二次革命爆發後，袁大舉向南方用兵，並發出兩道通令（民國2年7月），第一道是致各省宣布意旨電：
「余以衰病餘生，伏處已久，稍有田園之樂，自問已無事可為。此次出山，實緣事機危迫，不忍見人民陷於牛馬奴隸之域，故冒萬險，膺茲艱巨。受事以來，始終以尊重人道主義，及適合世界大勢為主旨，苟可和平維持，決不輕事破裂，並非兵力有所不足，實緣民困已極，不堪再受戰禍，一年以來彌縫遷就之苦衷，當為國民所共諒。現在財政、外交觸處荊棘，國家運命旦夕可危，凡有血氣之倫，自應以同舟共濟之心，為披髮纓冠之計，決不肯再言破壞，自取覆亡，乃若有之，則亦二三不逞之徒，生性好亂，必不能得多數國民之同情，本大總統若再曲予優容，便與此輩同為亡國禍首，非惟辜負眾望，實亦矛盾初衷，惟有犧牲一身，保全大局，竭我棉力，殄此么魔。諸君各膺疆寄，必有同心，願共勉之。」
第二道是為了「贛亂」的通令：
「共和民國，以人民為主體，而人民代表，以國會為機關，政治不善，國會有監督之責，政府不良，國會有彈劾之例。大總統由國會選舉，與君主時代子孫帝王萬世之業，迥不相同。今國會早開，人民代表，咸集都下，憲法未定，約法尚存，非經國會，無自發生監督之權，更無擅自立法之理，豈少數人所能自由起滅，又豈能以少數人權利之爭，掩盡天下人民代表之耳目。此次派兵赴潯，迭經本大總統及副總統一再宣布，本末瞭然，何得信口雌黃，借為煽亂營私之具。今閱歐陽武通電，竟指國軍為袁軍，全無國家觀念，純乎部落思想。又稱蹂躪淫戮，廬墓為墟等情，九江為中外雜居之地，萬目睽睽，視察之使，絡繹於途，何至無所聞見。陳廷訓之告急，黎兼督之派兵，各行其職，堂堂正正，何謂陰謀？孤軍救援，何謂三道進兵。即歐陽武蒸日通電，亦云『李烈鈞到湖口，武開兩團往攻』等語，安有叛徒進踞要塞，而中央政府該管都督撤兵藉寇之理？豈陳廷訓、劉世均近在九江之電不足為憑，而獨以歐陽武遠在南昌之電為足信？豈贛省三千萬之生命財產，獨非中華民國之人民？李純所率之兩團，獨非江西兼督之防軍？歐陽武以護軍使不足，而自為都督，並稱經省會公舉。約法具在，無此明條，似此謬妄，欺三尺童子不足，而欺天下人民，誰其信之！且與本大總統除亂安民之宗旨，與迭次之命令，全不相符，捏詞誣衊，稱兵犯順，視政府如仇敵，視國會若土苴，推翻共和，破壞民國，全國公敵，萬世罪人。獨我無辜之良民，則奔走流離，不知所屆。本大總統心實痛之。本大總統年逾五十，衰病侵尋。以四百兆人民之付託，茹苦年余，無非欲使黎民子孫免為牛馬奴隸。此種破壞舉動，本大總統在任一日，即當犧牲一切救國救民。現在正式選舉，瞬將舉行，雖甚不肖，斷不致以兵力爭擅權利，況艱辛困苦，尤無權利之可言。副總統兼圻重任，經本大總統委託討逆，責有攸歸，或乃視為鄂贛之爭，尤非事實，仍應責成該兼督速平內亂，拯民水火，各省都督等，同心匡助，毋視中華民國為一人一家之事，毋視人民代表為可有可無之人，我五大族之生靈，或不至斷送於亂徒之手。查歐陽武前日電文，詞意誠懇，與此電判若兩人，難保非金壬挾持，假借名義。俟派員查明再行核辦。此令」。
21日又發布如下的命令：
「湖口、徐州等處暴徒倡亂，政府為整肅紀綱，維持國本起見，不得不以兵力戡定，迭經先後布告。本大總統躬承國民付託之重，值此變出非常，蕩平內亂，責無旁貸，耿耿此心，當為我國民所共諒，各友邦所悉知。惟恐傳聞之異詞，或以方針之未定，國民以姑息養奸所責備，外商以身命財產為隱憂，若不明白宣告，使我全國人民咸知順逆從違之所在，各外商共悉鎮亂靖暴之有方，其何以靖人心而昭大信？為此通令，條舉三端：一、該暴徒勾煽叛兵，僭竊土地，擅行宣布獨立，破壞民國之統一，擾害地方之治安，此等行為，實為亂黨，政府不得不依照國家法律以兵警戒。是用兵定亂，為行使約法上之統治權，民國政府當然有此責任。二、各國商民之通商傳教，載在條約。凡有亂警地方，該地司令官均應照約實力保護，務使各外國人之身命財產，不致因亂事稍受危險。嗣後各該地方之外國人所有身命財產，如因鎮壓變亂而直接受有損失者，民國政府必完全負其責任。三、亂黨到處勾結，如有本國人與之訂立一切契約，而影響可以及於國家或一地方者，無論用何種方法，及何種名義，民國政府絕不承認。以上三端，自本令發布以後，應由各該地司令官通行布告。仍著外交總長行文駐京各國公使查照，以副友邦熱誠贊助之雅懷，而示本大總統除暴安良之至意。此令。」
