在唐朝，如何管理伊斯蘭教大概還沒有成為一個社會問題。宋朝的「蕃坊」也很難說是單純管理伊斯蘭教的組織。元朝中央政府曾一度設置管理伊斯蘭教事務的機構——「回回掌教哈的所」。但這個機構存在時間不長。就清真寺而言，宋朝時大都為私人建築；元朝有敕修的；到了明朝敕修清真寺增多，無疑也多了點官辦色彩。這就是說，政府對中國伊斯蘭教的行政管理加強了。在明代，一些主要的清真寺的教長(那時官方稱其為主持或住持)要由政府任命。清朝時期，中國伊斯蘭教的各種寺坊管理制度逐漸完善。
在前面已經說過，中國伊斯蘭教的分布是地域性的；它從未取得過中央政權；它也從未成為大多數中國人精神生活的主宰。正是這個原因，中國伊斯蘭教的寺坊制度在各個時代、各個地區不大相同甚至大不相同。這裡僅就清代後期對格的木和主要門宦的管理情況作一簡單的介紹。
這是格的木的一種寺坊制度。通常以一個清真寺為中心，包括周圍穆斯林居民，形成一個教坊。此教坊是這個地域內的宗教組織單位。範圍和戶數很不一致，大的可達一二百戶，小的只有10數戶。教坊之間互不隸屬。教坊管理實行「三掌教制」。在清真寺內設置三掌教：教長、贊教和宣教。教長負責誦經、領拜等宗教活動以及同教務有關的事宜，是清真寺的最高負責人。贊教協助教長，可代教長宣講教義，司掌勸諫。宣教負責呼喚教眾禮拜。較大的清真寺還可另聘幾名阿訇。三掌教最初由教眾選舉、選聘，後由官府任命並變為世襲。大約在元末明初，一些清真寺的掌教已經世襲。在三掌教之上，又有坊務方面的負責人「學東」和「鄉老」。學東一般由上層教徒擔任，鄉老是其助手。他們控制三掌教，是教坊、寺院的實際掌權者。
這是門宦實行的一種分級管理的寺坊制度。門宦教主對其所屬教坊實行嚴格控制。他把全部教坊分成若干區域，每個區域內有不同數量的教坊。教主向每個區派出自己的代理人——「熱衣斯」。由熱衣斯代表教主管理自己的轄區。熱衣斯對教主負責。後來，有的熱衣斯自成「一路諸侯」，發展成為獨立的支派。有的熱衣斯代代相傳，成為世襲。
這是20世紀初在中國伊斯蘭教出現的一種寺坊制度。「海乙寺」是一個範圍很廣的地區內的中心寺，或稱大寺、總寺。這個地區內的其他清真寺則稱為「稍麻寺」，即小寺。一個海乙寺一般管轄十幾個或幾十個稍麻寺。各小寺隸屬於中心寺。稍麻寺掌教由海乙寺委派。聚禮、會禮及其他重大宗教活動必須在海乙寺舉行。海乙寺有解釋「教法」和處理民事糾紛之權。
這是中國伊斯蘭教在某些地區實行的寺坊制度。一坊的最高負責人是「哈最」(即「哈的」的異譯)。哈最之下設「三長」：「伊瑪目」(教長)，負責講經；「海推布」(贊教)，負責領導教眾念經；「瑪金」(宣教)，負責喚拜。哈最又稱「總掌教」或「總理掌教」。他的職責是監督宗教法規和宗教儀式的執行，同時又是宗教法庭的總法官。在青海循化等地區，哈最制同土司制度相結合，一般由土司兼任哈最。哈最的選舉制也因此變為世襲制。
這是清朝政府管理中國伊斯蘭教的一種制度。關於鄉約制，在前面已經作過敘述，這裡不再重複。