光緒廿六年（1900年）七月十八日，八國聯軍已經越過了通州向北京進發，董福祥率領他的武衛後軍圍攻使館已一月余，東交民巷使館區竟以寡敵眾，堅守待援。慈禧在深宮中獲知李秉衡兵敗戰死，哭了起來，對王公大臣們說：「我們母子怎麼辦？你們說說看！」可是這時沒有一個大臣說得出話來，大家相顧愕然。
七月十九日董福祥在廣渠門和英美軍接觸，日俄軍則攻至北京內城。廿日黎明，洋兵自廣渠門、朝陽門、東便門入。英軍佔領天壇。董福祥自彰義門出走，縱兵大掠。董福祥作戰甚勇，可惜既無政治認識，又無修養，當時慈禧倚他為重鎮，豈能不敗。據說他在北京時，根本不把榮祿放在眼中，有一次榮祿宴請武衛軍各將領，他在席中竟呼榮祿的號「仲華」。在他圍攻東交民巷使館區時，曾問榮祿索借大炮，榮祿堅予拒絕，所以拳變時期，榮祿和董福祥相處甚壞。
廿一日北京城陷，八國聯軍陸續進據京城，這時北京城內多成瓦礫之區，尤以東交民巷附近為甚。
八國聯軍攻佔北京是軍事行動的最高峰。這次戰役實際作戰者，計日軍步兵6600人，騎兵220人，工兵450人，大炮53尊；俄軍步兵1830人，騎兵180人，大炮22尊；英軍步兵1600人，海軍150人，騎兵75人，大炮6尊；法國步兵4000人，大炮16尊；其他約2000人。
清兵在內城的抵抗比較激烈。聯軍方面以日軍進攻最猛勇，所以日軍死亡亦較多，大約傷亡200餘人，俄軍亦傷亡131人，美軍傷亡40餘人，法軍傷亡9人，英軍傷亡6人，總計約400餘人。清兵守城的大約是3萬多人，傷亡之數約4000人。
由於聯軍攻入北京，所以東交民巷使館區也隨之解圍，還有許多孤立的天主教堂被圍困，也因之得救。東交民巷被困將近50日，包括各國外交文員在內，能夠作戰的只有820餘人，擔任日夜輪流守衛，靠以抵抗的武器僅有美國大炮一尊、奧國大炮一尊、意國大炮一尊、挪威大炮一尊，還有50年前的大炮一尊，是臨時在古董店買來的，安置在俄國炮架上，貯有意國火藥發射。東交民巷的戰鬥，洋人兵士死了54人，傷了112人，文員死了11人，傷了19人。
八國聯軍佔領北京後，乃分段劃治，由英俄日美法德各軍共同佔領。
北京城陷前一日——七月二十日，慈禧召見大學士、六部、九卿，已無一人應召，太后對載瀾說：「事已至此，惟有走了，你們還可為我侍衛嗎？」這時大炮聲隆隆，喜雀衚衕一帶流彈如雨，天安門和西長安門已相繼失守。
晚間在宮中只有三位軍機大臣，是王文韶、剛毅和趙舒翹，慈禧凄愴地說：「怎麼，只有你們三人在此。其他的人都回家了，留下我母子三人不管，你們三人必定要隨我母子同行。」又對王文韶說：「你年已高邁還要受這種折磨，我心不忍，你可以隨後趕來，我們先走，他們二人都能騎馬，必能護駕。」
二十一日天還未明，新任兵部尚書徐會灃入宮謝恩，到了地安門聽到一片哭聲，乃倉皇出宮。載瀾入宮告太后，說洋兵正在攻東華門，慈禧穿藍布夏衫，發不及簪，徒步泣淚而出。光緒也是一襲黑紗長衫，和隆裕後隨侍太后至西華門外。慈禧乘載瀾的車子，光緒乘英年的車子，侍從的王公大臣是載漪、溥暹、奕劻、善耆、載勛、載瀾、載澤、溥興、溥倫、剛毅、趙舒翹、英年和李蓮英。
慈禧啟駕前幹了一件更傷光緒心的事，就是把光緒所寵愛的珍妃，推下井中。慈禧認為光緒對她不好，都是珍妃從中挑撥所致。珍妃的妹妹瑾妃落後，好容易追上殿後的載勛，才趕上逃難的行列。
宮中景色凄慘，宮女太監有跳水死的，有裹了細軟逃出安定門的。潰兵入宮搶劫的甚多，炮聲、槍聲和人們號叫聲亂成一片。北京城在清朝最繁盛時代，有居民400萬，鳳閣龍樓，數不盡的豪華，自洋兵佔領，只剩得瓦礫一片，坊市蕭條，狐狸晝出，鬼哭神號！
兩宮一行至昌平，才得到光裕駝行孝敬駝轎三乘，離京城三日均是睡的火炕，無被無褥，無替換衣物，亦無飯吃，以小米粥充饑。這時甘肅布政使岑春煊從昌平趕至貫市請見，太后對岑痛哭。貫市有富商李某借了1000兩金子給太后，這才搶著買了點應用物。昌平縣令裴敏中不知下落，後來慈禧到西安後找到了他，勒令自裁。
