慈禧高齡當國，風燭殘年，當時兩宮不和，光緒所期待的，就是慈禧遲早總要壽終正寢，所以唯一對抗慈禧的方法就是「等待」。不幸，正當慈禧病危時，光緒卻搶在她之先駕崩。光緒先慈禧而死，這件公案是清王朝最後歲月中一大秘密，有人說慈禧垂危時叫人先謀害了光緒，又有人說是袁世凱的陰謀。所有的傳說只是傳說，誰也無法證實真相是怎麼一回事。
袁世凱當然恐懼光緒重新執政，他死命地掌握著北洋軍，鞏固自己的力量，就是以防萬一。光緒卅四年（1908年）皇帝和太后都在病中，清廷計畫為光緒立嗣以備萬一，袁極力支持立慶親王的長孫為嗣，可是他的計畫卻不被慈禧所接受。慈禧雖然不喜歡光緒，但是她和醇親王一家人的關係非常密切，因為她的親妹妹便是嫁給醇親王奕譞。奕譞的兒子中，一個是光緒，一個是載灃。載灃繼承了醇親王的王位，娶的太太又是慈禧親信榮祿的女兒。所以慈禧為了這種私情，寧願把天下交給載灃所生的，才三歲又好哭的溥儀，並命載灃以監國攝政王名義抱了他的兒皇帝統治大清江山。
另有一個傳說是當病中的光緒聽到自己親兄弟要作攝政王，也不禁流露了笑容，於是他秘密地寫了一個字條給載灃，上面只有四個字，是「殺袁世凱」。
袁世凱在醇親王載灃被任命為攝政王以後，也曾做了一番努力，他以國家需立長君為由，建議載灃自己做皇帝，他希望以擁立載灃自己做皇帝，來求取載灃的諒解，可是他這個建議不僅未被載灃接受，反而卻召來一頓很嚴厲的申斥。他乃稱病請假到天津小住。
載灃當國後，真的在籌劃要替皇兄報仇，誅殺袁世凱。康有為有一封「上攝政王」書，這封信強調光緒之死是袁所殺，請「殺賊臣袁世凱」。康函摘要如下：
「罪臣康有為稽顙上書監國攝政王爺殿下：十月二十一日驚聞大行皇帝上賓，天地晦冥，山川崩竭，薄海號痛，泣於昊天，鼎湖攀髯，呼號莫及。嗚呼痛哉！豈謂御宇三十四年捨身愛民之聖主，而棄我臣民如此其速，且如此其酷也。
有為僻居海外，逖聽所得，僉謂逆臣袁世凱蓄謀篡弒，已歷歲年，今次大喪，又適與大行太皇太后之喪後先銜接；稽諸前史，從所未聞，舉國洶洶，杯弓蛇影之痛，懷莫能釋，自推原禍首，莫不集矢於逆臣袁世凱之一身。有為痛急之餘，不揣冒昧，曾僭電殿下，請討賊臣人安社稷，未審九閽深邃能達典簽否也？
自頃日讀宮抄，見大喪之禮無異常，豈先帝之喪實由天禍，而非有如外間所擬議者耶？抑有深哀隱痛，為臣子所不復忍言，而為先帝諱之者耶？海外孤孽，固不敢妄為臆測。雖然逆臣袁世凱為先帝之罪人，固已昭昭然天下所共見，苟有弒逆之事，其惡固擢髮難容，即無弒逆之跡，其罪亦難從末減。有為躬受先帝厚恩，而先帝之知世凱，實由有為，今有為若不揭其惡而正其罪，則將何面目以見先帝於地下，故敢瀝述前事，為殿下陳之。
夫使先帝之喪而有可疑，則逆謀必出自世凱，固無論矣。即日無可疑，然試思先帝方以鼎盛之春秋，曷為而棄我臣民，豈非戊戌以後，十年憂傷，抑鬱之所致乎？而孰使先帝積十年之憂鬱而卒齎志以殂落者，則皆逆臣世凱一人為之也。先帝之事大行太皇太后，仁孝恭謹，四十年如一日，天下之所共聞也。
戊戌春夏之交，先帝發憤於中國之積弱，強鄰之侵凌，毅然維新變法以易天下。其時慈宮聖意所在，非外廷所能窺伺，就令兩宮政見小有異同，而慈孝感召之誠，終未嘗因此而稍殺。自逆臣世凱無端造出謀圍頤和園一語，陰行離間，遂使兩宮之間常有介介，而後此事變遂日出而不窮。先帝所以備歷艱險以迄今日，實惟此之故。今使如世凱言而果有事也，則將謂先帝為此事耶？抑謂全由罪臣有為主謀，而先帝受罪臣之蒙蔽耶？
夫以先帝之仁孝，肯為此悖逆之舉？若世凱謂先帝為與聞，是誣先帝以不孝也。罪臣受先帝特達之知，稍有人心，固不忍行其蒙蔽，且以先帝之英明，又豈罪臣所能蒙蔽者！若世凱謂先帝為罪臣所蒙蔽，是誣先帝以不明也。推原世凱所以造出此無根浮言之故，全由世凱受先帝不次之擢，其事頗為廷臣所矚目，而盈廷洶洶，方與新政為難，世凱忽生自危之心，乃幻出此至狠極毒之惡謀，如俗諺所謂苦肉計者以求自解免，此戊戌冤獄之所由起也。
（中略）
