成就了中國伊斯蘭教義學的學者們，同其前輩有著質的區別。他們不僅不排斥，且而自覺地學習、鑽研中國傳統文化，深得儒家思想的精髓。他們的漢學功力很強，不遜於教外的儒士們。因此，這些學者都是博通四教(儒、釋、道、伊斯蘭)的大家。他們或者是「由儒入經」，即先學習「性理、史鑒、諸子百家之書」，然後再學習伊斯蘭教經典；或者是「由經入儒」，即先學習伊斯蘭教經典，然後再學習「儒者之書」。王岱輿是「先經後儒」者，壯年才開始學習儒家之學。劉智則是「先儒後經」者。他15歲開始學習漢學，歷八年，遍讀經、史、子、集。而後用六年時間，學習《古蘭經》等伊斯蘭教典籍。又三年讀「釋藏」，又一年讀「道藏」。繼而又閱讀「西洋書」137種。馬注自稱聖裔，為穆罕默德45代後人。但他是個「先儒後經」者。馬注不僅通儒，而且習佛，直至35歲才開始研究伊斯蘭教理。他對老莊也深有研究。他對「道可道，非常道。放之則包羅天地，卷之則不滿寸衷」的解釋是，「蓋心無盡，虛空亦無盡也」。他認為老子的道是「心道」，以心規範世界。此語頗精闢，發前人所未發。
關於伊斯蘭教義與中國傳統文化的關係，伊斯蘭教義學家有如下幾點主要見解：
「二教同源說」
中國伊斯蘭教義學家認為，伊斯蘭教同儒家「二教同源」。這裡所謂「二教同源」有兩層意思。一是說「教理同源」，二是說「道統同源」。
第一，「教理同源」
中國伊斯蘭教義學家認為，伊斯蘭教義的基本宗旨同儒家思想是完全一致的。這在社會政治學說和倫理觀念方面表現得尤為顯著。王岱輿認為，儒家學說的根本是「忠孝」二字。這也是伊斯蘭教理的關鍵所在。對於孔孟之道的修身、齊家、治國、平天下的一套政治理論，王岱輿佩服得五體投地。他說，他不敢妄議其是非，伊斯蘭教也有相同的主張。劉智說，他用了十餘年的時間僻居山林、研讀「百家之書」，終於得了一個真理，那就是「天方之經大同孔孟之旨」。劉智認為，伊斯蘭教「五功」(念、禮、齋、課、朝)是「五典」(仁、義、禮、智、信)的反映。仁、義、禮、智、信是「內五功」；念、禮、齋、課、朝是「外五功」。劉智認為，天方之書不異於儒家經典。聖人立教不以方域來區分，因為人同此心，心同此理。「聖人之教，東西同，今古一」。根據這個原則，穆斯林遵習「天方之禮」也就等於遵習「先聖先王(即堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔、孟)之教」。馬注的思想與王岱輿、劉智的思想完全相同。他說，如果一定要在伊斯蘭教理與儒家思想中找出區別，那也是有的。
回之於儒，教異而理同也。(《清真指南》卷三)
聖不同時而道同，地不同音而義同，字不同跡而理同，教不同術而認同，服不同制而心同。心同跡異，不可以跡間心。(《清真指南》卷五)
在馬注看來，即使二者(儒、伊斯蘭)在形態上有不同之處，也不能以此不同之處去離間二者的相同之處。二者的相同之處，在「道」、在「理」、在「認」、在「心」。二者的共同點全在根本上。馬復初也認為，東海聖人(孔、孟)和西海聖人(穆罕默德)，心同道合。雖然如此，「但各有專任，彼此不相侵亂」。孔孟尤重「人道」，而穆罕默德則兼論「天道」。《天方正學》的作者藍煦說得很直率：
世人於回、儒，往往分視之，而未能參觀，良由不明天方經意，以致見少多怪。豈知回儒經書，文字雖殊而道無不共，語言雖異而義無不同。是以不揣固陋，於天方經語略以漢字譯之，並注釋其義焉。證集儒書所云，俾得互相理會，知回、儒兩教，道本同原，初無二理，何必拘泥語言文字之末，而疑其有同有不同耶。(《天方正學·自序》)
《清真釋疑》、《清真釋疑補輯》，從某種意義上甚至可以說就是為了論證伊斯蘭教與儒家「教理相同」而著述的。《清真釋疑》的作者金天柱(北高)是清乾隆(公元1736—1795年)初年人，曾任翰林院四譯館回回館教習。《補輯》成書於清同治年間(公元1862—1874年)，由唐晉徽董其事，參與增補者有穆斯林舉人、進士30餘人。其中馬安禮出力較多，其評述(以「率真子」名義)頗精當。《補輯》的增錄原則是「同教諸君子互參詳譯，凡與儒理暗合者，隨時錄出增補《釋疑》書內」。這兩部書是為了釋疑而寫，寫作時的預定讀者對象，也不僅僅限於伊斯蘭教教內。或者不如說，它主要是針對教外讀者群而編纂的。馬安禮在《補輯》中說，伊斯蘭教理與儒家學說可以「互相發明，並行不悖」。儒、伊斯蘭兩教都是「正道」。他們就是要把「正道」昭然於天地間，讓世人共同敬仰、共同遵信。其最終目的是使「清真者」成為「儒者」，「儒者」成為「清真者」，這就是「共同成為清真儒者也」。
