中華民國臨時政府第一任內閣總理唐紹儀，於民國元年6月15日離京，27日辭職獲准，袁世凱於6月29日發表外交總長陸徵祥出組新閣。袁想強調這個新閣是一個「超然內閣」，既不屬於袁系，也不是同盟會或君主立憲派。陸徵祥字子興或者為子欣，1871年（同治十年）6月12日生，江蘇上海人，畢業於廣方言館和同文館，攻讀英、法、德、俄文，隨清朝駐俄、德、奧、荷四國欽差大臣許景澄在駐俄使館任翻譯，此後即一直在外交界服務，民國成立前，已升任駐俄公使。他在國內政治上是個超然的、無色彩的外交家，又對國內政情不十分熟悉，因此是一個最好利用的人物。
陸徵祥的內閣，有四個部的總長獲得連任，就是外交陸徵祥兼，內務趙秉鈞，陸軍段祺瑞，海軍劉冠雄，由於這四名閣員連任，所以不提交參議院徵求同意。另外六個新閣員名單是：財政總長周自齊、司法總長章宗祥、教育總長孫毓筠、農林總長王人文、交通總長鬍惟德、工商總長沈秉堃。決定這份名單以前，袁預定邀請同盟會會員的名單中，除了孫毓筠和沈秉堃外，還有的屬意於胡瑛，曾派熊希齡及總統府秘書曾彝進分別去和孫、沈、胡接觸。袁認為這三個人和周自齊都曾任過都督，於內政皆有經驗，如能入閣，對於軍民分治和內政統一均有幫助。至於內定交通總長鬍惟德，是陸徵祥所主張，由於陸徵祥回國未久，對於本國政界情形多不熟習，所以要找一個和他關係較深的朋友來配合，胡和陸共事多年，服務外交，洞悉條約，交通部所掌事業多和交涉條約有關，故要胡惟德主交通。
胡瑛是南京臨時政府時所派的山東都督，他循海路赴煙台，由杜潛率閩軍三千乘海籌等五艦護送抵煙，成立都督府，委張學濟為秘書長，連紹先為魯軍司令。但山東方面已有袁派的張廣建自稱山東都督，所以大家只好稱胡瑛為煙台都督。他電邀在天津辦報的胡鄂公來煙台，想請這位本家做魯軍總司令。胡鄂公問他：「你有多少槍？多少兵？」胡都督答：「尚待調查。」又問：「張廣建有多大力量？」胡瑛亦搖頭說：「不大清楚。」胡鄂公說：「既不知己，又不知彼，這戰爭如何打？」不久，胡瑛、張廣建兩敗俱傷，袁乃派周自齊以度支部首領調任山東都督，另任胡瑛為陝甘經略使，其後再改為新疆、青海屯墾使。當胡、張互爭都督時，在武昌的黎元洪，為了調停山東爭督事，曾發出通電：「胡都督賢勞國事，奔走拘囚，自武漢起義，贊助外交，東南半壁倚為長城，元洪飲水思源，尤所深感，乃因蘄求統一，竟請取消重任，歸隱故園，視富貴若浮雲，愛共和若性命，此等人格，直當鑄金事之。……至張都督內清伏莽，外固邊防，而人地似不相宜，再四思維，惟有懇袁大總統將胡都督准予離職，張都督調離東任」云云。
陸是於元年6月29日受任國務總理，7月18日經參議院以74票通過其出任總理。即日以總理身份赴參議院報告施政方針。由於陸頗有國際聲譽，所以議員們認為必有高見，怎知陸演講說：
「徵祥今日第一次到貴院與諸君子相見，亦第一次與諸君子直接辦事，徵祥非常欣幸。徵祥二十年來，一向在外，此次回來，又是一番新氣象。當在外洋之時，雖則有二十年，然企望本國之心，一日不忘。公使三年一任之制，尚未規定，所以二十年中，回國難逢機會。然每遇中國人之在外洋者，或是貴客，或是商家，或是學生，或是勞力之苦民，無不與之周旋。因為徵祥極喜歡本國人。此次回來，本國朋友非常之少，尚望諸君子以徵祥在外洋時周旋本國人來對待徵祥，則徵祥非常榮幸。二十年間，第一次回國僅三個月，在京不過兩星期。第二次返國，還是在前年，在本國有十一月左右。回來之時，與各界之人往來頗少，而各界人目徵祥為一奇怪之人物。徵祥不願吃花酒，不願恭維官場，還有親戚亦不接洽，謂徵祥不引用己人，不肯借錢，所以交際場中，極為冷淡。此次以不願恭維官場不引用己人不肯借錢之人，居然叫他來辦極大之事體，徵祥清夜自思，今日實生平最欣樂之一日。在外國時不知有生日，因老母故世頗早，此回實可謂徵祥再生之日。以上所說之話，不在公事之內」云云。
