宋代帝王崇道，看中的主要是道教那套所謂能夠為人祈福禳災、除妖驅邪的東西。所以，注重符籙咒語、齋醮法事的符籙派得以興盛 一時。它促使一些歷史傳統本不注重符籙法術的派別也朝這個方向發展。宋哲宗紹聖四年(公元1097年)，分別以龍虎山、茅山、閣皂山為本山的正一、上清、靈寶三大派被封為「經籙三山」，於是三派鼎立，都在江南地區傳播發展。這些舊道派順應歷史潮流，改革教義教法，派生出了一些新的支派。同時，一些新符籙道派，如神霄、清微、凈明等派，也應運而生。
道教符籙派別中歷史最久長的是正一派，它也叫正一道。正一道的前身是五斗米道，也就是天師道。據說張道陵四世子孫張盛從川陝一帶遷到江西貴溪龍虎山，後來這裡就成了正一派的中心。陸修靜編寫《三洞經書》目錄時，四輔中正一部中所收的主要是六朝時流行的天師道經典，它的位置排在最後。隋唐時期，修習正一經法規定為入道者的入門課程，級別最低。到了北宋真宗時期，正一派得到朝廷重視，真宗下令改龍虎山真仙觀為上清觀，又召見第24代正一天師張正隨，賜給他當時道士中級別最高的稱號「先生」，這是正一天師首次得到朝廷賜號。從張正隨開始，直到南宋末的第35代天師張可大，幾乎代代正一天師都得到趙宋王朝的賜號。
宋徽宗時，第30代天師張繼先極得寵信。朝廷為他在京城附近修建了「崇道觀」，龍虎山本營的上清觀也升格為「上清正一宮」，有國家撥錢擴建，另外皇帝還給了巨額廟產。
自從張可大被宋理宗授予總管符籙各派的大權，正一派就取得了符籙派道教的統領地位。
正一道在元代也被尊寵。元世祖忽必烈於至元十三年(公元1276年)召見第36代天師張宗演，請他吃飯，賜給他玉芙蓉冠，組金無縫服和銀印，讓他主領江南道教。第二年又封他為「宣道靈應神和真人」。此後，歷代正一天師都被元統治者封為真人。第39代天師張嗣成，在泰定二年(公元1325年)被封為「翊元崇德正一教主」，並被授權掌管全國道教事務。
元代，龍虎山天師府權力很大：可以建議任免江南各地道教事務管理官員和道觀管理人員，向皇帝提出新建道教宮觀的經費供給和人員編製，它還可以直接發放「度牒」，即道士身份證，批准人們當道士。元統治者採取這些措施，一方面是想利用天師道在漢民族中的深廣影響來籠絡人心，以緩解民族矛盾；另一方面是藉助正一天師對江南道教的統領加強對道教的管理。所以，元代對正一派的尊寵實際上超過了兩宋。
正一道歷來重視符籙咒語等道教法術。但第30代天師張繼先吸收當時佛教禪宗和道教內丹派的學說，也提倡修鍊內丹。他還向時興的神霄派學習新符籙「神霄雷法」。南宋正一道士留用光因為傳行新出的「五雷法」而出名。
宋元時期，正一道還出現了幾個新支派。如傳行新出「天心正法」符籙的天心派，傳行「太一三元法籙」的太一道等。天心派在元初曾興盛一時，太一道得到過金、元統治者的扶植，在華北地區廣為傳播。
上清派尊奉東晉魏華存為開山祖，自陶弘景建華陽館於茅山，這裡就成了該派的中心。唐代，茅山宗在道教各派中最為興盛，出了像王遠知、吳筠、潘師正和司馬承禎等著名人物。北宋中期以後，這一派漸漸衰落。但是，自南北朝隋唐以來，上清派地位一直很高，修習上清經法是品級最高的道士課程，所以，趙宋王朝對它相當重視。上清派歷代宗師都得到過朝廷封號。
