孫大總統在南京接到清帝退位和袁世凱贊成共和兩電後，即以兩電致袁世凱，告以推讓之意，並再促其南來。電曰：
（一）「萬急。北京袁慰庭先生鑒：電悉。文以菲材，辱膺國民推戴，受任以來，拮据張皇，力不副願，嘗恐覆餗貽羞，負國民委託之重。自慚受任無狀，日夜希冀推賢讓能。苟得如公者，舉而自代，其締造國民幸福，當非意料所能預揣，文即引躬退在草野，為一共和國民，於願已非常滿足。無如時勢未來，形格勢禁，致公未得即遂共和進行之願，文實屍位至今。幸得清帝遜位，民國確立，維持北方各部統一，此實惟公一人是賴。語云：英雄造時勢，蓋謂是也。文徒何功？過蒙獎譽，曷勝愧汗。新舊交替，萬機待舉，遺大投艱，非公莫辦，謹虛左位，以俟明哲，易勝佇立，翹望之至。孫文。元。」
（二）「萬急。北京袁慰庭先生鑒：真電及唐轉來真（十一日）電具悉。清帝辭位，執事宣言贊成共和，民國從此大定，不勝忻慶！蓋全國人民之幸福也。現即報告參議院，提出辭表，推薦執事。至共和政府不能由清帝委任組織，若果行之，恐生莫大枝節。執事明於理勢，當必知此，請即速來寧，以副眾望；如慮一時北方無人維持秩序，當可由執事舉人，電知臨時政府，畀以鎮守北方全權。謹布候復，並表歡迎之至意。孫文。」
同日，孫大總統以清帝退位，袁世凱宣布絕對贊成共和，乃以「功成身退」之襟懷，向參議院提出辭職咨文，並為鞏固民國而附提三項條件。咨文曰：
中華民國臨時大總統咨：前後和議情形，並昨日伍代表得北京一電，本處又接北京一電，又接唐紹儀電，均經咨明貴院在案。本總統以為我國民之志，在建設共和，傾覆專制，義師大起，全國景從。清帝鑒於大勢，知保全君位，必然無效，遂有退位之議。今既宣布退位，贊成共和，承認中華民國，從此帝制永不留存於中國之內，民國目的，亦已達到。締造民國之始，本總統被選為公僕，宣言誓書，實以傾覆專制，鞏固民國，圖謀民生幸福為任。至專制政府既倒，國內無變亂，民國卓立於世界，為列邦公認，本總統即行辭職。現在清帝退位，專制已除，南北一心，更無變亂，民國為各國承認，旦夕可期，本總統當踐誓言，辭職引退。為此咨告貴院，應代表國民之公意，速舉賢能，來南京接事，以便解職。附辦法條件如左：
——臨時政府地點設於南京，為各省代表所議定，不能更改。——辭職後，俟參議院舉定新總統親到南京受任之時，大總統及國務各員乃行解職。
——臨時政府《約法》為參議院所制定，新總統必須遵守；頒布之一切法制章程，非經參議院改訂，仍繼續有效。此咨參議院。
同時，孫大總統踐履前約，提出推薦袁世凱候選臨時大總統之咨文。文曰。
「臨時大總統孫咨：今日本總統提出辭職，要求改選賢能。選舉之事，原國民公權，本總統實無容喙之地，惟前使伍代表電北京有約，以清帝實行退位，袁世凱君宣布政見，贊成共和，即當推讓，提議於貴院，亦表同情。此次清帝遜位，南北統一，袁君之力實多，發表政見，更為絕對贊成，舉為公僕，必能盡忠民國。且袁君富於經驗，民國統一，賴有建設之才，故敢以私見貢薦於貴院，請為民國前途熟計，無失當選之人，大局幸甚。此咨。」
以上兩咨文，於同日通電全國各報館，除全文發表外，並電請各報館宣揚袁氏促成清帝退位、鞏共和之功。
由孫大總統這兩件咨文便可以看出他是個偉大的革命人物，不戀權位，重然諾，視大總統為公僕；不過他了解袁是一個只知實力政治而不尊重法治的人，所以他有所保留，附帶了條件，促使袁到南京來繼任總統而脫離北京的封建勢力，同時把臨時參議院所制定的《臨時約法》作為一道緊箍咒套在袁的頸項上，藉以約束袁的野心，而使其走上法治軌道。
袁世凱在清帝退位後即以全權名義布告中外大小文武官署，全文如下：
「現在共和國體，業經宣布，世凱忝膺組織臨時政府之任，力小荷重，深懼弗勝。竊念政府機關，不容有一日之間斷，現值組織臨時政府，所有舊日政務，目下仍當繼續進行。庶政方新，百端待舉，全賴群策群力，互相匡濟，務以保全治安，共維大同為要務。在新官制未定以前，凡現在內外大小文武官署人員，均應照舊供職，毋曠厥官。所有應行公務，應司職掌，以及公款、公物均應照常辦理，切實保管，不容稍懈，倘有借端規避曠厥職官者，不獨違背官規，抑且放棄國民義務。竊願在官諸君子，共懍此意！」
