明太祖朱元璋把道教分為正一、全真兩大派，他設置道錄司這個部門總管道教，把道士分為正一、全真兩個等級。正一代表符籙派道教，全真代表丹鼎修鍊派道教。這種劃分，反映了當時社會上對道教的一般看法。實際上，兩大派名下彙集的各個小派，很多都一直按自己的系統傳授。直到近代，還有幾十個小派存在。
以江西貴溪龍虎山為大本營的正一道，教首即天師，一直是張姓一家世代相傳的。元代張天師只讓管江南各地的道教。明代，它的權力變大了。
第42代天師張正常很早就跟朱元璋拉上了關係。朱元璋當上皇帝的頭一年，張正常就去祝賀。封建社會的皇帝又稱天子，即天帝的兒子。所以，朱元璋覺得我還只稱天子，你們道士怎麼能稱天師呢！他不大舒服，問張正常，難道天有老師嗎？於是下令以後不準稱天師，改叫「真人」，但授予張正常的官品仍然很高。不久，他又下令，讓正一天師世代掌管全國道教。
正一天師成了全國道教首領，高高在上，加上又是他們一家世代相傳，所以很容易腐化墮落。有的天師無法無天，什麼事都敢做。如第46代天師張元吉，在龍虎山天師府中設私牢，逼迫老百姓交錢交糧，還搶奪婦女。前後殺了40多人，有的一家三口都被他害死。
整個明代，從第42代張正常到52代張應京，除了第50代張國祥一度丟掉了大真人的封號，官品也降了級以外，代代天師都被封為大真人。這10代天師中，張正常的兒子張宇初要算是有些才幹的。明成祖在公元1406年曾經讓他主持編修《道藏》。張宇初曾以全國道教首領的身分，寫下《道門十規》一卷，其中從道教源流到宮觀修整共敘述了10個方面的問題。此外，他還有幾部道教著作和一部詩文集傳世。
明代正一道在道教思想教義等方面，也幾乎沒有拿出什麼新鮮東西來。張宇初寫了不少詩和文章，內容上只是炒炒宋元以來的冷飯。如提倡三教合一，宣揚做齋醮法事必須修鍊內丹才有效驗等等。他還提倡全真道的一些思想，反映了兩大派合流的趨勢。
一般的正一道士中，也有一些人如劉淵然、邵以正、陶仲文、邵元節等，得到明朝皇帝的尊寵，謀到了榮華富貴。明世宗寵信龍虎山上清宮正一道士邵元節，讓他做大官，甚至他的孫子和曾孫都跟著沾光。
清代統治者對道教不怎麼相信，也不怎麼利用。清朝讓道士做齋醮法事的次數很少，還立下法律條文嚴禁巫師道士搞跳神驅鬼這一套，正一道的市場不大。但清統治者為了籠絡人心，緩和民族矛盾，對道教也大體上照明代的辦法加以保護。
清代個別皇帝對道教表現出特別的興趣，如雍正，曾寵信過龍虎山道士婁近垣，封他為「四品龍虎山提點，司欽安殿住持」，並給了他一個「妙正真人」的封號，還讓幾名道士到西苑為他煉丹。
清末震鈞寫的《天咫偶聞》中有一段記載：
大光明殿，本明萬壽宮，成祖潛邸也。嘉靖後改此殿，今為設醮祈雨雪之所。道士例取於江西龍虎山，籙壇陳設法器、幡幢、帷幔、冠帔、紳笏，皆康熙內府舊制。星羽輝煌，錦綺焜〔hun昏〕耀，睹之者如入八景宮中，觀法駕導引也。例月給內倉米三十石，仍有香鐙銀兩，今皆停給，道士遂稀有存者。每臨事，取足於各觀而已。
這所大光明殿，原來是明成祖的秘密居所，清代成了祈禱雨雪的場所。進行齋醮的道士來自龍虎山天師府。到了後來，連這種應景的道士朝廷也不肯養了，遇上要做齋醮的時候，臨時到各個道觀去找。道教在清代，正如這段文字記載的一樣，皇帝偶爾加以利用，大多也不過是點綴而已。
明朝皇帝重視正一不重視全真，原因之一是全真跟元統治者一直很親近，二是覺得它只管個人修鍊，對國家和社會用處不大。所以，全真道士在明代很少有人被皇帝封號，不像正一天師那樣大富大貴。
