繼東晉十六國長期分裂之後，南北朝的對峙狀態又持續了160餘年，這一局面為佛教的發展提供了有利條件。
南朝佛教是在帝王們的普遍提倡和支持下興盛起來的。宋高祖劉裕篡位時，曾有人借僧徒之口以符瑞勸進，故劉宋一朝對佛教始終十分尊重。在他們看來，佛教「進可以繫心，退足以招勸」(《宋書》卷九十七)，即能夠有效地收攏人心。宋文帝認為：「若使率土之濱，皆純此化，則吾坐致太平，夫復何事！」(《弘明集》卷十一)意思是說，如果天下人都信仰佛教，那我就可以穩坐帝位，不必憂慮了。他和宋孝武帝都寵信僧人慧琳，讓他參與政事，成為當時人們所共知的「黑衣宰相」。南齊帝王繼承劉宋時期扶植佛教的方針。齊武帝次子竟陵王蕭子良十分崇信佛教，常於邸園舉行齋戒儀式，並招致名僧講說佛法，使江南一帶的佛教又有所發展。
梁武帝時，南朝佛教進入了全盛時期。梁武帝(公元464—549年)，名蕭衍，字叔達，與齊皇室本是同族。早年他曾尊奉道教，與著名道士陶弘景關係甚密。當他準備奪取南齊政權時，陶弘景曾派弟子送書信表示支持。因此，在即位後，他每有吉凶、征討大事，常遣使入山向陶弘景請教。當時社會上稱陶弘景是「山中宰相」。但是，梁武帝後來權衡得失，轉而提倡佛教。天監三年(公元504年)，他下詔宣布「舍道歸佛」，並要求王公貴族、公卿百官等也「返偽就真，舍邪入真」(《廣弘明集》卷四)，即拋棄道教等信仰，皈依佛教。
為了表示對佛教的支持，梁武帝熱衷於修建佛寺等活動。據載，他親自敕修大型寺院就有10餘座，如大愛敬寺、同泰寺、智度寺等。在他的帶動下，梁代王公、后妃以至門閥士族紛紛仿效，一時寺院之數劇增，僅建康一處便有500餘座，全國則有2800餘座。唐代詩人杜牧名句「南朝四百八十寺，多少樓台煙雨中」，便是對當時京城佛教盛況的形象描寫。與此同時，梁武帝又大規模營造佛像，著名的有光宅寺的丈九無量壽佛銅像、同泰寺的十方金銅像和十方銀像以及剡〔shan 善〕溪的彌勒大石像等。此外，他還多次舉辦大型法會，如「水陸大齋」 、「無遮大會」 等，以擴大佛教在民眾中的影響。為了表示對戒律的尊重，梁武帝明令僧眾禁斷肉食，而且自己也身體力行，從此不吃葷，不喝酒。從他開始，素食便成為漢地佛教生活的一大特色；寺院僧尼一律素食，在家信徒通常也自覺素食。
最富有戲劇性的是，梁武帝曾多次「捨身」同泰寺「為奴」。他脫下黃袍，穿起法衣，自願為僧眾執役，以證實自己信仰的虔誠。據《南史》記載，梁武帝一生共有四次「捨身」，它們分別為：1.大通元年(公元527年)，在寺住四天，回宮後大赦天下；2.中大通元年(公元529年)，在寺13天，後由群臣出錢一億贖回；3.中大同元年(公元546年)，在寺37天，也由群臣花錢贖回，回宮後大赦天下；4.太清元年(公元547年)，「出家」39天，又由群臣花錢一億贖回。
梁武帝這樣做，有著他的政治意圖，那就是要借佛教來規範百姓，以鞏固他的統治。他在把來世不可實現的幸福給予百姓的同時，又把現實苦難的枷鎖套在百姓的脖子上。一旦全國上下都為佛教所感化，他也就能「坐致太平」了。事實上，梁武帝思想的基本傾向是重視儒術和經學的恢複、建設，以傳統禮教為治國的根本；在此基礎上，輔之以佛教和道教的教化。在佛學理論方面，他肯定「涅槃佛性論」，並以「神明成佛」說為中心命題。但他所說的「神明」，並非印度佛教的「業識」，而是中國傳統宗教觀念中鬼神、靈魂的別稱。他還以為，「善惡」之說為佛教的核心，而善惡又以「忠孝」為根本。
梁武帝既要做世間的帝王，又要當出世間的首領。他實際上是依據儒家倫理綱常原則，對佛教教義予以吸收和改造，使之更好為己所用。
但是，佛教的急速發展，也削弱了國力，加深了社會矛盾。正如時人郭祖深上疏所指出的：「恐方來處處成寺，家家剃落，尺土一人，非復國有。」(《南史》卷七)就是說，要是將來全國到處是佛寺，人人都出家，恐怕國家也就完蛋了。不久，「侯景之亂」爆發，建康被攻破，梁武帝困死台城。梁朝後來的滅亡雖然是士族政治經濟發展的必然，但是梁武帝的奉佛也起了一定的作用。這與他當初的意圖恰好相反。他不僅自己「捨身為奴」，且把國家也給「舍」了。
史稱「江東佛法，弘重義門」(《續高僧傳》卷十七)，東晉南朝的佛教與北朝佛教相比，以教義理論的闡述見長。宋文帝時以「文治」見稱，重視清談玄理，他本人又通曉佛理，因此佛學自然成了「文治」的點綴。南齊蕭子良對佛教理論的宣傳更是不遺餘力。據僧祐《出三藏記集》說，蕭子良曾「召集京師碩學名僧五百餘人」，請僧柔、慧次法師講《成實論》。為了反駁無神論者范縝所著的《神滅論》，他集合大批名僧和名士撰文圍攻。梁武帝不僅重視佛教實修，而且勤於研讀佛經，並親自講經說法。他一生中撰寫了數百卷有關佛理的論著，還敕請名僧撰寫佛經註疏。陳代各帝王也尊奉佛教，對佛教義理頗感興趣，常召請高僧宣講佛經，對思辨色彩極強的「三論」學說尤為推重。