當黃興在南京組織討袁軍後，江蘇都督程德全陽為贊成，陰存觀望，於7月17日託病由南京赴上海。迨7月25日，袁軍已攻下江西湖口，程德全乃發出通電，向袁輸誠，電云：「南京獨立，系黃興及第八師師長陳之驥所為，現已另刊關防，召集水陸軍警，亟圖恢複云云。」這時，上海的討袁軍因受外人干涉，司令部被解散，南京無以為恃。馮國璋、張勳乃各率大軍沿津浦路南下，黃興於是功敗垂成，退出南京，陳之驥亦取消獨立，以師長名義維持南京秩序。8月11日何海鳴重組討袁軍於南京，與馮、張兩軍作殊死戰凡20日，9月1日袁軍大舉進攻，何兵外無奧援，孤軍苦戰，困疲萬分，不能再守，南京遂被袁軍攻佔。張勳和他的辮子軍攻城時，曾下令城下之日大掠三日以為獎賞，於是南京城被辮子軍攻下後，遂遭浩劫。
北洋軍對南京的作戰任務，是由張勳部攻打太平門，雷震春部攻打南門，馮國璋部攻打北門。張勳使用掘地道、埋地雷種種方法，轟倒了一段城牆，於9月1日攻進了太平門。城破後，北洋軍放火燒了下關，城內還有三五成群的討袁軍殘部在巷戰，這時的討袁軍總司令何海鳴，躲在馬棚草堆下得以乘機逃脫。從9月1日至3日，張勳大縱兵士任意地姦淫搶劫，他於9月4日才進城。洗城的那三天中，雷震春軍在南門，張勳軍在北門，好像劃分勢力範圍一樣，挨家挨戶地燒殺搶擄，上自天花板，下至陰溝都不放過。許多婦女投秦淮河自殺。由於討袁軍總司令黃興是湖南人，堅守南京的部隊也絕大部分是湖南人，因此張勳對湖南人恨得最厲害，湖南會館先被查封，湖南人被殺的也不計其數。在搶劫過程中，城內大街小巷出現了各式各樣的怪現象，有些兵士脫下軍衣，把步槍當作扁擔來搬走他們的「戰利品」，有的強迫人力車替他們搬運，有的則因搶奪贓物而互相槍擊。張勳雖然打了一次勝仗，可是等到士兵們歸隊點名時，卻少了很多，這些士兵不是戰死而是失蹤，他們為什麼失蹤呢？原來他們打完了仗，老總們都飽擄滿載，發了一筆不小的財，於是他們便開小差回家去享福了。
南京市民用罷市運動來抗議辮子軍的罪行，張勳用武力對付，強迫商人開市，他認為開門七件事最要緊，乃勒令柴、米、油、鹽、醬、醋、茶店鋪首先開門，其餘的則一概不理。
9月9日，滬寧火車首次通車，南京市民們扶老攜幼，不約而同地都趕到火車站，想搭車離京，以逃避辮子軍暗無天日的洗劫。火車站上人山人海，擁擠不堪，人人都爭先恐後要離開南京這座黑地獄。因為辮子軍在南京的洗劫，毫無終止的跡象，同時又聽說張勳且要駐節南京，遂使南京市民們一傳十、十傳百，這是由於張勳過去治理南京的餘悸還深印在大家心上。
提起張勳實在是中國近代史上的一個怪物，他的辮子軍殺人放火無所不為。當清帝退位前，他曾率軍勤王，勤王軍在天津被洋兵擋阻，他才怏怏回到德州。這次聽到革命黨又在南京「造反」，「袁宮保」又要和革命軍打仗，他乃自告奮勇率兵剿「匪」。袁派他會同馮國璋攻南京，這正給他恢複自己因辛亥革命而失去的江南地盤的大好機會。
張勳和辮子軍攻下南京後，大肆洗劫，使到天愁地暗，中外震動，連袁世凱聽了也為之驚訝，於是發電給南京各軍師，全電如下：
「閱路透電，稱南京城內住宅商店，茅舍草屋，無不被搶，婦女老小貧富，多被姦淫，其餘均入外人家避難，各軍皆然，而張部藍衣兵實占多數。各官長目睹不理，所謂不傷一人，不驚一戶之宣告，完全背棄。日本民居，亦多被害，有自日領署出者，被兵槍斃三人，受傷一人云雲。此次大兵南下，伐罪救民，似此強暴行為，如果盡確，則是喪盡名譽，大幹軍律。查各國軍人素尚文明，即俘虜亦無凌虐。吾國削平內亂，自殘同類，已屬可矜，況無辜良民，久困匪中，日望援救，聞者墜淚，見者痛心。若以盜賊之行為，尤而效之，各國傳布報紙，目為野蠻，於立國大勢，所關非細。且亂黨乘間抵隙，執為口實，更足以煽動人心，東南大局，何時可定？各弁目等，誰無身家妻子，入伍為兵，退伍即民，易地以觀，忍乎不忍？民納稅以給餉，兵出力以衛民，不能衛之，而反擾之，天良何在？為之官長者，目睹何忍？本大總統治軍數十載，素以保民為宗旨，聞此情形，不禁泣下。仰即傳集各該官長，剴切誥誡，並明查暗訪，得有奸搶實據，立按軍法嚴辦，以期湔洗於萬一。至保護外人生命財產，更屬文明通例，尤應格外留意，勿因細故，敗壞大局為要。」