罪臣當光緒二十八年八月初二日恭承先帝手頒硃諭，命以愛惜身體，善自調攝，期他日更效馳驅，共建大業。十年以來，每一憶誦，血與淚俱。今先帝大業已矣，罪臣不敢惜身，惟大仇未報，無以見先帝於地下，且舉國皆畏世凱無恥忘仇，然則先帝之冤非罪臣發之而誰發之？
夫圖治之序固有先後，以中國之大，致強猶反掌耳。但有賊不討，大倫已僉，大法全廢，更何道以治國乎？先帝喪苟有可疑，袁世凱固賊也；既無可疑，袁世凱亦賊也。許子不嘗葯，《春秋》猶書為弒君。夫世凱之所陷先帝者，又豈此嘗葯之比哉？昔齊陳恆弒君，孔子魯人，猶請討之。況罪臣曾受先帝生死骨肉之恩者耶！自念獲罪，不敢冒犯，待之彌月，不能隱忍，敢冒斧鋮之誅，謹以上聞，不勝悲痛哀憤之至，伏惟睿鑒。有為泣血謹上。」
宣統（溥儀）臨朝，攝政王載灃曾召見滿漢軍機大臣宣示先帝遺詔，這時老臣張之洞卻跪在地上連連叩頭，以「國有大喪，不宜誅戮大臣」為由反對，慶親王奕劻也表示反對。當天載灃還密電徵詢北方几個北洋系的漢族軍事首長意見，第四鎮統制吳鳳嶺，第六鎮統制趙國賢的答覆都是：「請勿誅袁，如必誅袁，則先解除臣等職務，以免兵士有變，致辜天恩。」
大臣的反對，和可能發生兵變，就使袁世凱逃脫了「誅戮」的命運。下面抄錄一段宣統廢帝溥儀關涉這一幕的回憶——
對我父親攝政王來說，最根本的失敗是沒有能除掉袁世凱。有一個傳說，光緒臨終時向攝政王託付過心事，並且留下了「殺袁世凱」四字硃諭。據我所知，這場兄弟會見是沒有的。攝政王要殺袁世凱為兄報仇，雖確有其事，但是被奕劻為首的一班軍機大臣給攔阻住了。詳情無從得知，只知最後讓父親泄氣的是奕劻的一番話：「殺袁世凱不難，不過北洋軍如果造起反來怎麼辦？」結果是隆裕太后聽了張之洞等人的主意，叫袁世凱回家去養「足疾」，把他放走了。有位在內務府幹過差使的「遺少」給我說過，當時攝政王為了殺袁世凱，曾想照學一下康熙皇帝殺大臣鰲拜的辦法。康熙的辦法是把鰲拜召來，賜給他個座位，那座位是一個只有三條好腿的椅子，鰲拜坐在上面不提防給閃了一下，因此構成了「君前失禮」的死罪。和攝政王一起制定這個計畫的是小恭親王溥偉。溥偉有一柄咸豐帝皇帝賞給他祖父奕的白虹刀，他們把它看成上方寶劍一樣的聖物，決定由溥偉帶著這把刀，做殺袁之用。一切計議停當了，結果被張之洞等人攔住了。這件未可置信的故事至少有一點是真的。這就是那時有人極力保護袁世凱，也有人企圖消滅袁世凱，給我父親出謀劃策的大有人在。袁世凱在戊戌後雖然用大量銀子到處送禮拉攏，但畢竟還有用銀子消除不了的敵對勢力。這些敵對勢力，並不全是過去的維新派和帝黨人物，其中有和奕劻爭地位的，有不把兵權拿到手誓不甘休的，也有為了其他目的而把希望寄托在倒袁上面的。因此殺袁世凱和保袁世凱問題，早已不是什麼維新與守舊、帝黨與後黨之爭，也不是什麼滿漢顯貴之爭，而是這一夥親貴顯要和那一夥親貴顯要間的奪權之爭。以當時的親貴內閣來說，就分成慶親王奕劻等人的一夥和公爵載澤等人的一夥。給我的父親出謀劃策以及要權力地位的，主要是後面這一夥。
其中最難對付的是奕劻和載澤。奕劻在西太后死前是領銜軍機，太后死後改革內閣官制，他又當了內閣總理大臣，這是叫度支部尚書載澤最為憤憤不平的。載澤一有機會就找攝政王，天天向攝政王揭奕劻的短。西太后既搬不倒奕劻，攝政王又怎能搬得倒他？如果攝政王支持了載澤，或者攝政王自己採取了和契劻相對立的態度，奕劻只要稱老辭職，躲在家裡不出來，攝政王立刻就慌了手腳。所以在澤公和慶王間的爭吵，失敗總是載澤。醇王府的人經常可以聽見他和攝政王嚷：「老大哥這是為你打算，再不聽我老大哥的，老慶就把大清斷送啦！」攝政王總是半晌不出聲，最後說了一句：「好，好明兒跟老慶再說……」到第二天，還是老樣子，奕劻照他自己的主意去辦事，載澤又算白費一次力氣。
載澤的失敗，往往就是載灃的失敗。奕劻的勝利，則意味著洹上垂釣的袁世凱的勝利。攝政王明白這個道理，也未嘗不想加以抵制，可是他毫無辦法。
誅袁計畫既然難行，載灃乃於光緒三十四年十二月十一日（1909年1月2日）以皇帝名義明降上諭：「軍機大臣外務部尚書袁世凱，夙蒙先朝擢用，朕登極之後，復與殊賞，正以其才可用，使效馳驅，不意袁世凱現患足疾，步履維艱，難勝職任。袁世凱著即開缺，回籍養痾，以示朝廷