當君主立憲派的康、梁流亡到東京後，他們的聲勢始終不比革命黨弱，但是清廷不懂得運用這批保皇黨來和革命黨對抗，抵消革命黨的力量，而把康、梁這群保皇黨的人也視為大逆不道。
孫中山先生當時極希望能拉攏康、梁聯合反對清廷。他曾和梁啟超接觸，梁依違不決，而康有為則仍以要擁戴他的「聖主」為目的，最後雙方談不攏。退而求其次，想拉楊度，楊卻介紹同鄉黃興給孫中山先生，當時孫中山先生所領導的革命團體名叫「興中會」，黃興則與宋教仁、陳天華、劉揆一等組織「華興會」。孫、黃一見如故，政治立場也完全相同，於是合併興中會和華興會為「同盟會」，同時吸收章炳麟（號太炎）的「光復會」。這個光復會是上海教育界的反滿秘密組織，光緒卅年（1904年）成立，參加的人有：蔡元培、陶成章、章炳麟、吳敬恆、徐錫麟、馬宗漢、陳伯平、秋瑾等。
光緒卅一年六月二十八日（1905年7月30日），中國同盟會在東京赤坂區檜町黑龍會會所召開籌備會，參加的有：孫中山先生、黃興、張繼、陳天華、宋教仁、馮自由、居正、但燾、馬君武、鄧家彥、黃復生、朱執信、古應芬、宮崎寅藏、內田良平等70餘人，通過同盟會會綱：「驅除韃虜，恢複中華，創立民國，平均地權。」七月廿日（8月20日）下午，同盟會正式在東京赤坂區靈南坂本金彌邸開成立大會，總部組織，設總理一人，公舉孫中山先生，下設三部，（一）執事部，（二）評議部，（三）司法部。執事部負責人黃興，地位如協理。評議部評議長汪精衛。司法部判事長鄧家彥。各省黨務負責人是：直隸張繼，山東徐鏡心和丁惟汾，山西王蔭藩、榮福桐，陝西谷思慎、康寶忠，安徽吳春陽、高蔭藻、孫毓筠，江蘇高劍公、陳劍虹、章梓，浙江秋瑾，湖北時功玖、張昉、陳鎮藩，湖南黃興、仇式匡、宋教仁，四川黃復生、董修武，雲南呂天民、貴州於德坤、平剛，河南杜潛、朱炳麒，福建林時爽，江西張世膺、鍾震川，廣西劉崛、盧汝翼，廣東胡毅生、何公博，南洋胡漢民，上海蔡元培，天津廖仲愷，香港馮自由、李自重、謝英伯。同盟會成立後，編訂革命方略，策劃全國各地起義，擬定了軍政府宣言，軍隊縮制，招降清軍條件，攻城略地，囤糧安民各項辦法和對外宣言等等。
同盟會成立的同時，同志們又在東京赤坂坂本金彌爵邸決議創立《民報》以宣揚革命理論，闡明三民主義為宗旨，藉以對抗立憲黨黨魁梁啟超在橫濱所辦《新民叢報》。梁啟超的文章有迷人的魔力，他可以把白的說成黑的。《新民業報》鼓吹立憲，立場正和革命黨思想相反。《民報》出版後使革命理論才有系統為世人所明了。它於光緒卅一年十月三十日（1905年11月26日）出版於東京牛込區新小川町二丁目八番地，撰稿者有：胡漢民、汪精衛、朱執信、宋教仁，由張繼擔任編輯，第六期起改由章炳麟主編。章在《民報》發刊時還在上海因蘇報案入獄，光緒卅二年（1906年）出獄東渡，接辦《民報》。
《民報》第一期出版後，恰值日本文部省頒布取締留學生規則。當時留學生極為憤懣，罷課者八千餘人，而留學生中分為兩派：一派是留日學生聯合會的秋瑾等，主張全體歸國，是激烈派；一派是維持會的汪精衛，主張繼續留學，是平和派。同時又傳說日本外務省以6000元付孫中山先生，迫其離去橫濱。這種種壓迫，驅使一位卓越的革命黨人陳天華親書絕命書一篇，告留學生總會諸幹事書一篇，然後投海殉職。陳天華的自殺，使《民報》第二期延期出版，可是因為這一風潮，遂使日本取締留學生的規則胎死。
《民報》的發刊詞是孫中山先生親撰，發刊詞的最後一段這麼說：「惟夫一群之中，有少數最良之心理，能策其群而進取之，使最宜之治法，適應於吾群，吾群之進步，適應於世界，此先知先覺之天職，而吾《民報》之所為作也。抑非常革新之學說，其理想輸灌於人心，而化為常識，則其去實行也近，吾於《民報》之出世覘之。」此外胡漢民在《民報》上宣布六大主義：（一）推翻現今之惡劣政府；（二）建設共和政體；（三）土地國有；（四）維持世界真正之和平；（五）主張中國日本兩國之國民大聯合；（六）要求世界列國贊成中國之革新事業。此六大主義，前三項是對內，後三項是對外。
《民報》出版後，和《新民叢報》對立得非常激烈，《民報》第三期還發行號外，刊出《民報與新民叢報辯駁之綱領》，共為12條。因《新民叢報》認為保皇的立憲黨是政治革命，而同盟會是種族革命，《民報》就此對《新民叢報》大打筆墨官司。
