元朝始置管理「回回醫藥」的機構。至元十年(公元1273年)設廣惠司，秩正三品，執掌回回醫藥事。至元二十九年(公元1292年))，於廣惠司外，另設大都、上都回回藥物院，秩從五品，執掌回回醫藥事。至治二年(公元1322年)藥物院撥隸廣惠司。穆斯林答里麻於大德十一年(公元1307年)任御葯院達魯花赤。
伊斯蘭世界的醫藥學知識很早就傳入了中國。五代時李珣編寫了六卷本《海葯本草》，元朝時札馬魯丁主管回回司天監，家藏《忒畢醫經》13部。他還藏有關於鍊金術的書籍13部，大概也與藥物學有關。明初刻本《回回藥方》(一部36卷)，據考證，是元代譯就的阿拉伯著名醫學家依本·貝塔爾《簡救法》的漢譯本。此書殘卷現存北京圖書館。營養學專著《飲膳正要》也記載了一些回回藥物及方劑。元時「回回田地」所產的一種葯，能治120多種雜症。元朝的「回回」醫生多奇術，已經能作一些外科小手術了，例如切除腐肉、贅疣，等等。