道教是多神教，崇奉的神靈很多，天神、地祇、人鬼無所不包。後世道教尊奉的最高神是三清，即玉清元始天尊、上清靈寶天尊和太清道德天尊，這是在長期歷史發展變化過程中逐漸形成並定格的。
東漢時期道教出世，三張五斗米道尊奉天、地、水三官神。信道者有病須「叩頭思過」；神職人員可為病人溝通，向三官神禱告請罪。這種三官神信仰帶有很濃的原始自然崇拜色彩。
進入魏晉以後，道教各派都假託神的名義撰造經書，所奉的尊神顯得十分混亂。南方葛洪不以老子崇拜為然，他結合荊楚地區有關盤古開天闢地神話及崇拜習俗，推出一位將天地萬物始祖與道教始祖合二為一的尊神——元始天王：
昔……天地日月未具，狀如雞子，混沌玄黃。 已有盤古真人，天地之精，自號元始天王，游乎其中。(葛洪《枕中書》)
並將中國古史傳說中的三皇五帝也都納入這一道教創世神話之中。
北方寇謙之改革舊天師道，卻是利用其對老子的信仰，打著老君的旗號，達到其目的的。對老子的崇拜，至少從漢代已經開始。東漢邊韶《老子銘》說：「老子離合乎混沌之氣，與三光為終始」，「道成身化，蟬蛻渡世」。並說老子自從伏羲神農以來，各個朝代都要改變形貌，來到這個世界「為聖者作師」。五斗米道雖然並未留下奉老子為教主的明確記載，但《老子想爾注》中說：「一散形為氣，聚形為太上老君」，並奉《老子》為教內誦習的主要經典，可見其地位之高。寇謙之的時代，至少在北方大地，老子已被奉為道教教祖是毫無疑問的。《魏書·釋老志》就說，道教出於老子。老子先天地而生，之後才有世界萬物的形成。老子既是上天諸帝的宗主，也是各路神仙的領袖。關於老子的形象，魏晉流傳很廣的一種說法是：
身長九尺，黃色，鳥喙〔hui會〕，隆鼻，秀眉長五寸，耳長七寸，額有三理上下徹，足有八卦。 以神龜為床，住金樓玉堂，白銀為階，五色云為衣，重疊之冠，鋒鋌〔ting廷〕之劍，從黃童百二十人。左有十二青龍，右有二十六白虎，前有二十四朱雀，後有七十二玄武。(葛洪《抱朴子內篇·雜應》)
這裡活畫出一位教祖神威飛揚的樣子。
到了梁陶弘景，道教各派神仙開始被整合成一個有層階秩序的系統。《真靈位業圖》前四個階層居中位的尊神依次是「玉清虛皇道君，應號元始天尊」；「上清高聖太上玉晨玄皇大道君」，後來叫作上清靈寶天尊；「太極金闕帝君，姓李」以及「太清太上老君」。到了後來，玉清元始天尊、上清靈寶天尊和太清道德天尊的說法逐漸固定下來。三清的名號，最初出現於六朝，大概在陸修靜之後不久。
宋代朱熹認為，道教三清「蓋效釋氏『三身』而為之耳」(《朱子語類·論道教》)。佛教有一佛顯三身的說法，道教有老子一氣化三清的說法，還有說三清都是元始天尊的化身的。道教三清尊神崇拜的形成，其中有佛教的影響，也與天師道舊來的所謂「玄、元、始」三氣化為三清天的說法有關。
唐代皇帝奉老子為自家祖宗，道教因老子而興盛。這種一而三，三而一的關於三清的說法，大為流行。三清神自此也就定格，成為道教至上神。
宋代特別崇奉的玉皇大帝，本來屬於位置在三清之下的四位天帝(又叫四御)之一。玉皇大帝全稱是「昊天金闕無上至尊自然妙有彌羅至真玉皇大帝」，也叫「玄穹高上玉皇大帝」。據《玉皇本行集經》的說法，他是光嚴妙樂國的王子，捨棄了王位，在普明香嚴山中學道修真，輔國救民，度化群生，經歷3200劫後，始證金仙，號為清靜自然覺王如來，又經過億次劫難，才成為玉帝。這裡雜有佛教的說法，可見道教神仙世界的建構與佛教的影響確有關係。四御另三位是：中天紫微北極大帝，據說是協助玉皇執掌天經地緯、日月星辰和四時氣候的神；勾陳上宮天皇大帝，是協助玉皇執掌南北極和天地人三才，統御諸星，並主掌人間戰爭的神；承天效法土皇地祇，是執掌陰陽生育萬物之美和大地山河之秀的神。
宋代皇帝說自己的始祖是趙玄朗，他是道教教主，玉皇大帝也受到高規格待遇。對玉皇大帝的尊崇和普遍祭祀，造成了廣泛而又久遠的社會影響。宋代統治者撰造的趙姓道教教主，隨著宋王朝的滅亡，沒有在道教中保住其地位。但玉皇大帝卻被當成了天上的皇帝。《西遊記》中描寫玉皇大帝統治上天神仙世界，連太上老君和元始天尊都要聽他的，代表了宋以後民間仍然流行的這種看法。
後世道教中，太上老君位置是在玉皇大帝之上的。反映在道教宮觀建築配置上，三清殿必在四御之上。另外，道觀供奉三清神像，通常元始天尊居中，手指間有一圓球，據說它象徵天地未開、萬物元始時的混沌情狀。山西芮城永樂宮保留了許多元代壁畫，其中三清殿的《朝元圖》，描繪的即是群仙朝拜元始天尊的情形。
道教將古代對日月五星、二十八宿諸星以及北斗星的信仰崇拜也吸收進來，把它們奉為神明。在道教信仰中，太陽是大明之神，月亮是夜明之神。它們分別為男神和女神。五星，就是金星、木星、水星、火星和土星，古代又叫歲星、鎮星、太白星、辰星、熒惑星。它們和日月合稱七曜〔yao葯〕。二十八宿諸星和北斗星也是道教重要星神。其中特別是斗星信仰，在中國十分普遍。道教稱，北斗落死，南鬥上生；東斗主算，西斗記名，中斗總括，監管下界生靈。人要是能夠禮拜它們，即可消災解厄，增福延年。
二十八宿與四方之神的信仰深有關係。所謂四方之神，即是青龍、朱雀、玄武和白虎。前面說到老子形象時，提到他左青龍，右白虎，前朱雀，後玄武，就是這四方之神。中國古代以坐北面南為尊，有一句話把帝王統治權術叫「君王面南之術」就是這樣來的。青龍是東方之神，所以在左；白虎是西方之神，所以在右；朱雀是南方之神，所以在前；玄武是北方之神，所以在後。因二十八宿中東方角、亢、氐、房、心、箕、尾七宿排列形狀似龍形，按照古代五方配五行和五色的說法，東方屬木，其色青。所以青龍成為東方之神。南方井、鬼、柳、星、張、翼、軫七宿排列形狀似鳥，照其說法，南方屬火，其色赤，所以叫朱雀，是南方之神。西方奎、婁、胃、昴、畢、觜、參七宿排列似虎形，西方屬金，其色白，所以叫白虎，是西方之神。北方斗、牛、女、虛、危、室、壁七宿排列似龜形，或似龜蛇合體，北方屬水，其色玄(黑)，所以叫玄武，是北方之神。它們多成為護衛神，以顯示主神的八面威風。