康有為八月初五早上離開北京，傍晚到了塘沽，就搭上招商局的海晏輪。海晏輪延期，乃於初六早上改搭太古公司的重慶輪，於11時開航。這時西太后已奪取了光緒的大權，北京政變已爆發了。不過康有為在船上一切都不知道，重慶輪過煙台停泊時他還上岸去買水果和石子。
康有為在搭乘輪船逃亡時，曾經留下兩份遺書。
一封是寫給他的弟子徐勤，托以後事，書云：
「吾以救中國，故冒險遭變，竟至不測，命也。然神明何曾死哉。君勉（徐勤的號）為烈丈夫，吾有老母，謹以為托，照料吾家人，力任大道，無憂慮也。同門中誰能仗義護持吾家吾國者，央神明嘉之。孔子生二千四百七十五年即光緒廿五年八月九日為絕筆告君勉仁弟，並示同門有志諸子。」
廿年後康有為60歲生日時，又在這封絕筆書上加跋，歷敘當時逃亡經過，跋云：
「此吾戊戌八月九日奉密詔到滬，付託門人徐勤勉之絕筆書也。先是難將作，門人林旭兩銜德宗硃諭來，第一詔命與同志籌救，謂朕位幾不保，不勝焦灼之至。乃與譚復生謀召袁世凱圖之。第二詔知為將陷不測，仍假託辦官報，命往上海，曰汝一片熱腸，朕所深悉，它日更效馳驅，共建大業，朕有厚望焉。且又曰：汝其愛惜身體，善自調攝。蓋以在外或安，在內則危，故特遣出外以救之，先帝之若心也。惟為雖奉上命即行，仍欲留京營救，譚復生以救上事自任，幼博贊之，促吾行，黃仲弙告，令吾易僧服走蒙古，幼博跪力請，任公同固請，吾以死生命也，少年在粵遭華德里落磚，如死久死矣。仍往天津經榮祿督署，乃先上招商局船，以無上艙，改乘英人重慶船於六日十時行。是日侵曉難作，先帝遭廢，六時步軍兵圍南海會館，幼博弟與門人程大璋、錢維驥捕逮矣。即閉九城斷鐵道，發緹騎三千，大索於京師，譚、林、楊、劉四軍機及楊漪川待御、徐子靖、張樵野兩侍郎咸被逮，黨獄大興。既不得吾，則又大搜天津陸海，馳電全國，附以吾影像托於各國領事，連日滬船搜捕嚴密，而吾以五日曉出京，晏然不知也。七日船泊之罘，吾登船游眺，拾海濱五色石數籃而後登船。是時煙台道己奉密捕之電，惟有他事出，在輿中接電不識。及檢知即還之罘，而吾船已行矣。乃命飛鷹兵艦逐吾重慶，而飛鷹適載炭不足，遂中道不及。將至滬，吾門人憂甚，紛紛租小輪舟出吳淞外接之，而實無從著力，蓋洞察防範已備也。
九日至吳淞外卅海里，英吏登舟持吾像遍視，及吾，延入卧室，出像問曰：汝誠弒耶？吾驚問，乃出偽懿旨相視，曰康有為進丸毒弒大行皇帝，著即行就地正法，欽此！吾即大哭，即投海，英吏抱我曰：外傳事未實，姑少待之，遂扶吾過英艦，然以為上必無幸，終當投海耳。乃賦詩曰：忽灑龍漦翳太陰，紫微移座帝星沉，孤臣辜負傳衣帶，碧海波濤夜夜心。更念老母無以為養，眾門人忠肝義膽不以死生易心，不以寒暑易節，可以寄託者，莫如三水徐勤君勉，乃寫此書及與吾內子張妙華夫人一書，令其善事吾母，附以詩，令仆藏之，俟吾不測。今閱廿年，君勉經海珠之變而無恙，吾與張夫人倖存，今日門人為吾與張夫人雙壽介觴，張夫人亦於戊戌被捕幸脫者。
君勉在高弟被捕，麥孟、華孺、博五、覺任、公裕數人之列者。事閱廿年，吾歲六十，當覽揆之日，君勉子良出此書請題，舊夢前痕，我心惻惻。
吾一身經萬死本不足計，然吾如被逮於朝，先帝既夕弒，吾永為叛逆，若范蔚宗而國事立可知矣。然吾經十死而不死，今竟能介壽，豈非天命哉？然而此廿年中大劫頻仍，朝市變易，國務日落、民生多艱，補天無力，重負先帝重建大業之望，深慚衣帶之詔，一死固不足塞責，惟有愧恧感憤而已。此紙寫於由重慶船渡兵艦之小輪舟中，索得舟中惡紙劣筆，匆遽寫之，故不成書，聊以傳言。君勉保存至今，從吾患難廿年如一，益敬不懈，夫與吾游而黨者，不啻千萬，其始勤終怠，或中道而變者，不可量數，賢哉君勉，臧洪疇也，橫覽天下豈可得哉。丁巳二月五日康有為年六十覽揆時跋此。」
第二封也是在重慶輪所寫的絕筆書云：
「我專為救中國，哀四萬萬人之艱難而變法以救之，乃蒙此難。惟來人間世發願專為救人起見，期皆至於大同太平之治，將來生生世世，歷經無量劫，救此眾生，雖頻任患難，無有厭改。願我弟子，我後學體吾此志，亦以救人為事，雖經患難無改也。地球諸天隨處現身，本無死理，至於無量數劫，亦出世人而已。聚散生死，理之常，出入其間何足異哉！光緒廿四年八月九日康長素遺筆。到此無可念，一切付之，惟吾母、吾君之恩未能報為可念也。」
