當戊戌維新變法失敗後，榮祿嗾使楊崇伊請慈禧太后復出聽政，康有為和他的黨徒死的死逃的逃，守舊派日以攻擊新政新黨為務，其最終目的是想廢光緒然後另立幼主。慈禧亦怦然心動，於是乃有十二月廿四日立溥儁為大阿哥之舉。由於朝中部分大臣不贊成廢立，又怕東南各省督撫反對，因此慈禧只好以光緒病危為借口。光緒病危的消息傳出時，駐北京的各國公使聯袂往謁奕劻，要求介紹一位在北京的法國醫生入宮為皇上診治。奕劻報告慈禧，慈禧不允，而公使們一再要求，慈禧不得已勉強准這位外國醫生入宮。可是醫生檢查了光緒全身，卻找不出什麼病狀，因此，在醫療報告上說：「光緒皇帝健康，無病。」慈禧對於法醫的報告大不滿意，可是光緒帝健康的消息卻在北京外交團中不脛而走。
尤其讓慈禧震怒的，是「逆黨」康有為受英人庇護，梁啟超受日人庇護，她認為這簡直是洋人在公開和她作對。到了立溥儁為大阿哥後，外間反應尤為不佳，上海候補知府經元善聯絡蔡元培等2000人上書反對。端郡王載漪甚為擔憂，遣人促使各國公使入宮道賀，慈禧並邀宴各公使夫人，希望洋人能同意這個廢立大事，怎知各國使節對此竟沒有絲毫表示。剛巧這時，江蘇糧道羅嘉傑上書榮祿，報告一個傳聞，據說英國人要派兵到北京，逼迫慈禧交出政權，讓光緒重掌政權。榮祿把這個報告呈給慈禧，這一下可把慈禧氣壞了，她覺得洋人實在太可惡，簡直是處處和自己作對，她正在飲茶，一氣之下便把綠玉茶壺擲碎在地上，狠狠地說：「洋鬼子實在太可恨，太欺我，此仇非報不可。」
慈禧仇恨外國的心理，正和民間仇恨洋人和天主教、基督教教士的心理合流。天主教和基督教的神父和教士中良莠不齊，加以中國人的敗類以吃教會飯為生，利用洋人欺壓百姓，民間守舊派遂匯成一股仇恨洋人的洪流。仇恨洋人的心理在義和團這個半宗教色彩的幫會組織中表現出來，於是清廷的守舊派和廣大民眾中的仇洋派群起而支持義和團的「滅洋」號召。義和團為了要獲得清廷支持，乃在「滅洋」二字之上加了「扶清」二字，因此守舊的清朝官吏便藉此來煽動慈禧。
慈禧晚年最講究享樂，尤愛聽京戲。上有好者，下必有甚，當時北京的王公大臣也以賜聽戲為榮，清末京劇流行，和慈禧的喜愛有極大關係。而京劇中屬於神話的很多，影響人心極大，清宮戲台有布景，凡一神仙登場和退場，都是用布景或由台底升出，或由台頂下降，彷彿騰雲駕霧，慈禧則顧而樂之。她本是一個極端迷信、知識程度不高的女人，平日拜佛祀神，頤和園中有一最高建築名「佛香閣」，這是慈禧念佛的地方。她被人尊稱為老佛爺，她裝扮成觀音大士照像，都可以看出她的思想和神權的不可分。
維新變法失敗，清廷守舊派重新得勢，恰與民間反對洋人和天主教、基督教的暗潮符合，於是義和團乘勢而起。義和團代表中國民間和下層社會的一種傾向，這是中國古老社會在西方勢力衝擊時所產生的反抗力。
原來義和團是八卦教的支派蛻變出來的，是一種迷信的秘密結社，它已有一百多年的醞釀。光緒二十五年（1899年），中國北方乾旱，農田枯裂，疫病流行，而洋人和傳教士在中國內陸所引起的反感，直接間接都有助於義和團，於是由飢餓和排外匯合而成，義和團公然舉起了「扶清滅洋」的大旗，自山東崛起。
義和團的祖師稱老團，首領稱大師兄、二師兄、三師兄。管事稱大先生、二先生、三先生。所供奉的神靈都是取自《封神榜》、《三國演義》和《水滸傳》。初起是在山東曹州府，為八卦教的支派，在農村中稱「義士黨」，專以仇殺洋人和教民為事，使用的兵器只有刀槍，所以又名「大刀會」。其後改名為「義和拳」，所練的拳屬於柔術，最有道行的，自稱能避槍炮。凡加入義和團的人都紅巾扎頭，內藏符咒，紅兜肚、紅腿帶、紅巾裹兩手，手腕內俱有白紙符咒。另一支則一切皆以黃色，有的則是紅披掛而戴黑巾名叫黑團。黑團是紅黃兩色的人都恭敬之，據說是最厲害。教徒們的年齡10歲以上至45歲，均手抱大刀，系以紅布，民間爭傳義和團能避槍炮，火器不能傷身，以刀砍皮肉亦不破不流血。義和團見到洋房都要燒毀，見洋人則呼為大毛子，見天主教、基督教徒則呼為二毛子。