全真道在明代總的說來是很冷清的，但也有例外的情況，這就是武當山道教的興旺。
歷史上，符籙派道教最先在北宋進入武當山，南宋時期這裡成了上清派(茅山宗)的天下。到了元代，南北方道教交流匯合，全真、清微等派都傳入武當山。至元十二年(公元1275年)，道號寂然子的全真道士汪真常帶了六名徒弟來到武當山開山傳宗，使武當山道教重新興旺起來。明初，全真道龍門派傳人丘元清來到武當住持玉龍宮。到了清代中葉，它成了武當道教的主體。據說，明清時期全真道在這裡有四五個小派。
明代武當道教的興旺，除了跟這裡的真武大帝信仰有關外，也跟全真道有關。明成祖永樂年間，全真道士張三丰受到成祖的敬仰。傳說張三丰在武當山修鍊多年。成祖於永樂五年(公元1407年)特地派人到武當山找張三丰，結果沒有找到。成祖不死心，連續10年派人四處尋找，始終不見蹤影。成祖曾經自稱是真武神轉世，加上對張三丰的敬仰，所以大修武當道觀。從永樂十年(公元1412年)到二十二年這12年間，每天派軍民工匠30萬人勞作，還選派得力的大臣督促工程。
明世宗相信內丹修鍊，他寵信過屬於全真道龍門派的嶗山道士孫玄清。
到了明末清初之際，因滿清鐵騎入關，民族矛盾十分尖銳。很多人不願意做清朝的官，於是都跑到全真道中來了。丘處機傳下的全真道龍門派第七代宗師王常月，在清人入關的最初，從嵩山北上京城，取得清朝皇帝的支持，改了以前丘處機訂下的單傳秘授的老辦法，公開發放度牒，發展信徒。他在白雲觀內主講道法，有1000多人入道。後來又帶領徒弟南下，在南京、杭州、湖州、武當山等地傳教，當時聲勢很大，被稱作全真道的「中興」。
到了清末，各地全真道士很多都搞符籙齋醮這一套，靠香火收入謀生，與正一道漸漸沒有多大區別。
明清時期，中國社會產生了各種民間秘密宗教，這些民間宗教與道教的關係大多十分密切，有的直接就是道教的變種。
民間宗教的蓬勃興起，跟宋元以後中國封建社會的衰落以及佛教道教這些正統宗教的衰落有關。明中葉到明末，不到200年的時間，僅大的民間宗教就出現了幾十種。像羅祖教、黃天教、三一教、紅陽教、混元教、聞香教、西大乘教、龍天門教、圓頓教、收元教等等，都是其中比較有名的。而清代出現的民間宗教和秘密結社竟有200種以上，其中比較有名的有八卦教、一炷香教、青蓮教、金丹教、黃崖教、劉門教和真空教等。
道教受民間宗教的影響，突出表現在內丹修鍊的理論與實踐方面。明清時期，以全真道為代表的道教內丹修鍊派別得不到朝廷重視，於是逐步走向民間，以求發展，這也為某些民間宗教流派的興起播下了種子。
民間宗教的經典，一般叫寶卷。寶卷本來是一種民間文學形式，以韻文為主，其中也有散文。明清民間宗教的寶卷中，很多內容都是講內丹修鍊的。如黃天教的《普天如來無為了義寶卷》中說：「煉金丹九轉以後，……金書詔身入紫府，赴蟠桃永續長生。」意思是，修鍊內丹達到第九轉最後階段，就有神仙捧著玉皇大帝的詔書降臨，召你到有瑤池和蟠桃大會的上天神仙世界，你就長生不死了。《西遊記》中，孫悟空大鬧天宮時偷吃王母娘娘的蟠桃，攪了娘娘的大會。蟠桃、紫府，在這裡指天上的神仙世界。
除黃天教外，三一教、紅陽教、混元教、圓頓教、八卦教、一炷香教和金丹教等民間宗教的宗教活動，都以修鍊內丹為重要內容。
道教對民間宗教的影響也表現在齋醮儀軌等方面。如黃天教做道場要念咒凈口、凈心，還要請包括玉皇大帝、太上老君在內的神靈賜福等等。
明清統治者對民間宗教都十分害怕，稱它們為「邪教」或「匪類」，一經發現，即予以嚴厲鎮壓。特別是在清代，所謂「邪教案」不斷發生，使清統治者十分頭痛。