兩宋以後，兵學論壇曾沉寂了200多年。一代天驕成吉思汗，沒有給後人留下他的用兵經驗之作。明朝前期的朱元璋和朱棣兩個武功彪炳史冊的軍事統帥，也只有在《明實錄》等明代史籍中能找到他們的軍事論述。出於兵家之手的兵書則寥寥無幾。到了明代後期，兵書的著述卻又進入一種「忽如一夜春風來，千樹萬樹梨花開」的三春季節。其時，兵書著述異彩紛呈，百花齊放。各種專題性兵書有爭奇鬥豔之態，綜合性兵書有包羅萬象之勢。可以說，兩宋以後的兵書精粹，集群式地開放於這100多年之間，這是有其深刻的社會原因的。
明朝自嘉靖年以後，朝廷各派鬥爭愈演愈烈，政治危機四伏。東南沿海和北部沿邊戰爭連綿不斷，其中比較著名的有抗擊葡萄牙殖民者的武裝挑釁、抗倭戰爭、中朝聯軍抗擊日軍侵朝之戰、防禦蒙古族內擾的反擊戰、後金軍攻明的薩爾滸之戰、明軍保衛寧遠之戰等。其中明朝與後金的軍事鬥爭，從萬曆十六年(公元1618年)努爾哈赤興師攻明，到崇禎十七年(公元1644年)明朝滅亡為止，始終沒有停止過。
明朝的愛國將領、文武官員和愛國人士，為了保國守土和奪取軍事鬥爭的勝利，一方面積極發展軍事技術，引進和仿製火繩槍、佛郎機銃和西洋大炮，改進各種傳統火器的形制構造，建造各種適合近海作戰的戰船，改建沿海衛所的墩台城堡，在長城沿線創建空心敵台和各種城防設施，創編以裝備火繩槍炮為主的合成軍，以提高明軍的戰鬥力。另一方面又努力著書立說，編纂兵書，總結和推廣對敵作戰的新鮮經驗，以提高明軍官兵的軍事理論素質。一批用鐵與火熔煉凝聚而成的兵書精品紛紛問世。其中有戚繼光的《紀效新書》和《練兵實紀》，俞大猷的《韜鈐續編》，唐順之的《武編》，鄭若曾的《籌海圖編》、《海防圖論》、《江南經略》，何良臣的《陣紀》，王鳴鶴的《登壇必究》，趙士楨的《神器譜》，何汝賓的《兵錄》，茅元儀的《武備志》，孫元化的《西法神機》，焦勖〔xu 續〕的《火攻挈要》，孫承宗的《車營扣答合編》等。這些兵書具有明顯的特點。
首先，它們論述的重點已從一般的兵法、謀略、戰法和陣法，轉向火繩槍炮和新型戰車、戰船大量使用條件下的軍事建設和作戰理論，其作戰對象明確，應敵之策可行，適應了時代的需要。
其次，兵書編纂的體例已經明顯地區分為大型綜合性和專題性兩大類。大型綜合性兵書《武備志》，在基本沿襲《武經總要》的編纂體例上，又拓展了新的學科而使之更加完備。專題性兵書《紀效新書》、《火攻挈要》等，對所論專題的內容廣采博收，囊括無遺，專題的特色極為明顯。
其三，孫元化與焦勖等人，已經採用定量與定性相結合的方法，研究火炮的製造與使用，基本上脫出了陰陽五行化生、君臣倫理學說和經驗描述的舊軌，奇門遁甲、風雲雜占和方術迷信之霧已為之一掃。
其四，明朝後期的兵書都十分重視軍事技術的研究，《武備志》以33卷的篇幅專論軍事技術，《神器譜》、《西法神機》與《火攻挈要》，則是以火繩槍炮的製造與使用為基礎，論述兵法和戰法的兵書，並認為智謀良將、精練士兵與精良利器是缺一不可的制勝三要素。
如果說春秋戰國時期形成的兵書第一次著述高潮，具有為我國古代軍事學奠基的意義，那麼明朝後期形成的兵書第二次著述高潮，則使我國古代軍事學發展為一個包容軍事理論與軍事技術在內的完備體系。
入清之初，兵書著述第二次高潮的餘波尚在，佳作仍能問世。生於明末、成長於清初的顧祖禹，嘔心瀝血30年，輯成軍事地理巨著《讀史方輿紀要》，至今仍是一部閃爍著耀眼光輝的佳作。由於階級和民族心理的局限，愛新覺羅氏為了大清帝國長治久安的需要，推行閉關鎖國的愚民政策，下令查禁《武備志》等既往的兵書佳作，篡改兵書中不利於清王朝統治的內容。收入《四庫全書》的明代兵書，只有五種55卷，僅占明代兵書1023部10716卷的5‰。與此同時，國人不得擅自著述兵書，西方新興的軍事著作無法傳入，兵書著述和兵學研究進入低谷時期，縱然有幾部著作問世，也不過是沉悶夜空中星星點點的輯錄式螢光，難以尋覓其創新之處。由於軍事技術和軍事理論經過將近200年的窒息，使中國這個屹立於世界東方的文明古國，成為一個嚴重休克的病者，終於在19世紀中葉的兩次鴉片戰爭中，被用資產階級軍事理論和先進軍事技術武裝起來的英、法資本主義國家，打得遍體鱗傷，人民蒙受了極大的災難。中華民族的有識之士，不堪忍受這種奇恥大辱，於是他們以「師夷長技以制夷」為旗幟，在倡導人們學習和使用西方堅船利炮技術的同時，引進和翻譯西方的軍事書籍，從而引發了中國兵書著述的第三次高潮——翻譯西方的軍事書籍和著述新型兵書。