當袁大舉向南方用兵時，雖然已對國民黨撕破了臉，滿口亂黨叛徒，可是獨對孫中山先生還很客氣。不過孫中山卻不能不表示嚴正的態度，乃發電致袁，原電云：
「北京袁大總統鑒：文於去年北上，與公握手言歡，聞公諄諄以人民國家為念，以一日在職為苦。文謂國民屬望於公，不僅在臨時政府而已，十年以內，大總統非公莫屬。此言非僅對公言之，且對國民言之。自是以來，雖激昂之士，於公時有責言，文之初衷未嘗少易。何圖宋案發生以來，證據宣布，愕然出諸意外，不料公言與行違至於如此，既憤且懣；而公更違法借款，以作戰費，無故調兵，以速戰禍，異己既去，兵釁仍挑，以致東南民軍，荷戈而起，眾口一辭，集於公之一身。意公此時，必以平亂為言，故無論東南軍民，未叛國家，未擾秩序，不得雲亂；即使曰亂，而釀亂者誰？公於天下後世亦無以自解。公之左右陷公於不義，致有今日，此時必且勸公乘此一逞，樹威雪憤。此但自為計，固未為國民計，為公計也。清帝辭位，公舉其謀，清帝不忍人民塗炭，公寧忍之？公果欲一戰成事，宜用於效忠清帝之時，不宜用於此時也。說者謂公雖欲引退，而部下牽掣，終不能決，然人各有所難，文當日辭職，推薦公於國民，固有人責言，謂文知徇北軍之意，而不知顧十七省人民之付託，文於彼時，屹不為動。人之進退，綽有餘裕，若謂為人牽掣，不能自由，苟非託辭，即為自表無能，公必不爾也。為公僕者，受國民反對，猶當引退，況於國民以死相拚！殺一無辜以得天下，猶不可為，況流天下之血以從一己之欲！公今日舍辭職外，決無他策；昔日為任天下之重而來，今日為息天下之禍而去，出處光明，於公何憾！公能行此，文必力勸東南軍民，易惡感為善意，不使公懷騎虎之慮；若公必欲殘民以逞，善言不入，文不忍東南人民久困兵革，必以前此反對君主專制之決心，反對公之一人，義無反顧。謹為最後之忠告，惟裁鑒之！」
孫中山同時發出通電一道，略云：
「北京參議院、眾議院、國務院、各省都督、民政長、各軍、師、旅長鑒：江西事起，南京各處以次響應，一致以討袁為標幟……大勢至此，全國流血之禍繫於袁氏之一身，聞袁氏決以兵力對待，是無論勝敗，而生民塗炭，必不可免。……使袁氏果而出此，非惟貽民國之禍，亦且騰各國之笑。……袁不宜借口部下之擁戴，而拒東南人民之要求，可斷言矣。諸公維持民國，為人民所攸賴，當此人民絕續之際，望以民命為重，以國危為急，同向袁氏勸以早日辭職，以息戰禍！倘袁氏執拗不聽，必欲犧牲國家人民，以成一己之業，想諸公亦必不容此禍魁！文於此時，亦惟有從國民之後，義不返顧。」
二次革命是由江西肇始，贛軍雖然在開始時打了一場漂亮的勝仗，可是北洋軍增援後，大舉猛進，相持十餘日，湖口要塞司令陳廷訓被袁收買，暗與北軍相通，於7月24日晚令炮兵反擊贛軍。贛軍不及防備，前後受敵，不得已遂放棄湖口。25日北軍遂入據湖口縣，李烈鈞雖戮力抵抗，但要塞已失，門戶大開，江西已無險可守，8月18日南昌失陷。袁世凱以李純為江西護軍使，李廷玉襄辦江西軍務，旅長馬繼增升第六師師長。
袁軍攻入南昌後，軍紀之壞，和洗劫南京大同小異，南昌富室均被指為國民黨，劫掠其財物，姦淫其子女，尤以第六師十一旅旅長兼南昌衛戍司令張敬堯所部，一如辮子軍張勳所部一樣，入南昌的第一天就橫屍1000餘具，其慘狀可以想像。南昌危急時，江西都督歐陽武自稱罪人，到吉安青源山為僧，號止戈和尚。9月中旬北洋軍已完全佔領江西後，江西水巡局長倪占魁，把他從山上解到南昌來，李純命予以優待，發交軍法處收押。他寫信給南昌商會，有：「祖母九旬，老父七十，為武不肖，朝夕聚哭，求死不得，言之心酸。」商會乃代為求情。9月27日解北京，判處二等有期徒刑八年，10月30日獲特赦。
安徽宣告獨立時，民元做過皖軍總指揮、臨陣失蹤的胡萬泰，又爬上了都督座位，把署理都督孫多森請到原來的民政長椅子上。不久討袁軍兩路失敗，胡乃取消獨立，於7月22日偕孫多森逃走，剩下都督的空位子，給憲兵營長祁耿寰坐了幾天，又讓給劉國棟。7月27日柏文蔚回到安慶