鄭氏政權傳至第三代鄭克塽〔shuang爽〕，由於內部爭權奪利，宗派矛盾加劇，嚴重阻礙了台灣經濟文化的發展；加之與大陸長期隔絕，海峽兩岸人民飽受骨肉離散之苦，民心思歸。1683年(清康熙二十二年)，福建水師提督施琅奉詔率大軍渡海攻台，鄭克塽眾叛親離，被迫降清，台灣重新納入大陸中央政權的統轄之下。次年，清政府改承天府為台灣府，下轄台灣、鳳山、諸羅三縣，置於福建省台灣廈門道管轄。由此，台灣經濟文化進入了一個新的快速發展的歷史時期。
清政府統一台灣後，繼續實行嚴厲的海禁政策，限制海峽兩岸人民的正常往來，但大陸東南沿海的漢族人民為生活所迫，不顧清廷的種種禁令，成群結隊湧入台灣，形成歷史上前所未有的大規模移民高潮。到1811年(清嘉慶十六年)，台灣漢族人口猛增到200多萬，光緒年間達到300多萬，使台灣有史以來地曠人稀、勞動力嚴重缺乏的狀況大為改觀。
當時，大陸移民自發組成許多大小不一的拓墾集團，「相率移墾」。到雍正年間，台灣廣闊的北部平原和南部的大部分地區都已得到開墾，「大小村莊星羅棋布」(藍鼎元：《平台紀略·經理台灣第二疏》)，城鎮逐漸興起，一派興旺景象。乾隆年間，拓墾地區已擴展到交通不便的丘陵地帶。嘉慶以後，台灣全島只剩下南端的琅嶠(今恆春)和東部的山後一帶，由於清政府嚴禁漢人進入而尚未開發。
隨著土地的大量開墾，興修水利的熱潮在全島各地掀起，耕作制度和耕作技術亦在不斷摸索中逐步改進，台灣的主要農作物水稻和甘蔗的單位面積產量大幅度提高。「所出之米，一年豐收，足供四、五年之用。」(黃叔璥：《赤嵌筆談》)甘蔗產量的增加又直接刺激了台灣製糖手工業的發展。康熙末年，台灣、鳳山、諸羅三縣年產糖已達10800多萬斤。當時，台米、台糖大量運銷大陸，成為商品化程度很高的大宗農產品。
經濟的繁榮和貿易的發展，使島內出現了許多富甲一方的大地主和大商人，他們靠募眾墾殖或從事貿易起家，經濟實力雄厚。這說明台灣的封建地主經濟和商品經濟已有了相當程度的發展。
漢族移民的大量增加和經濟的發展，大大加速了漢族人民與土著居民之間的融合過程。其中聚居在西海岸的平埔人與漢人接觸最早，因而他們的經濟文化發展水平也最高。到19世紀上半葉鴉片戰爭以前，平埔人的生活、生產、風俗習慣和心理狀態等方面都已發生了顯著變化。他們普遍學會了牛耕，使用鐵制農具，懂得了灌溉、除草、施肥等耕作方法；在居住、飲食、服飾、器具、婚喪習俗等方面處處模仿漢人；許多人讀漢文書籍、說漢話、姓漢姓，開始接受漢族的先進文化。其他原住民各族群也有程度不同的進步。他們和漢族移民和睦相處，共同為開發祖國寶島貢獻力量。
隨著經濟的飛躍，台灣的文化、藝術、教育等等也以前所未有的發展速度趕上了大陸的前進步伐。
清政府統一台灣後，依照大陸學制，台灣各府、縣在成立的一二年後均設立府、縣儒學 。發展速度居全國各省之首。在此期間，台灣的學校大致分為以下六種形式：(一)「儒學」，大多設於各府、縣的文廟，是地方政府的官辦學校，入學資格限於曾由學政主考及格的秀才。平時並不開課講學，學生自己進修，但須按規定時間應考以求晉級。因此儒學乃是主要負責晉級考試的教育機構。(二)「社學」，也屬官辦，1684年(康熙二十三年)，台灣知府蔣毓英創建於府城東安坊(兩所)和鳳山縣土墼埕〔jig基呈〕。後因故廢置，演變為文人結社集會的場所。(三)「義學」，俗稱「義塾」。初為官辦，多設於各府、縣的街村內，專收貧寒子弟入學，不收學費，學生多為6—14歲的少年，由生員擔任教職。後民間也紛紛捐資興辦，其中最著名的是芝山文昌祠義塾(在今台北士林)，和枋〔fang方〕橋的大觀義學(在今台北板橋)，這兩處義學至今遺址猶存。(四)「民學」，純屬私立，俗稱「私塾」、「書房」、「學堂」等，大多招收有錢人家子弟就讀。入學年齡約在七八歲之間，修業期限依各人需要，並無固定時間。(五)「書院」，屬於「公有的私人學校」，分府、縣兩種。台灣最早的書院是1683年(康熙二十二年)由施琅創建的「西定坊書院」，而1704年(康熙四十三年)創建的「崇文書院」則是台灣第一所規模較為完善的書院。據統計，到1895年(光緒二十一年)，台灣先後共創建有44所規模不等的書院。可見，台灣教育事業的發展速度的確十分驚人。(六)「土番義學」，是設立於各個番社(主要在「熟番」社)的一種「社學」，專收「番童」就讀，延聘漢人執教。這種「土番社學」僅在雍正年間即設立有50多所，使通漢語、識詩書的「番童」日漸增多，這對於傳播漢文化、促進原住民各族群文化的發展，起了積極作用。
