明清時期的醫藥學成就，除李時珍和《本草綱目》外，突出的還有溫病學說和種痘術。
溫病學說是中國古代治療傳染性熱性疾病的醫學理論。明末的醫學家吳又可為此學說的形成奠定了基礎。
吳又可(公元1592—1672年)，名有性，姑蘇洞庭(今江蘇吳縣)人。他在醫療實踐中，親眼看到當時一些醫者照搬《傷寒論》的方法來治療流行性溫疫病，致使很多患者死於誤治，感到十分痛心。為此，他提出了「墨守古法不合今病」的革新思想，並對溫疫病進行全面研究，在病原學、傳染途徑和方法、流行的特點、治療原則等方面，提出了新的觀點。他認為，「溫疫之病，非風非寒，非暑非濕，乃天地間別有一種異氣所感」。他稱這種異氣為「戾氣」，進而又發展為「雜氣」。「戾氣」指發病急驟，病情篤重，癥狀相似，傳染性強的致病因素；「雜氣」指病源多種多樣，並可導致多種不同的病症。他反對歷來醫家多推崇的《傷寒論》的主張，提出了應該重視「溫病」的見解。其對溫熱病的治療，強調以驅邪為主，重視攻下法。他的代表作是《溫疫論》。
在吳又可的影響下，清代一批醫家致力於溫病的研究，形成了獨立的溫病學說。它和傷寒學說並行，被稱為中醫治療外感的兩大學說。
種痘術是中國醫學對於世界免疫學的一項重大貢獻。痘疹就是天花，是一種可怕的惡性傳染病，歷來沒有有效的防治方法。到了明代，中國發明了人痘接種法，終於為預防天花開闢了一條有效的途徑。
種痘術發明於什麼時候，現在還沒有定論，但至遲在明隆慶年間(公元1567—1572年)已經出現。清俞茂鯤《痘科金鏡賦集》說：「聞種痘法起於明朝隆慶年間寧國府太平縣……由此蔓延天下。」明末清初喻昌的《寓意草》(1643年刊行)中，已明確記有兩例在北京種痘的病案。
關於種痘術，1695年刊行的《醫通》中，記有痘漿、旱苗、痘衣等方法，並指出其推廣過程是，「始自江右，達於燕齊，近者遍行南北」。後來，經過不斷實踐，更改進為用經過接種多次的痘痂做疫苗，降低了疫苗的毒性，因而更加安全。
中國發明的人痘接種術，很快就傳至國外。1688年，俄國已派人至中國學痘醫。不久，種痘術又從俄國傳入土耳其。1717年，英國駐土耳其大使夫人學得種痘術，隨即傳至英國、歐洲各地以及印度。及至1796年，英國的琴納發明牛痘接種術後，才逐步取代人痘接種術。