台灣原住民與大陸漢民族的直接接觸究竟始於何時？大陸漢人經營台灣、漢文化的移入最早是什麼時候？而台灣又是何時正式劃歸我國版圖的呢？
大陸與台灣的關係有一個逐漸密切的歷史發展過程。據前、後《漢書》記載，海外有個叫「東鯷」的地方，「分為二十餘國」(應是「部落」)，常有人到會稽(現江浙一帶)來做買賣。大多數學者認為，從其記敘的方位和情況看，所謂「東鯷」就是台灣。可見，起碼遠在漢代，大陸漢人就已經開始與台灣原住民有了正式的交往了。
不過，大陸漢人經營台灣最早還得從三國時算起。公元230年(吳國黃龍二年)，孫權為開拓疆土，謀求發展貿易，派將軍衛溫、諸葛直率甲士萬人渡海到「夷洲」(即台灣)，歷時一年之久，曾帶回當地居民數千人。這是有史以來大陸漢人第一次大規模地與台灣發生接觸，對於豐富大陸人民對台灣的知識、促進海峽兩岸關係的發展，是有積極意義的。這從公元3世紀中期，吳人沈瑩作《臨海水土志》，首次較為詳細具體地記敘了夷洲的地理位置、氣候特點和原住民的生產、生活情況，便可得到證明。
隋代對台灣的經營更為積極。據《隋書》記載，隋煬帝為「求訪異俗」、「志求珍異」，曾先後三次派人招撫「流求」(即台灣)。第一次在公元607年(隋大業三年)，羽騎尉朱寬奉命考察流求，以海師何蠻為嚮導，因語言不通而歸；次年，朱寬再次受命前往又未果；610年，再遣武賁郎將陳稜、朝請大夫張鎮州率軍萬餘人泛海前往，陳稜軍曾深入島內，後因同原住民部落首領發生衝突，打了一仗，勝後返回。現在台灣彰化市有一條街叫做「陳稜街」，就是為紀念當年陳稜大軍進駐台灣而命名的。隋朝三次派人入台，雖然都未能達到預期目的，但使大陸人民對台灣的了解又較前大大深入了一步。這可從《隋書·流求傳》對台灣風物及原住民社會生活的翔實描述中得到印證。在福州福盧山(今福建省福清縣龍田西北)，直到明代萬曆年間還居住著當年被陳棱大軍從台灣帶回大陸的原住民後裔5000戶(何喬遠：《閩書》)。
由於北方少數民族的入侵和南方經濟文化的不斷開拓發展，北宋以後，大陸的經濟重心不斷南移，南方人口逐漸超過北方，特別是福建南部得到開發，從而為台灣和澎湖地區的移墾創造了必要的前提條件。
澎湖位於台灣海峽的中間地帶，是大陸漢人移居台灣的第一站。最先移居澎湖的是閩南沿海一帶的漁民。起初，他們只是經常到那裡躲避風雨，補充淡水、柴薪，修理漁具，偶作停留。後來去得多了，有人就在岸上臨時搭起一些簡陋的草寮，作為暫居之所。再後，有些漁民乾脆舉家遷來，開荒種地，飼養牲畜，修築房屋，定居下來，漸漸形成村落，成為澎湖諸島上的第一批漢族移民。
宋王朝開始注意到民間開發澎湖的趨勢。另外，隨著航海技術的進步，通過海路與外界的聯繫日趨頻繁，澎湖在發展對外貿易上的地位日漸重要，北宋政權開始派兵戍守澎湖，但只是「春季遣戍」而「秋暮始歸」，屬於季節性的戍守。直至公元1171年，即南宋孝宗乾道七年，泉州知府汪大猷派水軍造屋200間屯守澎湖，並把澎湖劃入泉州府轄下「編戶」管轄，(周必大：《文忠集·汪大猷神道碑》)，這是大陸封建政權首次在澎湖地區常年駐軍，進行有效統治。自此，台、澎地區開始正式納入中國封建王朝的勢力範圍。
元代中西交通大開，航運日益頻繁，作為海上交通要衝的澎、台，愈加受到大陸封建政權的重視。公元1290年(元世祖至元二十七年)前後，元政府在澎湖設「巡檢司」，管轄澎湖、台灣等島嶼，隸屬於泉州路的同安縣。這是大陸封建政權第一次在澎湖地區建立行政機構。至元中，定居澎湖的漢人已有200戶，大德元年有1600餘居民，「巨細相間，坡壠相望」(汪大淵：《島夷志略》)，每年到泉州從事貿易的商船達數十艘。
澎湖與台灣西海岸僅隔一條寬約25海里的水道，「煙火相望」，「雞犬之聲相聞」 。澎湖開發後，為大陸漢人橫渡台灣海峽，進一步與島內土著居民來往接觸以至移墾台灣本島、傳播漢族文化，提供了更加便利的條件。