教育事業的發展帶來了文藝的興盛與繁榮。台灣統一後，隨著漢族人民的大量移入，大陸的許多地方戲曲、音樂、民歌、雕塑、建築藝術等相繼傳入台灣，並逐漸在台灣生根、開花、結果。專門從事藝術活動的民間藝人和社團日漸增多，空前活躍；文人墨客、飽學之士愈來愈多，在台灣統一以後的200年間，台灣藝苑群星閃爍，人才輩出，其中比較著名的如主持修纂方誌的高拱乾、劉良璧、周鍾瑄(由他主撰的《諸羅縣誌》被後世公認為全台各種志書中的最佳範例)等；以詩文著稱的陳鵬南、陳維英、鄭用錫、吳德功、吳子光等；另有宦遊來台著述頗佳的季麒光、郁永河、藍鼎元、姚瑩、林鶴年等。
1840年鴉片戰爭後，由於外國資本主義勢力的入侵，台灣經濟文化的發展和祖國大陸一樣，呈現出新的特點。
五口通商後，大量廉價「洋米」傾銷到我國市場，使台米在大陸的銷量銳減，價格猛跌，造成台灣農業生產的凋蔽，大批農民破產。另外，輸入到台灣的鴉片大量增加，煙毒日盛，白銀大量外流，使台民的生活日益貧困。特別是1860年(清咸豐十年)第二次鴉片戰爭後，台灣的主要港口安平、淡水、基隆、高雄也相繼被闢為通商口岸，外商紛紛在台設立洋行。他們倚仗不平等條約，攫取了我國海關的管理權，使台灣傳統的大宗出口物資如樟腦、砂糖、茶葉、硫磺等，以及進口貨物，都被外商所控制和壟斷。他們進行不平等貿易，大肆掠奪台灣的財富。這樣，使台灣的封建經濟逐漸轉變成為半封建半殖民地的經濟。
外國侵略勢力還加緊對台灣進行文化滲透，派遣大批傳教士到台灣從事傳教活動，到處修築教堂，引誘台民信奉「洋教」。此外，還出版報刊、創辦教會學校，先後創辦了「長老會神學院」、「理學院大書院」、「淡水女學院」、「男子長老會中學堂」、「女子中學堂」等，一時間興起一股創辦「西學」之風，使台灣的文化教育受到相當程度的影響。西方文化在台灣的傳播，較之荷蘭殖民時代更為深廣了。
外國資本主義勢力的入侵雖然嚴重破壞了台灣封建經濟的發展，但同時也刺激了台灣資本主義經濟的成長，由於台灣人民的辛勤勞動，經過劉銘傳改革，台灣的經濟文化以較快的速度向前發展，並取得了十分引人注目的成就。
鴉片戰後，大陸漢人移居台灣的熱潮仍方興未艾，特別是1875年(光緒元年)清廷解除開山禁令，招募大陸人民赴台開墾，並給應招者以種種優待，首次以官方名義有組織有計畫地對台灣進行墾殖，大批漢人前往應招。1885年(光緒十一年)中法戰爭後，台灣升格為省，清廷採納首任台撫劉銘傳的建議，在台設「撫墾總局」，主持土地開墾和有關原住民的各種經濟、行政事宜，更使台灣的墾殖事業向縱深發展。
在劉銘傳撫台期間(1885—1890年)，台灣挾大陸提倡「洋務」之風，大刀闊斧地採取了一系列促進台灣近代化的革新措施：(一)行政方面，為適應土地日辟、人口劇增的實際需要，全台增設為三府一直隸州十二縣五廳，以中部彰化為省會，劃疆分守，奠定了今日台灣地方行政區劃的基礎；(二)國防方面，大力整頓軍備，修築新式炮台，購置西式大炮。設軍械機器局製造槍彈、炮彈。設火藥局、水雷營，並設團練局等；(三)經濟方面，設煤務局、腦磺總局、煤油局，採用新法採煤、熬制樟腦、硫磺、開採石油等；(四)交通運輸方面，設「全台鐵路商務總局」，集資修築基隆至新竹鐵路 ，敷設海底電線、架設陸上電報線，還修通了一條橫貫中央山脈的大路。同時又設立郵政局，實行新式通郵。設立輪船公司，開闢上海、香港、西貢、新加坡等地航路；(五)財政方面，設立「清賦總局」，清理田賦，大力整頓稅收；(六)文化教育方面，大力提倡新式教育，創辦西學堂，聘請西人教習講授英語、法語、數學、理化、測繪、歷史、地理等課程。中國教習講授漢文課程。全部費用由政府供給，首批招收學員64名。設立電報學堂，學習電訊專門