繼堯號）身為地方大吏，如果率軍出征，很容易引起鄰省認為是假名侵略之嫌，過去滇軍擾川已有猜疑，今若不避嫌，更容易被袁世凱挑撥，中其反間，所以統軍出征應由我和協和（李烈鈞號）。至於坐鎮後方，領導軍政府重責蓂賡萬萬不可謙讓。」蔡鍔的這番話非常感動人，他自己也淚隨言下。於是與會人士一致鼓掌贊成。
這一次會議，在一張長條桌前，唐和蔡是並坐主席位子，唐為了尊禮蔡，他的位子一直側一半，以示不與蔡並肩。會議中決定唐繼堯為雲南護國軍政府都督，護國軍成立三個軍，蔡鍔為第一軍總司令出四川；李烈鈞為第二軍總司令出廣西；
唐繼堯兼第三軍總司令出武漢。
唐繼堯鄭重地向與會人士表示三點意見：（一）關於軍制軍令，凡涉總攬之事，只以雲南軍督府名義行之。（二）蔡、李兩將軍均聘任，來往文書用咨函。（三）對外文告，由唐、蔡、李三人共同署名。因此，後來護國軍發出的通電檄文都是唐繼堯、蔡鍔、李烈鈞等共同列名。三位元戎往來的文電均系平等語氣，軍總司令雖隸屬於軍政府，可是組織大綱上並無統屬之規定。
雲南護國都督府和護國將佐名單如下：
職別 姓名 別號 籍貫 黨籍 備註
軍都督 唐繼堯 蓂賡 雲南會澤 同盟會
左參贊轉任統兵官 戴戡 循若 貴州 進步黨
右參贊 任可澄 志清 貴州 進步黨
政務廳廳長 陳廷策 稚蘇 貴州 進步黨
財政廳廳長 籍忠寅 亮儕 山東 進步黨
參謀廳廳長 張子貞 青圃 雲南 國民黨
軍務廳廳長 庚恩暘 澤圃 雲南墨江 國民黨
秘書廳廳長 由龍雲 夔舉 雲南姚安 國民黨
第一軍總司令 蔡鍔 松坡 湖南邵陽 國民黨
總參謀長 羅佩金 蓉軒 雲南澂江 同盟會
第一梯團長 劉雲峰 曉嵐 山東 國民黨
第一支隊長 鄧泰中 和卿 雲南 同盟會
第二支隊長 楊蓁 映波 雲南 國民黨
第二梯團長 趙又新 鳳喈 雲南順寧 國民黨
第三支隊長 董鴻勛 干丞 雲南 國民黨
第四支隊長 何海清 鏡寰 湖南 無黨籍
第三梯團長 顧品珍 小齋 雲南昆明 國民黨
第五支隊長 祿國藩 介卿 雲南 同盟會
職別 姓名 別號 籍貫 黨籍 備註
第六支隊長 朱德 玉階 四川 原國民黨 後共產黨
第四梯團長 戴戡 循若 貴州 進步黨 後改為右翼總司令
第七支隊長 熊其勛 克臣 貴州 無黨籍
第八支隊長 王文華 電輪 貴州 國民黨
第二軍總司令 李烈鈞 協和 江西武寧 同盟會
第一梯團長 張開儒 藻林 雲南文山 同盟會
第一支隊長 錢開甲 鼎三 雲南 未詳
第二支隊長 盛榮超 湖南 未詳
第二梯團長 方聲濤 韻松 福建 同盟會
第三支隊長 黃永社 未詳 同盟會
第四支隊長 馬為麟 子祥 山西 未詳
第三梯團長 何國鈞 干臣 雲南宜良 同盟會
第五支隊長 林開武 未詳
第六支隊長 王錫吉 未詳 兼
第三軍總司令 唐繼堯 蓂賡 雲南會澤 同盟會
第一梯團長 趙鍾奇 毓衡 雲南鳳儀 同盟會
第一支隊長 華封歌 詠三 雲南呈貢 未詳
職別 姓名 別號 籍貫 黨籍 備註
第二支隊長 李植生 雲南 同盟會
第二梯團長 韓鳳樓 五峰 河南 未詳
第三支隊長 吳傳聲 歲鸞 貴州
第四支隊長 彭文治 公武 雲南 未詳
第三梯團長 黃毓成 斐章 雲南 同盟會 後改挺進軍司令
第五支隊長 楊傑 耿光 雲南大理 國民黨 後改縱隊司令
第六支隊長 葉成林 雲南 未詳 後改縱隊司令
第四梯團長 劉祖武 繼之 雲南文山 同盟會
第七支隊長 楊體震 雲南 未詳
第八支隊長 李友勛 麟書 四川 國民黨
第五梯團長 庚恩暘 澤圃 雲南墨江 同盟會
第九支隊長 唐繼虞 夔賡 雲南會澤 國民黨
第十支隊長 趙世銘