大陸漢人移居台灣本島仍以閩南漁民為先驅。他們先是在漁汛期間登上台灣西海岸逗留一段時間，稍事休息，隨後便擇地慢慢定居下來，漸成十幾戶或幾十戶的小漁村。台灣西海岸地勢平坦，土壤肥沃，河流密布，氣候溫暖，發展農業生產的自然條件較之澎湖更為優越。久而久之，移居來台的漁民有不少改為半漁半農，甚或完全棄漁墾荒，建立起第一批漢人的村莊。隨著時間的推移，移居台灣的大陸漢人日漸增多，當時，台灣原住民尚處在「以石為刃」的原始社會階段，漢人的大量移入，把大陸較為先進的生產方式和生活、風俗習慣、語言文字、宗教信仰、民間技藝等等帶到了台灣。有一些漢人和土著居民通婚，向他們傳授生產技術和文化知識。由此，開始了漢族移民與土著民族之間的融化過程，大陸漢文化開始在寶島台灣萌發和傳播。
到了明代，大陸與台、澎地區的關係益加密不可分，台灣本島的開發加速。當明代中期葡萄牙商船途經台灣海峽，驚嘆台灣為「福摩薩」(美麗島)時，台灣西海岸的嘉南平原上已是田疇密布、炊煙裊裊，一派生機勃勃的興旺景象了。
在大陸漢人初墾台灣的過程中，閩人顏思齊、鄭芝龍(鄭成功之父)的功績尤著。1621年(明天啟元年)，顏思齊率眾赴台，在笨港(今北港)登陸，築寨屯墾，鎮撫番社，閩南漳、泉一帶百姓聞風歸附。顏思齊後因入山打獵而病卒，部下鄭芝龍繼承他的事業。1630年(明崇禎三年)前後，閩南連年大旱，顆粒無收，芝龍「招饑民數萬人」，用海舶載往台灣，令其開荒自給，每人給銀三兩、三人給牛一頭，所需種子、農具等全部由他貸給，「秋成所獲，倍於中土」，「衣食之餘，納租鄭氏」(黃宗羲：《賜姓始末》)。這是台灣歷史上第一次大規模有組織地移民台灣。大陸的封建生產關係開始在台灣的局部地區推行。
移居台灣的漢人愈來愈多，「赴之如歸市」，他們與當地土著居民一起，胼手胝足，辛勤拓墾。與此同時，往來於海峽兩岸的漁商之多，「為前所未見」，笨港、雞籠(今基隆)成為閩台間彼此互市和通航的重要港口。
顯然，大陸漢人移墾台灣到明代已成為一股不可阻遏的歷史潮流，如果不是由於受到種種人為因素的干擾，這股潮流本來會以更加迅猛的速度向前推進。
明代防務，始終把重心放在防範北方邊疆少數民族的入侵(前期是蒙古族，後期是滿族)，對於東南海防不很重視。明王朝一改宋、元時期積極經營台灣的政策，視台灣為「棄地」，不聞不問，甚至曾一度下令裁撤澎湖巡檢司，強迫居民遷入內地，嚴禁沿海人民製造海船「交通外蕃，私易貨物」。從明初開始，這種愚蠢的「海禁政策」實行了200年之久，直到16世紀中葉才被迫廢除。這不僅給大陸人民移墾台灣設置了重重障礙，而且給外敵入侵大開方便之門。於是從16世紀初葉開始，我國東南沿海一帶海盜猖獗、倭寇橫行，日本、西班牙、荷蘭等國的侵略勢力相繼擴張到台、澎地區，並展開劇烈的角逐，使東南沿海人民遭受了空前的苦難和浩劫。1624年(明天啟四年)，荷蘭侵略者佔據台灣。自此，台灣被荷蘭殖民者統治了整整38年。
荷蘭殖民者對台灣人民實行野蠻的奴役政策。他們把漢民辛辛苦苦開墾的田地統統收歸「國有」，稱為「王田」，強迫農民繳納地租，服勞役。向各族人民徵收繁重的捐稅，從台灣掠奪走大量財富。每年僅運出的鹿皮就將近20萬張，砂糖150萬斤，至於其他物資和金錢更難以數計。
為鞏固統治，荷蘭殖民者在台灣實行「奴化」教育，其重點放在「馴化」土著居民，企圖利用他們來對付經濟文化發展水平較高的漢族移民。他們在各地修築教堂，派遣大批經過訓練的傳教士到各番社傳教。此外，他們還開辦「小學」，用荷語、荷文和《聖經》以及用「羅馬字番語」譯寫的《耶教問答》、《摩西十誡》等作為教材教授「番童」，幾年間，「前後學生計有六百人」(連橫：《台灣通史·教育志》)。
荷蘭殖民者也試圖引誘漢人入教，然而漢人對於「耶穌」、《聖經》並無多大興趣。原因很簡單：這些來自閩、粵各地的漢人民族意識和家鄉觀念十分強烈，當他們背井離鄉、渡海來台時，各自都帶有祖籍的「守護神」，並不需要什麼西方的「上帝」來保佑他們。早期的漢族移民，雖然尚未建立起自己的教育機構，但中原文化之根早已深深地扎在他們的心底，殖民壓迫的結果，只能引起激烈的反抗。
事實正是這樣，在荷蘭統治的38年間，台灣人民不斷起來反抗鬥爭，較大規模的暴動不下二三十起。荷蘭殖民者實行慘無人道的鎮壓政策。《台灣縣誌》記載，僅1652年(清順治九年