佛教創立初期，以及在釋迦牟尼逝世後的100年間，弟子們嚴格奉行他的教法，教團內部比較統一，沒有出現意見分歧，這在佛教史上被稱為「原始佛教」時期。
但在這以後，佛教教團內部因對教義和戒律的不同理解而發生了分裂。先是分裂為「上座部」(以長老為主，比較保守)和「大眾部」(以年輕僧侶為主，比較激進)兩大部派。這兩大部派後來繼續分化，形成更多部派 。此時，印度佛教進入了它的第二個時期，即「部派佛教時期」。這一時期的印度佛教，在阿育王和迦膩色迦王等人的大力扶植下，獲得長足的發展，並且向國外傳播；各部派分別建立起自己的經、律、論體系，思想理論上有較大的發展變化。
部派佛教內部的理論分歧，主要表現在宇宙萬物的假有、實有問題上和輪迴報應的主體問題上。
一般地說，上座部各派偏重於說「有」，認為精神現象和物質現象都是實在的。比如，其中的說一切有部認為，從時間上講，一切事物都有獨立存在的自體和主宰，無論過去、現在、將來，都是真實的。這種理論是與原始佛教的「無常」觀念相違背的。又如，犢子部主張一種「有我」論，即承認有永恆不滅的靈魂。他們認為，「我」(所謂「補特伽羅」，即靈魂)就是生死輪迴的主體、承當者。這種「有我」論則是與原始佛教的「無我」學說相對立的。
大眾部各派偏重於說「空」。或認為，世界一切事物和現象都是「空」(虛假不實)；或只承認現在實有，過去和未來都不是實有的。
從思想理論的角度看，大眾部與後來大乘空宗有著較多的淵源關係，而上座部系統的經量部則逐漸向大乘有宗發展。從宗教實踐的角度看，大眾部對大乘佛教的影響遠比上座部深刻。
公元1世紀左右，大乘佛教興起。為了取得佛教的正統地位，他們把原始佛教和部派佛教貶稱為「小乘」，而自稱為「大乘」。「乘」的意思是「運載」、「道路」。大乘佛教自以為能運載無量眾生，從生死大河的此岸到達菩提涅槃的彼岸，優越於小乘佛教的自救自度，故有意作此區別。在思想上，大乘佛教在把世界一切現象歸之於「空」的同時，又將釋迦牟尼完全神化，建立起偶像崇拜系統，並宣揚所謂「三世」、「十方」有無量數的佛；認為，佛教修行的最高目標就是成佛，而不再是小乘所追求的阿羅漢(簡稱「羅漢」)果。
大乘佛教在印度有兩大派別，即中觀學派(中國學者所謂「空宗」)和瑜伽行派(中國學者所謂「有宗」)。
中觀學派創始人是龍樹及其弟子提婆。龍樹著有《中論》、《十二門論》、《大智度論》，提婆著有《百論》，合稱「四論」。這些論著系統地發揮了大乘《般若經》有關宇宙萬有之本性「空」的思想，在理論上帶有辯證的色彩。他們認為，所謂「空」，並不是虛無，而是指沒有自體和主宰，這叫做「性空幻有」，即事物看上去似乎有，但實際是空。為了論證這一看法，他們又提出了「二諦」說。二諦，即俗諦和真諦。俗諦，指世間一般認識，是假設的真理；真諦，指佛教認識，是絕對的真理。為了使人們證得真諦，就得為真諦而說俗諦，這是「由俗入真」。同時，在證得真諦之後，仍然保留俗諦，這是「由真化俗」。對任何事物來說，從俗諦看是有，從真諦看是空。因此，「二諦」說要求人們既看到有(幻有)，又看到空(性空)；既不偏於俗，又不偏於真，這才是「中道正觀」。「中道」，指不偏不倚的觀點和方法。中觀學派也就由此而得名。
瑜伽行派的創立者是無著、世親兄弟兩人。瑜伽，意為「相應」，原是古印度宗教修行的重要方法，重視靜坐、調息(調整呼吸)，後來被佛教所吸收。由於無著、世親所創立的這一派佛教特彆強調瑜伽修行，所以稱做瑜伽行派。在思想理論方面，瑜伽行派的核心是「萬法唯識」 論。他們完全否認客觀世界的真實性，把世界萬物說成是純粹精神性的「識」的變現。人的「識」可以分為八種，即：眼識、耳識、鼻識、舌識、身識、意識、末那識、阿賴耶識。前五識相當於人的感覺，第六識相當於綜合感覺的知覺。第七識起思維度量作用，並以第八識為對象。第八識則是前七識的主宰，是前七識存在的前提，它具有能夠變現宇宙萬有的潛在功能。因為「萬法唯識」強調萬法由「識」所變，所以它又叫做「識有境無」或「唯識無境」。「境」，即外境，指萬物。「有宗」的所謂「有」，是指「識有」，而非物質世界的實有。
從公元7世紀起，印度佛教已度過了它的繁榮時期，逐漸走向衰落。大乘佛教的一部分派別與印度教相結合，形成密教 。密教是「秘密佛教」的簡稱，它有兩個基本特點，一是系統組織化的咒術禮儀；二是強烈的神秘主義色彩。
自公元10世紀末起，印度不斷遭受伊斯蘭國家的侵略，一些佛教聖地先後被破壞。公元13世紀初，入侵者把僅存的密教中心超岩寺焚毀，標誌著佛教在印度本土的消亡。19世紀末葉，佛教轉而由錫蘭(今斯里蘭卡)倒傳入印度。其後，印度佛教徒掀起佛教「復興」運動，積極開展各項傳教活動。時至今日，佛教在印度又有了相當的規模。