北京的基督教教堂很多，最著名的有天主教的南堂和北堂，東正教的北館。
南堂位於北京宣武門東大街路北，它的前身是義大利傳教士利瑪竇於明萬曆年間在首善書院內所建的經堂，距今已有300多年的歷史。清順治七年(公元1650年)天主教耶穌會教士德意志人湯若望在舊址上重建後，這座過去由葡萄牙人控制的教堂從康熙二十九年(公元1690年)到咸豐十年(公元1860年)的170年中，一直都是北京天主教教區的主教座堂。這是北京現存最古老的天主教堂。
南堂原有建築除大堂外，相傳還有天文台、藏書樓、儀器室和傳教翻譯人員的住宅。經清朝時的兩次地震和乾隆四十年(公元1775年)的火災，毀損嚴重。後來雖然修復，卻又因傳教士偷運鴉片引起公憤，被迫封閉。直到1860年第二次鴉片戰爭後，才重新開放。1900年，南堂在義和團運動中，又一次被燒毀。
南堂現存建築為清光緒三十年(公元1904年)所修建。教堂頂部為拱券形，正面有精緻的磚雕，柱頂有木刻浮雕鎏金花紋，彩色玻璃鑲嵌門窗。堂內懸掛大幅耶穌受難的油畫，祭台上高高地立著聖母像。整個教堂富麗堂皇，頗為壯觀。
現在，南堂是北京市愛國教友的宗教活動中心，同時也接待國際友人。
北堂，原來在府右街蠶池口。北堂始建於清初，光緒十六年(公元1890年)時，慈禧太后準備擴充西苑，害怕人們在教堂的鐘樓高處向中海裡面眺望，於是特地找到法國公使，進行商量，希望能夠將教堂搬走。同時表示願意撥給西什庫一帶20英畝地皮，並補償遷移費17.5萬英鎊。這樣，北堂就從原來的府右街蠶池口搬到了現在的西什庫。
搬遷後的北堂院內，原有王公所建的兩座中國傳統風格的亭子，一直被保留下來，而北堂搬遷以後，又曾經幾次擴建，終於成為我國最大的天主教堂。
1949年以後，北堂曾一度關閉。近幾年，經過修整以後，這座具有中西方建築風格的教堂，又正式對外開放。
北館，即聖尼古拉教堂，座落在東城區東直門北大街東側的今俄羅斯大使館內。這是北京地區最早的東正教堂。
聖尼古拉教堂原為當地的一座關帝廟。清康熙二十四年(公元1685年)雅克薩戰役後，康熙皇帝將這座關帝廟特賜給俘虜來的哥薩克士兵及其家屬，供這些信仰東正教的教徒進行祈禱。康熙二十八年(公元1689年)，中俄《尼布楚條約》簽訂後，這些哥薩克人將關帝廟改為東正教堂。不久，沙俄教區發來證書，將這座東正教堂命名為聖尼古拉教堂。
1900年，聖尼古拉教堂被義和團燒毀，該堂的一批教徒被殺死。義和團運動失敗後，清政府賠款幾萬兩白銀，用於該教堂的重建及擴充。重建後的教堂取名「致命堂」，被義和團殺死的教徒都被冊封為「致命聖人」，並將其屍骨裝斂在三口中國式棺材中，葬於致命堂下。致命堂佔地三畝，有房屋80多間。主要由致命堂、鐘樓、中外書房及寡婦院組成。致命堂為典型的十字形東正教堂，堂頂上有五個帶十字架的拱形堡，堂內裝飾華麗。此館重建後不久，沙俄又在東交民巷俄國駐華領事館內，建起「奉獻節教堂」。因此人們習慣上稱北面的致命堂為北館，南面的奉獻節教堂為南館。
1956年，蘇聯莫斯科教廷下令，調回全部蘇籍神職人員，並將教產交還中國，教權交中國神職人員。不久，北館改作蘇聯大使館，致命堂建築被拆除。現在，俄羅斯大使館院內還保留著義和團被鎮壓後，清政府割讓給致命堂的老四爺府的一組中式古建築，包括北大殿五間和西殿三間。這組綠色琉璃筒瓦屋頂的建築，吻獸為鴿形，是中國古建築中罕見的一例，具有較高的價值。