義和團中還有女兵，是18歲以下，12歲以上的閨女，身穿紅布衣履，手執紅巾和一個小紅燈籠，這些女兵統稱為「紅燈照」。據說念咒用法後使扇子一扇就能升空駕雲，像一顆大紅星，洋人的大炮遇見了紅燈照的扇子就放不出炮來，而扇子一扇可以使輪船在海中自焚，城樓或洋房燒毀。
義和團除了扶清滅洋的政治口號外，還有一個政治口號是要得一龍二虎的「頭」，所謂一龍就是光緒，二虎是慶親王奕劻，大學士李鴻章。當時慈禧所信任的，除了榮祿外就是端郡王載漪。據說榮祿因為不太贊成廢黜光緒，因此慈禧對之也小有不滿，而榮祿在守舊派中比較還算有新頭腦，對義和團扶清滅洋運動，榮祿是不太支持的。慈禧這時所親信的，是一班昏庸無識的親王大臣，以及頑固守舊的士大夫。這些人利用慈禧的守舊反洋心理，鼓勵義和團這個民間組織膨脹，不到一年時間，義和團便自山東蔓延到河北、山西，甚至進入北京，除了焚燒教堂，殺戮教士、教民而外，還要拆卸鐵路路軌和電線。清廷少數反對義和團的大臣和袁昶、許景澄、聯元、徐用儀、立山等冒死力諫，均無濟於事，這時李鴻章已調兩廣總督，不在中樞。
義和團的崛起，表示數千年古老中國社會對教會的拒絕，中國士大夫對西洋勢力侵入的反抗，清朝王室和西方國家的嫌怨，匯成一股洪流，奔騰澎湃，一發而不可收拾。
光緒廿五年（1899年）十月，袁世凱曾率領武衛右軍到山東會操。這時山東的義和團運動很熱烈，袁世凱和他的新軍開赴山東，是榮祿所安排的。原來山東鬧義和團已經兩年多了，最初以大刀會名義在山東練習拳棒，準備和教士搏殺。光緒廿三年（1897年）李秉衡任山東巡撫時，大刀會在山東特盛，十月間曾殺死德國傳教士二人，李秉衡因此被革職。但繼任的人則是和李秉衡持同一立場的毓賢，而大刀會這時已自稱義和拳，標出「扶清滅洋」的口號，毓賢改「拳」字為「團」字。義和團既得封疆大吏的支持，於是在山東境內大為蔓延，引起了各國的抗議，這年十一月，清廷乃派袁世凱署理山東巡撫。袁在廿四日馳抵濟南接印視事，上諭有：「山東民教不和，亟宜持平辦理」。又有上諭：「山東省民心未宜，徐籌勸解鎮撫之方」。袁世凱抵任後即針對山東情勢擬訂治本和治標兩途，治本是協力以調和民教；治標是綏靖地方。光緒廿六年（1900年）二月，袁正式補授山東巡撫，這時他的新軍已經在山東境內布置妥當，而義和團在東昌、濟南、泰安、曹州各府活動激烈。袁乃大舉整肅，一方面派道府督同縣令紳耆，設法解散義和團；一方面令營隊屯札梭巡，不許義和團再作活動，其著名兇悍滋事首領，則嚴緝懲辦；一方面剴切發布命令，嚴禁義和團活動。義和團的首領們見這位新巡撫既不像前任巡撫那樣善待他們，同時所採行的措施又極嚴厲，於是紛紛率領徒眾和軍隊自山東向河北、山西各地發展。
北京朝廷守舊派在慈禧面前力贊義和團，義和團的勢力逐漸控制了北京和天津。袁世凱深知當極端守舊派包圍慈禧時，是無法能夠肅清義和團的，雖然明知義和團這種作法會惹出大亂子，可是無法加以阻止，只好保全山東一省。所以，表面上只是勸戒義和團不要滋事，可是暗中則命令所有部屬施用壓力要把這類團民完全逐出山東。
自袁受任山東巡撫，山東確實做到了劃境自保，使得凡是信奉義和團或是憎恨洋人的老百姓都把袁恨入骨髓，有的說：「袁世凱要造反」，有的說：「袁世凱是賣國賊」。
袁世凱在山東時間並不長，可是湊巧因為義和團事件，使他受到了中外人士的另眼相看。
慈禧被極端守舊派包圍，使義和團舉著「扶清滅洋」的大旗在宮闕京畿四處活動，守舊大臣們的想法，是依恃義和團把洋鬼子完全趕出中國。
光緒廿六年（1900年）四月中旬，淶水拳民燒毀保定鐵路，直隸總督裕祿派武官楊嗣同前往彈壓，楊被戕於易州。清廷派樞臣趙舒翹往涿州察看，趙回京後不敢把義和團的真相向慈禧陳說。五月十五日在京城內拳民把日本公使館的書記杉山彬殺死，毀教堂殺教民，五月廿日並燒毀了正陽門。
五月廿日，慈禧在儀鸞殿召見王公大臣，六部九卿。大臣們跪滿殿內，後至者乃跪於殿外。慈禧和光緒背窗向北坐，樞臣禮親王世鐸、王文韶、趙舒翹跪御案旁，另一樞臣剛毅因出京考察未歸，大臣們自南而北，排列若雁行跪地行一叩禮。光緒詰責大臣為何不能彈壓拳亂？這時翰林院侍讀學士劉永亨由後排膝行而前，啟奏說：「臣剛才見到董福祥，董願請旨驅逐亂民。」劉的話還未講完，端王載漪便伸出大指厲聲說：「好！這