從秦漢到南北朝時期，是中醫藥學發展的一個重要時期，湧現了一批傑出的醫藥學家和重要的醫藥經典。由於篇幅所限，這裡只簡要介紹幾部中醫藥學中的經典著作。
《神農本草經》 成書於漢代，是戰國以來藥物知識的總結，而不是出於一時一人之手的著作，為我國現存最早的藥物學專著。因相傳神農曾嘗百草，一日遇72種毒，但都有消解法，故冠以神農之名。書中共記載藥物365種，其中有植物葯252種，動物葯67種，礦物葯46種。每一種藥物都包括有主治、性味、產地、採集時間、入葯部分、有何異名等內容。書中還根據藥物的性能和使用目的的不同，把藥物分為上、中、下三品。上品一般指毒性小或無毒的補養藥物；中品有的有毒，有的無毒，多兼有治療作用和滋補功效；下品大多有毒，專用於攻治疾病。《神農本草經》所創立的中藥學體系，一直沿襲到唐代。唐《新修本草》問世，方改變這種藥物分類體系。
《傷寒雜病論》 它是由後世尊為醫聖的東漢著名醫學家張仲景(約公元150—219年)所著的。所謂傷寒與現代醫學中傷寒的含義不同，而是泛指由外感風寒引起的各種疾病。後人把該書分為《傷寒論》和《金匱要略》二書，《傷寒論》專門論述傷寒一類疾病，《金匱要略》則以論述內科、外科、婦科等雜病為主。張仲景在書中創立了理、法、方、葯俱備的辨證論治的醫療原則，使中醫學的基本理論更切合於臨床應用，並奠定了中醫治療學的基礎。
《脈經》 晉代名醫王叔和(公元3世紀人)著。全書10卷，是對以往脈學進行系統總結而成的一部脈學專著。書中列舉了24種脈象，對每種脈象都作了簡明扼要的闡述。它在《傷寒雜病論》的基礎上，發揮脈學診斷的作用，結合傳統臟腑學說，說明脈象與五臟六腑病症的關係，指導在臨床上的診斷和治療。它是我國現存最早的脈學專著，是中醫脈學的奠基性著作。
《針灸甲乙經》 晉代皇甫謐(公元215—282年)著。這是對以往針灸學進行系統總結而成的針灸學專著，也是我國現存最早的針灸學典籍。全書分12卷，128篇，記載穴位349個。對每個穴位都記明針刺深度、留針時間和艾灸時間，對針灸的適應性和禁忌也作了明確的說明，對後世的針灸學有很深的影響。
《肘後方》 原為晉代葛洪所著，後人有所增補，是一部具有普及推廣意義的實用醫藥著作。葛洪自號抱朴子，是著名的醫藥學家和煉丹家。他深感當時的醫書「既不能窮諸病狀，兼多珍貴之葯」(《肘後方·自序》)，貧窮的人和住在鄉間的人要就醫很困難；而針灸對於不懂醫學，不知穴位的人無法運用。這種情況對大多數的人來說，雖然有醫方，卻仍不免要遭受疾病的侵襲，因此他著了此書。書中的醫方「率多易得之葯」，即使要購買，「亦皆賤價草石，所在皆有」(《肘後方·自序》)。書中的內容包括急性傳染病、各臟腑慢性病、外科、兒科、眼科以及六畜病的治療方法，並附有藥方。