議員們聽了陸這篇演說為之大嘩。第二天參議院投票表決陸所提的閣員同意案時，遂主張以不信任總理而悉數予以否決。不過也有主張讓陸一試，其理由為：（一）陸在參議院的演說，系說明提出閣員的理由，並非發表政見；（二）當前局勢有政府總比無政府好，陸組閣還未成，未經考驗，無從分別其好壞；（三）陸敘其生平不賭博不做生日，正見其人不矯飾不欺人；（四）袁事後對人表示，即使不擅長演說，亦不見得不足以擔任總理。俾斯麥一到議會便面紅耳赤，然俾斯麥卻是一個偉大的政治家；（五）陸徵祥在參議院獲得74張同意票，今若因一席談話便推翻其總理，則當日之74張同意票豈非盲舉。
儘管袁和部分參議員有上述主張，可是參議院仍然予陸以極大的難堪，在不給陸總理面子的原則下，一口氣把陸所提的六位閣員名單全部否決。陸徵祥還未過了國務總理的癮便先嘗到當總理的苦頭，嚇得只好稱病住進醫院，其實也是無臉見人。他住進醫院後，抵死也不肯出來。
自參議院否決了陸內閣新閣員名單後，同盟會的議員們認為袁世凱的「超然內閣」路線走不通，於是大家又唱出「政黨責任內閣」。擁宋派主張由宋教仁組閣，亦有主張由黎元洪組閣，其下由同盟會和統一共和黨聯合參加。這個醞釀並且見諸行動，是在什剎海的集賢堂公開討論，由唐內閣秘書長魏宸組提出，宋教仁極力贊成。還有一派主張由蔡鍔組閣，因蔡是統一共和黨人，而其主張又和共和黨接近。同盟會對蔡亦引為同志，蔡鍔出來組閣，同盟會和統一共和黨都會全力支持，共和黨亦無從反對。
當組閣問題正在醞釀時，國際間發生了兩件大事：一是《日俄同盟條約》簽訂，過去日俄對立，在侵略中國行動上互相監視，於中國是有利的，這是李鴻章外交上的大原則。日俄同盟，聯成一氣，可以同心協力瓜分中國，於中國是大不利；另一事是英國宣布在西藏有絕對自由行動的權利。由於這兩個外交事件的刺激，使陸徵祥組閣化險為夷，因陸長於外交，正符現實需要。
同時參議院中部分議員亦認為應該委曲求全，其他如孫毓筠則認為總統可以解散參議院，與其無政府，不如無參議院，北京各報亦贊成孫的提議。
對議會的反感可由章炳麟、張紹曾、孫毓筠、王賡等致武昌一則電報表露無遺，電云：
「武昌黎副總統鑒：借款不決，東使西行，處分支那，已在商議，往返四月，勢即瓜分。原其借口，在中國政府之無能力，政府之無能力，在參議院之築室道謀，議在錐刀，破文拆字，用一人必求同意，提一案必起紛爭，始以黨見忌人，終以攻人利己。財政部制議二月而不成，陸總長名單以眾爐而反對，裁兵之案延宕逾時，省制之文磋磨累月，以致政務停頓，人才淹滯，名曰議員，實為奸府。時不待人，他族入主，當是時，議員各鳥獸散矣，尚能為國民負責任耶？追念前清之亡，既由立憲，俯察後來之禍，亦在共和，邇來南北智士，金謂改定《約法》，尚待來年，急在燃眉，豈可坐俟？大總統總攬政務，責任攸歸，此存亡危急之頃，國土之保全為重，民權之發達為輕，國之不存，議員焉附，宜請大總統暫以便宜行事，勿容拘牽《約法》以待危亡。為議員者亦當重國家，暫舍高權，總己以聽，此蓋眾心所同而未敢冒死以爭者也。某等輇材綿力，人微言輕，以公首倡大義，勛業格天，一言之重，逾於九鼎，為此冒死直陳，不避斧鉞，敢請昌言建議，並與各都督協商，速振紀綱以救滅亡，不勝煌悚待命之至。」
另有武昌軍界首領前鄂軍第四鎮統制鄧玉麟、軍務部長閻鴻飛、軍政府軍咨官方興等，聯名致函參議員，全函略云：「參議院諸君惠鑒：諸君非代表全國，自負為憂時愛國者乎？亦曾思廿世紀為何時代？中國所處地位為何地位乎？自第一期內閣推翻，新內閣組織月余，尚未完全，列強對於遠東政策為之大變。外交團借債決裂，日皇親臨議會，西藏風雲日形緊急，庫倫之兵進攻科布多，瓜分慘禍懸諸眉睫。其所以遲遲未發者，蓋一二野心國欲肄鯨吞獨佔優勝，均勢之局尚未協議妥洽耳。今則桂太郎業已首途西遊矣，日俄同盟業已騰播世界矣。當此萬鈞一發之時，諸君即協力同心，消融一切，孜孜焉討論大計，力圖補救尚虞不濟……竟於日昨政府提出之新國務員六名，概以不同意否決之，似此視國事如兒戲，腆然糜月薪二百元，真全無心肝，不知人世何者為恥辱！無論該六員中若沈、王、周之久歷封疆，夙著成效，即胡、孫、章，亦為近今人材。諸君於其中二三人不能滿意，尚屬情理，今概以否決了之……玉麟輩嫉惡如仇，不知忌諱，今與諸君約，苟能痛改前非，以國家為前提，則寬其既往，予以自新，以觀後效；如仍怙過不悛，則玉麟輩一介武夫，為國家起見，惟知以武力判斷，雖受破壞立法機關之痛罵