第二，「道統同源」
中國古代很重視學說傳承系列。這種傳承系列就是道統。這可能與宗法制有關。佛教傳入中國後，其派系宗祖理論又強化了道統觀念。孔子暗示自己上承堯舜，孟子自命道續孔子正統。韓愈有《原道》說，正式提出一個道統傳承譜系：堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔、孟。孟子之下，便是韓愈自己。朱熹認為，孔孟之後應是周(敦頤)、程(顥、頤)，而周、程之後則是朱熹他自己。這個道統是為了辨道、判道的，不屬於其內者就是異端。韓愈《原道》就是為了闢佛斥老。從另一方面說，如果某一學說同這一道統攀上了關係，也就具有了成為正統理論的合法外衣。這樣，它就能站穩腳跟，不至於被視為異端而逐出思想界。
清代中國伊斯蘭教也試圖同上述道統攀上關係。
清代中國伊斯蘭教義學家認為，《尚書》、《詩經》中的昊天上帝就是安拉，就是真主。後人(包括孔子)混同天、帝是一個大錯誤。帝是主宰，天是帝之動靜。阿丹(亞當)就是盤古氏，雅伏西(雅弗，《聖經》傳說人物，挪亞之子)就是伏羲氏。真主播化之靈是有感應的。「感神光於阿丹，拜丹青於唐主，皆感興之微末」(《天方典禮》)。中國伊斯蘭教內有一種傳說，唐玄宗曾拜穆罕默德之像，畫像隨之消失。唐玄宗因此受到感化，於是伊斯蘭教傳來東土。按伊斯蘭教內學派見解，穆罕默德其身雖在阿丹之後，其神卻在阿丹之前。中國伊斯蘭教義學家「托古改制」，利用據說是孔子的一段話來為自己的目的服務。有人問過孔子：「你是聖人嗎？」孔子說：「我不是。」繼問：「『三皇』、『五帝』是聖人嗎？」孔子說：「也不是。」又問：「那麼，誰是聖人呢？」
孔子動容有間，曰：丘聞西方有聖人焉，不治而不亂，不言而自信，不化而自行，蕩蕩乎人無能名焉。丘聞其為聖人也。(《正教真詮·群書集考》)
他們認為孔子說的「西方聖人」就是指穆罕默德而言。他們說，真主「降生之列聖」，除了穆罕默德(封印的至聖)之外，還有「孔(子)、耶(穌)、佛(釋加牟尼)、老(子)」等人(見《歸真要道》)。於是，他們得出一個結論：「華西一體」。
「二教互補說」
中國伊斯蘭教義學家不僅認為伊斯蘭教與儒家同源，而且認為伊斯蘭教可以彌補儒家之不足。他們說，儒家學說有兩點不足，其一是不講求「先天原始」，其二是不考究「後天歸復」。王岱輿說：
第其始之所以來，終之所以往，造化原本，生死關頭，一切不言。夫生人之理，有始、有中、有卒，儒者獨言其中，而不言始卒，天下深觀之士不免疑焉。(《正教真詮》)
這裡所說，儒家只言「中」，不言「始」和「卒」，是說儒家沒有像伊斯蘭教那樣的真主如何造人、死後如何進天園或下火獄的理論。而這一點，同儒家比較，恰恰是伊斯蘭教的長處。據伊斯蘭教觀點，人生有先天、當今、後世之「三世說」。先天，指真主用泥土造人之時期。當今，指人類生活的現實社會。後世，指人類在總清算日後，根據每個人的德行，或進天園享永生之福樂，或下火獄受痛苦之刑罰。伊斯蘭教的「三世說」是一個歷時概念，其終點是「後世」，人類在那裡永存。佛家的「三世說」是一個共時概念。伊斯蘭教「後世說」與佛教「輪迴說」不能同日而語。根據佛教「輪迴說」，人可以從後世托生，或人、或狗。根據伊斯蘭教「後世說」，後世是人類總毀滅後得到的永生。關於「後世」、「死後復活」等觀念，在中國伊斯蘭教義學家的所有著作中都有論述。馬復初的《四典要會》之一典《幽明釋義》以及《大化總歸》，是專門闡釋這一觀念的。他說，中國聖人，堯、舜、孔、孟，「俱未聞死後復生之說」。他寫作《大化總歸》的目的，就是為了補敘王岱輿、劉智等先賢對死後復生論說之不足。
據中國伊斯蘭教義學家的觀點，如果「真主造人」、「死後復活」等內容為儒家所吸收，儒家學說將更加完備。
另一方面，中國伊斯蘭教義學