同日並將退位詔旨致各國公使，轉達各國政府。袁稱臨時政府首領，各部大臣名為首領。
元年2月15日，臨時參議院開臨時大總統選舉會，到17省代表人，共計17票。投票結果，袁世凱得17票，當選為中華民國臨時大總統，當即致電北京，電文曰：
「北京袁慰庭先生鑒：昨孫大總統辭職，經本院承諾，業已電知尊處。本日開臨時大總統選舉會，滿場一致，選公為中華民國臨時大總統。查世界歷史，選舉大總統，滿場一致者，只華盛頓一人。公為再見。同人深幸公為世界之第二華盛頓，我中華民國之第一之偉業，共和之幸福，實基此日。務請得電後，即日駕蒞南京參議院受職。共和萬歲！中華民國萬歲！」
2月20日，臨時參議院公舉黎元洪任中華民國副總統。
民國議和代表伍廷芳及參贊溫宗堯、汪兆銘，以清帝退位，民國統一，議和任務告一段落，乃於2月16日向孫大總統及各省都督通電報告關於清帝退位與優待條件之交涉經過，並作數項解釋。電文曰：
「南京孫大總統、武昌黎副總統、各省都督公鑒：廷與前清內閣協議清帝辭位後之優待條件，已於初九日致各省都督青電，略陳梗概，諒蒙洞鑒。初十、十一等日，與前清內閣往複磋商，昨日得其複電，已全體承諾。案清帝辭位問題，彼此籌商，一月有餘，關於辭位以後優待條件，尤費籌劃。民國政府宗旨，在合漢、滿、蒙、回、藏各民族，以建中華民國，已屢次剴切宣明，而所定滿、蒙、回、藏各民族贊成共和之待遇條件，於平等大同之義，委曲調護之心，皆已周至。然滿、蒙王公所注目者，不僅在本族之位置，尤在清帝辭位後待遇之厚薄。果使清帝辭位，得蒙優待，則皆以為清帝且如此，滿、蒙諸族更何所慮。設其不然，則皆以為清帝猶不免如此，滿、蒙諸族更無待言。此種存心，驟難解說。前因優待條件，久未商定，大起恐慌。謂即不見容於漢人，不如託庇於外國。東三省及蒙古等處。已見端倪，因疑成隙，將為巨患。延勞心焦思，迭與臨時政府商酌，以為中國歷史上，凡遇鼎革，興朝對於勝朝余裔，恆從優看待，既以成寬容之德，亦以安舊臣之心。況今者民國政府持人道主義，又值清帝贊成共和，自願辭位，民國政府法漢高雍齒且侯之意，承明祖寬待元裔之風，予以優待，必為國民所不拒。惟事關重大，廷雖受議和全權代表之任，而再三審度，不敢擅作主張。爰於本月初四日，將前清內閣所開優待條件，攜赴南京，面商政府諸公，於所開條件，有所修正後，提交參議院再加修正，得多數表決。並謂將來字句之間，如稍有斟酌，無關大體者，不必復須得參議院之同意。廷以議決案電達黎副總統，承表示同情，復前清內閣後，復有所爭持，當經稍加修改，告以自此無可再讓。民國政府於贊成共和自願辭位之清帝，雖可予以優待，然萬不能於共和國體稍有妨礙，致蹈虛君位之嫌。迨十二日下午，得前清內閣回電，已全體承諾，同日清帝辭位之詔，亦已宣布。自此清國統治權全歸消滅，中華民國統一，全國永無君主之餘跡矣。詳審優待條件中，多關於清帝之一身及其祖宗家族等事，與政治無關。其必宜注意者，應一一解釋，以期共喻。謹歷舉如下：
一、清帝名號案關於清帝一身之待遇，廷前只許以待外國君主之禮待之。旋經彼此磋議，以為雖以外國君主之禮相待，不能無所稱謂，乃予以讓帝之號，而彼方以為近於謐法，堅不肯從，始定為清帝辭位之後，尊號仍存不廢。清帝與大清皇帝，名稱不過有詳略之殊，猶之直隸總督，簡稱則為直督。故參議院所堅持者，在辭位之後四字，而於清帝與大清皇帝之別，謂為無關宏旨，可以大清皇帝辭位之後，尊號仍不廢，為最後之決定，蓋如是則辭位之後，自可稱為已經辭位之大清皇帝，與虛君位主義風馬牛不相及也。至於清內閣初所要求者為大清皇帝尊號，相承不替，廷已嚴加拒絕。彼亦慮蹈於虛君位之嫌，承認廷所主張矣。
二、清帝居住前清內閣所要求者，為大內宮殿，或頤和園，隨意居住。廷以專制君主為萬目所共瞻，且居城之中央，阻礙東西南北之交通，必法拆改。清帝只居頤和園，不可仍留宮禁。而前清內閣謂嚴寒之際，倉猝之際，未能即行遷移，應聽暫為居住，日後再退居頤和園，此不過暫時之事。
三、禁衛軍編製前清內閣以清帝辭位後，雖不應仍有禁衛