廿二日出居庸關，至岔道，侍從兵丁不及200人，延慶州知州秦奎良進膳，不夠分給從官。這一天馬玉昆率軍追至。廿三日慈禧換乘秦奎良的轎子，到了懷來縣，縣令吳永接待照應周到，並且呈給慈禧一件皮衣，太后大喜。吳永把他夫人寢室讓給太后住，媳婦的房間讓給隆裕皇后住，籤押房讓給光緒住。慈禧一連聲催開飯，自己替自己梳頭。這情況好有一比：「落羽鳳凰不如雞」。
七月廿五日慈禧和光緒啟鑾西行，八月初三日至山西境，初六日至大同，十七日至太原，山西巡撫毓賢統兵駐固鎮，太原自藩司以下都赴城外數里迎駕。以撫署為行宮，所有簾帷茵褥一切陳設器件，都是嘉慶時間準備巡幸五台山時所制辦，後來御駕未至，遂存貯不用，儲藏在太原藩庫，此時用來迎駕，燦爛如新。慈禧蒙難多日，好似村婦，得見太原繁華景象，不勝感慨，乃在太原駐蹕廿日，於閏八月八日起駕南行，廿六日入潼關，九月初四日抵西安，先至南院行宮（南院系督署），後移北院。北院系撫署。御駕所經街道用黃土鋪墊，陝民懸燈結綵，跪迎道左。
陝西撫署變成行宮後，院外一切裝飾全用紅色，東西轅門字樣亦用紅漆塗蓋，正門上豎直匾，寫「行宮」二字，中左門均不開，由右門出入，入門有侍衛250人及一切儀仗。旁有軍機處朝房、六部九卿朝房、撫藩臬各員朝房、侍衛處等，大堂空置，左房為內朝房，右房為退息處。鑾閣中設一個寶座上蓋黃布，二堂中又設一個寶座也蓋黃布，左一房是召見處，右一房是親王辦事處。三堂中亦設一個寶座，左右為太后宮、東一楹是光緒宮、後三楹是隆裕皇后宮，西三楹是溥儁大阿哥所居。
慈禧到西安後常病胃痛，不服水土，夜夜失眠，啼笑無常。太監捶背，日夜不休。光緒反見輕鬆，身體亦康健，偶和太監嘻笑，但有時對太監也大發脾氣。大阿哥溥儁到西安後，初時不曾出宮，養了一條狗，被光緒見到很喜歡，討了去玩，溥儁不久又叫太監去索取，兩人心裡極不舒服。這時溥儁已失去慈禧的歡心，常被鞭撻，有人嘆息說：「可惜一個候補皇帝，將來恐怕變成了開缺太子。」這位候補皇帝，不喜讀書，專好音樂、馳馬、拳棒。後來常和太監到戲園看戲，頭戴韋陀金邊氈帽，身穿青色皮袍，棗紅色巴圖魯領褂，簡直不知是何打扮。最喜歡看《連環套》和《拾玉鐲》兩戲，有時竟親自上台打鼓拉胡琴。十月十八日在戲園爭座位，竟率太監和甘軍大戰於城隍廟之慶喜園，結果太監受創大敗，第二天乃把戲園封了，卻不敢向甘軍報復。又迷戀一個土娼，染上梅毒，仍不捨棄，四齣求解毒藥。光緒常和太監們坐地嬉戲，尤好畫大頭鬼，有時畫一紙，填袁世凱之名粘於壁上，以小竹弓向之射擊，然後取下來剪碎。足見其痛恨袁世凱之深。
軍機處在西安時仍是榮祿問事，除榮祿而外有王文韶和鹿傅霖。三大臣上朝時，先由太監捧圓盤一個，上蓋紅綾引導，王居首，榮第二，鹿最後。王白髮蒼蒼，面目清瘦；榮面扁發斑，身材中等，有足疾；鹿面浮腫，一無精神。召見時總是榮一人說話，王、鹿二位都重聽。西安行在所有大臣只領津貼，一二品月支120兩，三四品60兩，五六品各支45兩，七品以下30兩，僅足糊口。
義和團事件，是清朝垂亡的喪鐘。結束八國聯軍侵佔北方中國的局勢，除了又增添許多屈辱條件而外，還有一項更重要的是守舊派的王公大臣以罪魁禍首的身份議處。
端郡王載漪先謫戍寧夏，隨後，發往新疆充軍。鎮國公載瀾謫戍安西。
大阿哥溥儁被廢，且被逐出宮門，居八旗會館。
庄王載勛先謫戍蒲州，一妾一子隨往，後由葛寶華傳上諭令其自盡。葛抵蒲州時天甫明，門外放炮迎接，庄王大罵：「何故無端放炮？」侍從說：「欽差葛寶華至。」及葛入即飭載勛聽旨，宣詔畢，載勛說：「我早知必死，恐老佛爺也不能久活。」於是和家人話別，諭子曰：「爾必為國儘力，不要把祖宗江山送與洋人。」子哭不能答，其妾則滾地昏厥，載勛遂黯然自盡。
軍機大臣趙舒翹亦賜令自盡，當趙被送往臬司處看管時，西安紳民集數萬人求免趙死，慈禧亦不忍趙死，可是洋人認為趙是禍首，所以非賜死不可。由岑春煊捧詔前往宣讀，趙先吞金，約二小時尚不死，和家人講身後事，又痛哭老母90餘歲見此慘禍，又說是剛毅所牽累。岑見趙語音宏亮，竟不能死，乃命人以鴉片進，又二小時仍不死，遂以砒霜進，才卧倒呻吟，以手捶胸，口說「難過」。這時又過了五小時，岑急待復命，乃用皮紙蘸燒酒，捫其面和七竅，