注重道教修鍊及其理論一向是上清派的傳統。像吳筠、司馬承禎等人，都在修鍊理論上有貢獻，並不以符籙法術出名。但既然它也是朝廷的御用工具，自然也要承擔為帝王祈福禳災的任務，發展它的符籙法術。在北宋中後期，它終於成為「經籙三山」之一。上清派第23代宗師朱自英，曾經為真宗祈神賜子，因為後來生了仁宗，被封為「國師」。第35代宗師任元阜，曾受南宋寧宗詔令，做大道場禳除水災。第44代宗師王道孟，為元統治者祈雨驅蝗，得「真人」封號。
進入元代以後，上清派很少有著名宗師出現。
靈寶派傳統即長於齋醮法術。據陶弘景《真誥》記載，當時靈寶派佔據茅山，舉行誦經、齋戒等法事活動，每年「三月十八日，公私雲集，車有數百乘，人將四五千，道俗男女，狀如都市之眾。看人惟共登山作《靈寶》唱贊，事訖便散」。歷史上靈寶派不曾有過上清、正一兩派的顯貴，很少得到朝廷徵召賜封。靈寶派道士主要活動於民間，在社會下層影響較大。元統治者對它較為重視，曾經封閣皂山萬壽崇真宮第46代宗師楊伯為「太玄崇德翊教真人」。
靈寶派的分支「東華派」，由兩宋之際道士寧全真(公元1101—1181年)開創。該支派講究齋醮和內丹相結合，具有時代特點。
宋元時期興起的符籙新派，大都是受唐宋流行的道教內丹術的影響而產生的。其中比較重要的有神霄、清微和凈明道等派別。
神霄派創始人是北宋末江西南豐道士王文卿。徽宗時，林靈素藉助皇帝的力量推廣神霄雷法，使它風行一時。此後它傳承不絕，支派繁生。神霄雷法是一種據說能夠召雷喚雨的符籙法術。該派認為道士作法必須以內丹修鍊作為根基，「內煉成丹，外用成法」，主張融合內丹與符籙。
清微派的創始人是唐末廣西零陵人祖舒。經五代北宋，至南宋晚期，其影響漸大。南宋理宗時，第10代宗師黃舜申以擅長清微雷法聞名京城，連皇兄趙孟端也拜它為師，跟他學習雷法。清微派創立人自稱得到了上清、靈寶、樓觀、正一四派真傳，但該派實際上與上清派關係較為密切，上清派開山祖魏華存被該派排在祖舒前面。清微派的理論、教法跟神霄派相當接近，區別僅在於所用符籙不同，所以也有人把它們看作一回事。
凈明道與靈寶派有很深的淵源關係。南宋建國之初，一位叫周真公的道士，利用江南地區對晉代許遜的信仰，稱許遜等六位真仙降臨，傳所謂凈明靈寶秘法，而興起凈明道。該派傳行一種叫作「凈明法」的新符籙，其實不過是靈寶舊符籙的翻新。周真公的凈明道也重視內丹修鍊，強調符籙與內丹的結合。但與神霄、清微二派不同的是，它十分重視忠孝倫理，形成該派特色。
元初，江西隱士劉玉以南昌為活動中心，再開凈明道宗。劉玉的新凈明道不承認與周真公的舊凈明道有瓜葛，但實際上是舊凈明道的發展。新凈明道自稱「凈明忠孝道」，它進一步向當時的儒教靠攏，竭力調和佛道二教與儒教的關係，宣揚三教歸一的宗教學說。
除了這些較大的符籙派系以外，宋元時期還有不少符籙小派。各派之間相互融合吸收，區別越來越小，到後來終於全部匯入正一道。
道教符籙派不僅接收了內丹術的影響，同時它也影響內丹派的發展。江南地區的一些內丹派別，如全真道、金丹派南宗，都有不少道士也兼習符籙派的神霄雷法。到了元末，這一地區的道教各派已經趨於一致。