後弘期西藏佛教先後出現過寧瑪派、噶當派、薩迦派、噶舉派、格魯派等獨立教派。
寧瑪派是藏傳佛教各派中歷史最久遠的一派。「寧瑪」，意為「古」或「舊」。因為該派僧侶多戴紅帽，所以俗稱「紅教」或「紅帽派」。該派的特點是重密(教)輕顯(教)，組織渙散，無正規的學經制度，教派和傳承也不統一。僧侶多從事生產，可以娶妻生子。
在清初五世達賴喇嘛的支持下，寧瑪派一度達到極盛，並開始在前藏地區建立起較大規模的寺院。
噶當派是後弘期各教派中較早出現的派別，由阿底峽弟子仲敦巴(公元1005—1064年)建立。「噶」意為「佛語」，「當」意為「教授」、「教誡」；「噶當」，意為一切佛語(包括顯、密二教的經、律、論三藏)都是對僧徒修行的指導。該派認為，顯教和密教是相通的，互不排斥的。在修習程序上，則主張先修顯教，再修密教。該派在藏傳佛教中享有教法「純凈」的聲譽。
仲敦巴去世後，其三大弟子分別傳法，形成教典派、教授派和教誡派三個分支。教典派注重佛教經典的學習，傳授阿底峽的思想。教授派偏重於師長的指導，注意念咒、供佛和靜修。教誡派側重戒律和修行。
薩迦派因其主寺薩迦寺圍牆上塗有紅、白、藍三色線條，所以俗稱「花教」。該派的創始人是貢卻傑布(公元1034—1102年)，教主由貢卻傑布家族世襲。自13世紀中葉到14世紀中葉，該派在西藏地區佔有統治地位。其第五祖八思巴(公元1235—1280年)曾被元世祖忽必烈封為「帝師」，被召入宮，深受恩寵。後來他又被任命為西藏法王兼藏王，掌握西藏政教大權，自此開創西藏「政教合一」的制度。在他去世後，被封為「大法寶王」。元朝勢力衰落後，薩迦派失去政治依靠，只能偏安一隅，其地位漸為噶舉派取代。
噶舉派因注重密法的口授傳承而得名(「噶舉」，意為言傳)。又因該派僧侶多穿白色僧服，所以俗稱「白教」。該派有兩個系統：一是瑪巴爾(公元1012—1097年)所傳的達布噶舉，二是瓊波南交巴(公元1086—？年)所傳的香巴噶舉。後來達布噶舉迅速發展，分出四大支八小支，並曾直接或間接掌握西藏地方政權，對西藏政治影響很深。至明代崇禎十三年(公元1640年)，固始汗進藏，噶舉派才失去政治勢力。
噶舉派主張顯、密教兼修，要求修習者把自己的思想專註於一境，不起分別，持之以久，進入禪定，然後再觀察安於一境的「心」是在身外還是身內，若能明白此心無處可尋(空)之時，就算達到「空智解脫合一」的境界。該派最高的修法，是所謂「無上瑜伽密」的「雙身修法」(即通過男女修法者交媾的形式去證悟「空性」的道理)。
格魯派是在噶當派基礎上建立的。「格魯」，意為善規，表示該派的教義最為完善。因該派提倡戴黃帽，所以俗稱「黃教」或「黃帽派」。這是藏傳佛教中最後興起的、也是最有實權的大教派。
格魯派的創始人是宗喀巴(公元1357—1419年)，本名羅桑扎巴，生於青海湟中。七歲出家，受沙彌戒，並從頓珠仁欽學習藏文和佛經，10年內在顯教經論和密教儀軌等方面打下堅實基礎。17歲起入藏深造，在前後藏各地投師求法，廣泛學習西藏佛教顯密各派的教法，取得很高造詣，而且對因明、聲明、醫明 等也頗有研究。27歲受比丘戒。
宗喀巴在西藏學習期間，逐步形成自己的宗教思想體系。他以印度大乘佛教中觀學派為正宗，綜合西藏各教派流行的顯、密教法，在吸收噶當派教義的基礎上，進行了「宗教改革」。
