魏晉時期，佛教寺院的經濟力量還比較弱小。但自南北朝起，在朝廷帝王、貴族官僚以及社會各階層的支持下，已逐漸形成相對獨立的寺院經濟。寺院擁有大量土地房產，通過出租土地或役使依附農民、經營商業、發放高利貸等手段，聚斂財富。在寺院經濟的基礎上，佛教理論的研究開始深化，一些有代表性的經典，都有僧俗學者予以研習發揮。至南北朝中後期，出現了以探討專門經論為中心的眾多學派，其中影響較大的有涅槃學、成實學、地論學、攝論學、毗曇學、三論學等。從事研習的有關學者被稱為「師」，由他們依據經論而闡述的思想則稱為「師說」或「師學」。
涅槃學以研究《大般涅槃經》和傳播該經思想而得名。《大般涅槃經》的中心思想，是提倡「泥洹不滅，佛有真我；一切眾生，皆有佛性」，即肯定一切眾生皆有佛性，都能成佛。所以，該學派的中心議題是關於佛性的有無、成佛的可能性等。首先注意到涅槃佛性說並加以肯定的是僧睿。自竺道生首倡「闡提皆得成佛」論和「頓悟成佛」說後，圍繞著頓、漸問題展開過一場激烈爭論，由此而形成南方涅槃師的兩大系統。北方涅槃師以道朗和慧嵩為主要代表。
成實學主要研習和宣傳《成實論》的思想。《成實論》是一部由小乘向大乘過渡的佛教論著。自羅什為初學者譯出這部論著後，他的弟子僧導和僧嵩分別為之作註疏，逐漸形成該學的兩大系統，在長江流域曾盛極一時。成實學的興起，反映了中國佛教學者對印度經論的研究和把握有了深化。
地論學因研究和弘揚《十地經論》而得名。《十地經論》為印度大乘學者世親所作，它的基本內容，是對菩薩修行的「十地」即十個階段以及心法的「八識」學說等展開論釋。最早對《十地經論》進行研究和宣傳的，是道寵和慧光，他們各自傳授弟子，分別形成該學的兩大系統。
攝論學的主要研究對象是《攝大乘論》。《攝大乘論》是印度無著大師的論著，屬瑜伽行派唯識學的奠基性著作，它著重探討了「心」的性質、心生萬物的原理以及眾生如何依據此心修習成佛等問題。攝論學的著名學者也有兩個系統，一是真諦門下，二是地論南道師。
毗曇學以研究和傳播小乘有部論書《阿毗曇》的思想而得名。《阿毗曇》通過解說和論證佛經義理，啟發人們成就佛教智慧。它以名相分析和理論闡述並重，佛教學者據此而創立各自體系。由於《阿毗曇》內容豐富，解釋名相清楚，所以它幾乎成為南朝所有論師共同研習的對象。
三論學主要研究和發揚「三論」的思想。「三論」指羅什所譯的《中論》、《百論》、《十二門論》，系印度龍樹、提婆倡導的大乘中觀學派基本著作。最早傳習「三論」之學的，是羅什弟子僧睿、僧肇、曇影等人。後來羅什僧團解體，其門徒紛紛南下，三論學的重心轉入南方。南方三論學的代表人物，有僧朗、僧詮、法朗等，其中貢獻最大的當數法朗。
佛教在經歷了南北朝時期的消化、吸收後，加速了民族化的步伐，並開始進入它在中國全面繁榮發展的新時期。陳、隋之際，在學派的基礎上，宗派誕生了。
一般認為，宗派產生的主要標誌有以下幾個方面。一是高度發展的寺院經濟，以確保宗派獨立的經濟來源，並推動自身的發展；二是系統的學說體系，以保證自宗在思想理論上的獨立地位，並由此而與其他宗派區別開來；三是相對固定的傳教地域，即以某祖庭或大型寺院為中心，造成一定的勢力範圍，以利於自宗學說的區域性流傳；四是嚴格的法嗣制度和寺院規範，以行政手段保證自宗的特殊地位。
因此，宗派不再如學派那樣，僅僅通過學說的傳承而形成鬆散的師徒、師友關係，而是具有嚴密的、全方位聯繫的宗教體系。宗派之間，除了學說上的分歧，還涉及到與世俗生活相聯繫的實際社會利益的矛盾。