順治、康熙時期對傳教士的信用，促進了西方科學技術的傳入，也激發了一批中國學者對科學的志趣。他們在接受西方科學知識的同時，致力於獨立的研究，並取得了一定的成就。其中突出者有：
薛鳳祚(公元1600—1680年)，字儀甫，山東益都(今淄博)人。早年曾向當時的學者魏文魁學習中國傳統的天文歷算，後又到南京向波蘭傳教士穆尼閣(Smogulecki)學習西方科學知識，並協助穆氏翻譯西方的科學著作。他認識到西學既有其長處，亦有其短處，力圖把中西學術融會貫通。他依據當時各家歷算方法，有關實用科學知識，以及自己會通中西所編寫的天文著作，彙編成《歷學會通》，於康熙三年(公元1664年)刊行。全書分正集、致用、考驗三部分，其內容以天文曆法為主，還涉及數學、力學、水利、火器、兵法、樂律、醫藥等諸方面。其中的常用對數及三角函數對數表，是關於對數方法在中國的最早介紹。
方以智(公元1611—1671年)，字密之，安徽桐城人。他學貫中西，對西方的學說不是簡單地照搬，而是持批判吸取的態度，有著自己獨立的見解。其代表作為《物理小識》，書中在中國首先把知識分為「物理」(自然科學)、「宰理」(人文科學)和「物之至理」(哲學)三類。書中內容上至天文，下至地理、動植物、醫藥、人體以及日常器用等，幾乎無所不包，而且古今中外兼收並蓄，為一部百科全書式的著作。
王錫闡(公元1628—1682年)，字寅旭，號曉庵，江蘇吳江人。一生致力於天文曆法的研究，對中、西兩法均有透徹的理解，著《曉庵新法》六卷。其為學，「考正古法之誤，而存其是，擇取西說之長，而去其短」(《疇人傳·王錫闡》)，吸取二者的優點，並有所發明和創造。他提出了日月食初虧和復圓方位角計算的新方法，發明了計算金星、木星凌日的方法，還提出了計算月掩行星和五星凌犯的初、終時刻的方法，都較當時的中、西法有所進步。
梅文鼎(公元1633—1721年)，字定九，號勿庵，安徽宣城(今宣州)人。畢生從事天文學和數學研究，對中西之學採取去偽存真的態度。主張「去中西之見」，「務集眾長以觀其會通，毋拘名目而取其精粹」，提出「數者所以合理也，歷者所以順天也。法有可采，何論東西，理所當明，何分新舊」(《塹堵測量》)。有天文學著作40餘種，內容包括對中國古代曆法的評述和研究，對《崇禎曆書》的評論，對近人著述的評介，對他自己創製天文儀器的說明，對中西曆法異同得失的比較，以及對中西曆法的融會貫通等。又有數學著作10餘種，內容涉及算術、代數學、幾何學、平面三角學、球面三角學等初等數學的各個分支，並多有創見。