張勳復袁電一：「大總統鈞鑒：魚電謹悉。此次南京城下之日，各軍爭功，蜂擁而進，與匪軍巷戰一二晝夜，全城鼎沸，子彈紛馳。嗣後匪軍逃竄，乘機搶掠，土匪助虐，益肆兇殘，多有假冒官軍情事。當此之時，秩序已紊，加以各軍號令不一，非以嚴刑，難期整飭。勛因破除情面，隨派幹練弁兵，巡行街市，隨地正法者二百餘名，截留衣物無算。然後始得漸就平復，此金陵各國旅居洋人之所共見。今路透電，乃以藍衣兵獨佔多數為言。查勛軍入城，僅佔東北一隅，此處荒僻，民戶無多，其餘各處繁盛之區，均由各軍分扎，孰搶孰否，不難按戶而稽。且前次我軍奪取天保城各要隘時，匪軍屢次喬扮勛軍裝服，希圖混進。且藍衣之說，亦難據為確實證據，亦何所用其回護。應請簡派公正大員來寧，親赴被難之家，確實調查，以昭信讞，而全軍譽。」
張勳雖複電給袁，推卸洗劫南京的責任，可是辮子軍的暴行，中外目睹，所以袁世凱和北京參謀本部、陸軍部都來電徹查，使他也極為傷腦筋，不得不再二再三申復。下面是張勳的第二、第三次給袁複電：
張勳復袁電二：「大總統鈞鑒：拱密。參陸西部陽電，傳奉鈞令，敬悉。此次南京倡亂獨立，城內閭閻，本已重遭糜爛，迨及城下之日，諸軍萃集，巷戰連朝，土匪潰軍，乘機焚掠，於時秩序已紊，諸統將專事殺敵，兼顧難周。一二不法軍人，趁各軍號令尚未統一之際，繼匪軍劫掠之餘，見物輒取，固所不免，當經派員率隊巡行街市，但見有持挾衣物搶掠者，無論軍匪，概行立地正法。計共斬決二百餘名，截留衣物無算，均交商會分別給主認領，並將約束不嚴之該管官弁斥革。中外商民，皆所共見。現仍會同諸軍竭力稽查，認真根究，務得實犯，嚴加懲辦。謹此復陳，伏乞垂察。」
張勳復袁電三：「大總統鈞鑒：魚日電諭敬悉。重承責問，滋切悚皇。此次叛兵佔據金陵，反覆哄爭，閉關自毒，地方秩序，業已破壞不堪。迨海陸各軍，會合圍攻，全城均當戰線，攻者愈力，守者愈堅，居民遷徙避藏，受無妄之災者亦愈眾。既而逆首知勢不敵，竄匿無蹤，合數萬之悍賊驍匪，以及失業遊民，麇集一隅，漫無約束，其任意勒索，多方蹂躪，人言鑿鑿，聞者寒心。勛等逆料及此，迭經通飭營隊，曉諭軍人，務以恪守紀律，不擾善良為第一要義。復傳集各官長剴切告誡，不啻三令五申。惟民匪同困重圍，本屬斷腕求瘳之計。若戰鬥中而復責以保護，智勇俱難為力。堅城既破，我軍如牆而進，肉搏衝鋒，賊匪梗頑，尚在竭力抵禦，黠者褫裝棄械，隨處搜括，紛紛潰逃。地痞流氓，爭取所遺衣械，遂得假冒兵士，乘機劫奪，快意須臾。與勛前攻天保城時，叛軍多草帽藍衣，希圖擾亂伎倆，如出一轍。賊倡其先，匪踵其後，荒衢僻巷，亦幾十室九空。其時我軍師旅團營，參伍綜錯，注重佔領要隘，警備非常，不能遽爾分兵四齣剿捕。營壘粗就，始得派遣游騎周匡偵巡，餘孽漸次肅清，而公私已蕩然盡矣。勛等馳入寧垣，察視情形，雖不至如路透電所云之甚，然瘡痍遍地，目擊心傷。一面會同出示招集流亡，並分別嚴申軍令，拿獲搶劫之犯，隨時立正典刑，兵士間有取攜，亦揮涕斬殉不少寬假。連日捕殺約百餘人，所有贓物，概發商會招領，市面略定，人心少安。勛與國璋，督師分道南來，既未能不戰而屈人，又無從臨戰而弭禍，彷徨中夜，內疚良多。而路透電竟以賊匪強暴慘虐之行為，獨使我軍蒙其重謗，不惟勛等難甘默認，即全軍官長均受有完全教育，詎肯明知故縱，棄隳身名。事實始終，歷歷在目，固非一人一時之言所得掩飾，又豈容悠悠詆毀，淆惑聽聞。應請大總統派員來寧，切實調查，秉公核辦，以息謠諑，而定是非。冒瀆鈞聰，伏希垂鑒。」
袁世凱在癸丑之役陸續擊潰了革命軍後，就頒發了大批勳章和晉級命令。張勳得到勛一位和江蘇都督。袁的本意是要把江蘇都督給他的親信馮國璋的，可是這次南京之戰，首先攻城的，是張勳所統的辮子軍，為了表示大公無私，和嘉獎有功，便不得不改變計畫，把江蘇都督給了張勳。因此，馮國璋在收編南京城內外的討袁軍殘部後，便一聲不響地率領他的部隊渡江而去。
張勳做了江蘇都督後，偌大的一個南京城立刻就看不到一點民國氣象，完全恢複清代的氣氛。他絕對不准他的兵士們剪掉辮子，因為辮子已成他的軍隊的特別標誌。他看見穿西裝剪短頭髮的人就生氣，看見留辮子的就引為同志，於是，南