在這前後期間，東京的中國留學生，創辦了很多刊物，如：江蘇學生的《江蘇》，浙江學生的《浙江潮》，湖北學生的《漢聲》，湖南學生的《遊學彙編》等。楊度也辦了一個《新中國報》，鼓吹「金鐵主義」，他的言論既不親同盟會，也不親君主立憲派，完全以「第三勢力」面目出現。
宣統元年（1909年）清廷宣布預備行憲後，東京的君主立憲派認為是一大勝利，聲勢大振，於是又組織了一個「政聞社」作為外圍組織，由蔣智由為社長，擁護梁啟超。九月四日，政聞社社員在錦輝館開大會鼓吹「立憲」，請梁啟超主講，政聞社社員200餘人均參加，還邀請了日本政界名流如犬養毅等八九人參加，其他聞風而至的約有七八百人，合共與會人士不下1000人。同盟會的革命同志認為保皇黨如此大肆活動，非加以打擊不可，於是張繼、平剛、陶成章等邀約了幾十人前往參加開會。這天會場因人數過多，秩序很亂，政聞社社員都佩掛紅布條做招待員。搖鈴開會後，主席先報告開會宗旨，然後大聲宣布：「請梁任公先生演講。」梁啟超應聲而起，在掌聲中上了講壇，先講君主立憲的大道理，又講立憲的性質以及國會。他說立憲國家須有監督政府的機構，就是國會，政府好比小孩子不懂事，我們人民通過國會去監督他們的行為，使政府不可亂來云云。他演講時，時有掌聲。最後梁說：現在朝廷下詔定期立憲，我們大家應該歡喜踴躍才是。他的話才講到這兒，突然在台下有一人站了起來，大叫一聲：「馬屁」，然後就叫打，這個人不是別人，卻是革命黨人張繼。只見他卷了袖子，推開人叢往台前奔。梁啟超一聽見有人喊打，也顧不了演講，就回頭往後台跑。這時又有一隻草鞋從講壇左邊飛了過來，正打中梁的左頰，扔草鞋的是一個戴眼鏡的老頭兒。梁挨了一下趕快從樓梯跳下講壇。會場亂作一團，有喊打的，有喊革命黨的，而張這時已搶上了講壇，台下鼓掌歡呼，一霎時由立憲黨的會變成了革命黨的會。張繼先講了一番，隨後宋教仁上台講同盟會的宗旨，他說：「立憲黨是保皇黨的變象，他們是要皇帝，我們不要皇帝，人民就是國家主人。我們不容許文妖（指梁啟超）講君主立憲，我們理想是中華民國」。下面大家熱烈鼓掌。張繼接著又講：「我今天不是和政聞社搗亂，今天因為有點不痛快，想質問犬養毅先生，你在早稻田大學曾告訴中國學生說：中國應當儘速革命，但你今天為什麼要附和保皇黨。」犬養毅被詰，只好上台講了一篇立憲的道理，但最後結論則贊成中國革命。犬養毅講完後，大會就告結束。
有一件趣事，這天立憲黨的人用日本音叫革命黨為苛埋黨，苛埋是日語「米」字，會場上的日本警察搞不清中國怎會有個「米黨」。後來革命黨人也把米字代表革命。
光緒卅一年（1905年），有一個湖南會黨領袖馬福益因革命活動被清吏端方所捕殺。馬福益是湖南湘潭碧水灣人，是哥老會輪迴山佛祖堂山長，有會黨萬餘人，雄視長沙、衡州、永州三府，聲勢浩大，劉揆一曾奉黃興命與馬聯繫，爭取馬參加革命。黃興且曾親訪馬於湘潭茶園鋪礦山岩洞中，黃興、劉揆一、馬福益三人席地而座，殺雞埋土坑中，蓋以柴火，煨熟而食，縱談痛飲至天曉。黃興並仿日本軍制，以同仇會會長兼任大將，劉揆一任中將，馬福益任少將，並決定在光緒卅年（1904年）十月十日（11月16日）慈禧六十歲壽辰，在長沙起事；同時岳州、衡州、寶慶、瀏陽、常德五路響應。起義軍事，長沙方面以武備學堂學生聯絡新舊各軍，會黨為輔；其他方面則以會黨為主，黃興歸途中曾慷慨賦詩，有句：「結義憑杯酒，驅胡等割雞。」由於馬福益參加革命隊伍，哥老會相繼加入的不下10萬人。不幸九月間革命的消息泄漏，起義失敗，黃興得聖公會牧師黃吉亭之助，僥倖脫險，經鄂赴滬。光緒卅一年二月十一日馬福益在長沙被害。馬被殺後革命黨人曾在東京開追悼會，而兩湖人士乃繼續馬福益的計畫為正式起義行動，以湖南之瀏陽醴陵和江西的萍鄉為起義地方，糾結起義人士號三萬人。當時中國中部饑荒，江西南部、湖北西部、湖南北部、四川東南部和揚子江上游沿岸，皆陷於饑饉，工人因米貴減工而失業，萍鄉礦工遂首先發難，四虎徒黨起而響應。這次起義事件，並非奉同盟會東京本部的命令，迨孫中山先生和黃興聽到萍瀏醴起事，才先後