康有為也在這篇絕筆書後題跋云：
「此光緒戊戌八月吾將投海時遺墨也。是時京師調兵三千，閉城斷鐵路而大索。吾以四日奉上密旨便行，五日遂行至津乘招商局船，而無上艙，遂以六日曉乘英重慶船行至滬，則滬又大搜矣。英領事派人以後旨見示，偽旨雲已革某官康有為進丸毒弒大行皇帝，著即行就地正法，欽此。吾見上已大行，只有投海，英人抱我曰：聞上實在，雖欲死請少緩，姑待消息如何？乃投海未遂也，乃寫此與門弟子，並與徐君勉一書，令其善視吾母，預為再投海計也。不意廿余年歸國無恙，重睹是書於廬山黃龍寺婆羅雙樹之下，亦可感矣。吾雖不死，而中國日危，然亦可知死生有命，非人所能為此。廿年中自庚子拳匪之變，辛亥之革，南北之爭，大官富豪死者如麻，吾故舊士亦鮮有生存者，若貧賤之民，死於溝壑兵燹不可數，而老夫尚能曳杖看山，與五老周旋，既感慨亦自意也。戊午八月朔康有為題」。
康有為逃抵香港後，北京消息雖多，都是惡劣萬分的，尤其是六君子死難後，連收殮屍體的人都沒有。康雖得活，卻無能為力，只好拜託英人李提摩太。李提摩太是一位傳教士，對中國當時維新運動出力不少，尤其是在戊戌政變後，他在中間奔走不遺餘力，非常難得。下面是康寫給李提摩太的密函：
第一函——
「李提摩太先生閣下：四日一別，並言敝國宮庭之變，仆是日受皇上密詔，令設法求救，而貴公使不在仍無及矣。五日即有大變，致我聖明英武，力變新法之皇上被廢，並聞旋即遇弒矣。嗚呼痛哉！偽臨朝慈禧淫昏貪毒，守舊愚蔽，乃敢篡位幽弒，自稱訓政。夫天無二日，民無二主，安有臨政廿年天子，英明變法如此，而待訓政者哉？我國經義，帝者以嫡母為母，不為庶母為母，偽慈禧在同治則生母，在今上則為先帝一遺妾耳，豈可以一淫昏之宮妾而廢聖明之天子哉？淫後毒死我顯後，鴆我毅後，憂怒而死我穆宗，今又廢弒我皇上，真神人所共憤，天地所不容者也。向來阻抑新政，及鐵路三千萬，海軍三千萬，皆提為修頤和園，昭信股票則起天津行宮，致國弱民窮，皆由於此，將來以國托與強鄰，則不惟敝國之憂，亦地球大局所關也。仆身經十死，荷蒙貴國保護，得全性命，俾傳密詔，伏乞轉求貴公使電達貴政府主持公義，保我皇上聖躬，全我皇上權力，施我大德，感且不朽。我皇上必將有格外圖報以扶亞東大局，抑貴國實利賴焉。謹為我在貴公使前謝保護之德，謹代我大皇帝求救，惟垂哀察。名另具。舍弟無辜被戮，肝腸寸裂，其遺骸不知何在？恐無敢收者，先生仁心義聞，暴著天下，向來捧襟，幸托相知，舍弟亦託交末，伏乞先生代收遺骨，寄交渣甸怡和輪帶交香港（用西字信）渣甸行買辦何東轉寄，便可得收，所有運費船紙，望代寫辦以便匯上。計先生以道德救人為事，必許之也。冒昧瀆請恃仁人之能救人也。敬請道安。名另具。
另函致容純甫者望代妥密交，各情並告知，此函亦並示之。再若運骨而歸，寄港船票不用寫明是何人收，但求將該票夾入西字信，一面直寄港，到港時何東自然與弟料理妥當也。又後。另有一函寄慰楊孝廉米裳，望託人妥確交出，此人是楊深秀御史之子，其父無辜被戮，殊可哀痛，故寄此信慰之，並托先生收骨也。又啟。
同時被戮之楊侍御深秀，譚京卿嗣同，皆弟至交，並義士也，其林京卿旭是弟門生，楊京卿銳、劉京卿光第皆志義之士，並遭此難，未知有人敢收其骨否？先生若能推愛並施大仁，收其遺骸，加以殯殮，待其家人領去，不勝感禱。弟子啟。」
康有為以為李提摩太尚在北京，所以拜託李收殮六君子的遺骸，可是李事實上已經去上海，所以這封信沒有送到李的手中。從這封信上看到，康有為在香港是受到何東爵士的掩護，當時何東不過是渣甸洋行的買辦，對中國變法頗多贊助。
康致李第二函——
「李提摩太先生足下：日前著門人湯覺頓到滬，承推愛錄用，感甚。近聞貴國大集兵於威海，並議聯約德、日、美各國伏義執言，將以救我敝國皇上復辟。仆親奉密詔，奔走求救，前在香港，曾面晤提督白麗輝君曰：必以救我皇上為主，指頸矢誓，慷慨仗義。今誠得貴國一舉而我皇上之位可復，正敝國之新政即可行矣。夫慈禧之篡廢，