當時藏傳佛教各派戒律廢弛，教風敗壞，上層僧侶享有特權，他們飛揚跋扈，生活放蕩，引起民眾的強烈不滿，逐漸失去宗教的號召力。所以，宗喀巴的改革，從整頓戒律入手。他要求僧侶嚴格遵守戒律，獨身不娶，脫離生產；主張強化寺院的組織和管理制度，僧侶必須常住寺院。這些措施，得到封建領主和地方政權的支持。
1409年，宗喀巴在拉薩大昭寺召集了一個大規模的全西藏佛教徒祈願法會。這是一次不分教派和地區的佛教大會。通過大會，奠定了他作為西藏佛教界領袖的地位。同年，宗喀巴在拉薩以東的達孜縣興建甘丹寺，標誌著格魯派的正式形成。除甘丹寺外，格魯派後來又相繼建立哲蚌寺、色拉寺、扎什倫布寺。隨著勢力的擴大，格魯派逐漸由西藏向其他地區傳播，並作為藏傳佛教的正統教派，一直延續至今。
由於格魯派禁止僧侶娶妻生子，為了解決宗教首領的繼承問題，他們採取了活佛轉世相承的辦法。
所謂「活佛」，在西藏佛教中，是指在宗教修行方面取得較高成就、能夠根據自己的意願而轉世的人。活佛轉世過程大致為：一位活佛逝世後，按照他生前提供的線索，或由寺院上層通過占卜、降神等儀式得出的線索，在指定的範圍內去尋找符合條件的嬰孩即「靈童」，經過某種宗教儀式對靈童加以確認之後，他便在寺院中繼承原活佛的宗教地位。
在宗喀巴的再傳弟子根敦嘉措去世後，找來了年僅三歲的索南嘉措，作為轉世靈童，成為格魯派活佛。此後，格魯派形成達賴和班禪兩大活佛系統，轉世制度也被格魯派寺廟普遍採用，許多寺廟都有活佛。
「達賴喇嘛」，意思是「智慧深廣猶如大海能包容一切的上師」。這一稱號始於第三世達賴索南嘉措，前二世均屬追認。明萬曆六年(公元1578年)，索南嘉措應邀到青海會見蒙古土默特部首領俺答汗，出於政治需要，兩人互贈尊號，俺答汗贈給索南嘉措的尊號是「聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛」，意思是在顯、密兩教方面都有最高成就的、學問如大海般的超凡入聖大師。清順治九年(公元1652年)，五世達賴赴北京朝覲，受清政府的優厚款待。翌年，他受清廷冊封，取得藏傳佛教各派總首領的稱號，確立了達賴喇嘛系統在西藏的政教地位。
「班禪」，意思是「大學者」。以班禪作為歷代轉世活佛的稱號，是從第四世班禪即扎什倫布寺主羅桑卻吉堅贊開始的(前三世均屬追認)。明崇禎十四年(公元1641年)，蒙古和碩特部固始汗率軍進藏，為了鞏固他在西藏的統治，贈羅桑卻吉堅贊「班禪博克多」稱號。「博克多」，意為智勇雙全。自此，原來西藏地區習慣上用於博學高僧的「班禪」稱號，成了歷代轉世活佛的專有稱號。清康熙五十二年(公元1713年)，朝廷派員入藏，封五世班禪羅桑益西為「班禪額爾德尼」，正式確立了班禪的地位。「額爾德尼」，意為「珍寶」。
達賴和班禪這兩大活佛轉世系統形成後，他們代代相傳，同為格魯派教主。在清王朝的大力支持下，格魯派成為西藏佛教的正統派和西藏地方執政的教派，並在蒙古等地區廣泛傳播。
清乾隆五十七年(公元1792年)，中央政府頒行「金瓶掣籤」制度，即達賴和班禪轉世靈童的產生，須按宗教儀軌尋訪若干候補靈童，在釋迦牟尼像前經「金瓶掣籤」認定，最後報請中央政府批准。從此以後，歷代達賴和班禪的轉世，均須經中央政府冊封，才算有效。這已成為歷史慣例和定製。