清代前期康熙、雍正、乾隆三朝，國勢興盛。清朝統治者崇奉佛教，尊重道教，入主中原後實際上是以儒家學說施政的，而對於「回教」則是防範多於信任。入關之初，清廷為了鎮懾前明殘餘勢力，曾經宣傳過「漢不及回」。但是，當著需要平衡民族關係的時候，清廷便改變調門，大呼「回不及漢」。康熙年間，世有傳言，稱穆斯林「夜聚明散」，意在謀叛。康熙頒布詔書，予以批駁，說「漢不及回」。雍正元年(公元1723年)、雍正八年(公元1730年)地方官吏奏請朝廷嚴禁回教，革除回俗。雍正痛斥了這些地方官吏的無知和昏庸。但同時認為回民是「甘為異類」的「鄙薄之徒」，「回教原一無所取」。所以雍正的民族政策是「回漢兼抑」。
乾隆後期，陝甘地區爆發以伊斯蘭教為旗幟的反清農民起義。清政府開始對伊斯蘭教採取高壓政策。籠絡中國伊斯蘭教上層分子，「以回制回」；利用不同教派，破壞和削弱伊斯蘭教；一旦矛盾激化，形成械鬥，則堅決地以武力鎮壓，這是貫徹高壓政策的基本策略。終清一代，這一策略沒有太大的變化。
乾隆四十七年(公元1782年)發生了一起直接涉及中國伊斯蘭教的文字獄。在中國伊斯蘭教史上，它被稱為「海富潤事件」。乾隆三十九年(公元1774年)，海南三亞穆斯林海富潤離家到內地遊學。七年後，即乾隆四十六年(公元1781年)，海富潤自陝西返海南，因病滯留漢口，居住在禮拜寺內。寺旁有一裕興帽店，主人是南京的穆斯林袁國祚。袁氏熱心於伊斯蘭教事業，曾刊印劉智等人的著作。袁國祚贈送海富潤《天方至聖實錄年譜》一部10本、《天方字母解義》一本、《清真釋疑》一本、《天方三字經》一本。乾隆四十七年五月，海富潤途經桂林時受到盤查，查出阿拉伯文、波斯文伊斯蘭教著作21本以及上述漢文伊斯蘭教著作。知府賈中孚遂將海富潤逮捕下獄，並上報廣西巡撫朱椿。朱椿發文要求江南各省協查此案，同時上奏朝廷。湖北方面在接到朱椿來文後，即將袁國祚拿獲，並搜出多部漢文伊斯蘭教書籍。江蘇方面在接到朱椿來文後，即將改紹賢(為袁刻《天方至聖實錄年譜》作序)、袁國裕(國祚之兄)、譚正文(存放《天方性理》、《天方典禮》二書版片)三人拿獲。金天柱(《清真釋疑》作者)因官方不知其蹤跡，得以倖免。劉智已死，其孫劉祖義被傳訊，其家被查抄。因改紹賢在序文內提到過「廣西胡公」(胡世雄)，也把遠在外省的胡世雄解來蘇州。廣東方面搜查了省城禮拜寺及海富潤之家。雲貴方面，石屏州知州親赴86歲賽玙(為《天方至聖實錄年譜》作序)家搜查。整個事件涉及南中國各省，受其株連者不勝枚舉。乾隆皇帝見到上報的奏摺後，認為措置失當，詔諭此案不必辦理。詔書中說，「新教」是「邪教」，但已除凈。至於「舊教」，在陝西及直隸居住者很多，其經典沿襲舊本，並無謗毀悖逆之語。漢文伊斯蘭教著作皆似「鄙俚書籍」。回民因為「愚蠢無知」才信奉此教。這一事件對於朝廷不過是虛驚一場，只好不了了之。
在鎮壓了陝甘穆斯林反清起義以後，清政府管理中國伊斯蘭教的主要手段是實施「鄉約」制度。所謂鄉約制度，就是讓鄉里、親屬之間互相聯保的一種制度。「鄉約」為中國古制。明朝類似的鄉約制度已在穆斯林中間實行。嘉靖(公元1522—1566年)初年，明朝政府在色目人住地設「保長」，「居人俱聽約束」。萬曆年間(公元1573—1620年)明朝政府「以回夷編立保甲」，並令其不得聚會，不得持有兵器，等等。清雍正年間(公元1723—1735年)就在甘肅河州地區實行鄉約制度。乾隆四十六年(公元1781年)以後，這種制度在西北穆斯林聚居區普遍推行。「鄉約」又是一種職務。鄉是基層行政單位，鄉約是一鄉兼管宗教與行政的負責人。穆斯林以鄉為單位具結，鄉約為其代表，向政府保證不發生違法犯禁之事，而政府則不干預其宗教事務。鄉約分寺約與回約兩種。寺約在有清真寺的地方實行。由地方官選擇教內「公正之人」充當寺約，責令其約束本坊教眾。一般地說，寺內阿訇很可能即為寺約。回約在沒有清真寺的地方實行。按其鄉里人數選擇一名「老成者」為回約，責令其約束本里教眾。清政府對寺約或回約，各給印札，令其分段管理，一般約期三年，期滿更換。凡實行鄉約的教坊，不需再立掌教、阿訇名目。在這些地區，阿訇只在教內自稱；對外或對官方，則稱「鄉約」或「頭人」。實行鄉約地區的清真寺，有一定的政治權力。鄉約後又稱「學東」。學東則不一定是阿訇。甘東南地區自乾隆四十九年(公元1784年)後，每個教坊均實行學東制。學東管理清真寺財產，並負調解、處理民事和教務之責。學東之下有阿訇，主持宗教活動。另有「鄉老」，協助學東處理各種事務並同阿訇一起念經。學東原先是選舉的，後來變為世襲。
中國伊斯蘭教屬於遜尼派的哈乃斐教法學派。此派認為，只要做「教乘」即堅持「念、禮、齋、課、朝」五功，就應該算是一名好的穆斯林。但是，蘇非派認為，這是不圓滿的，還應該修鍊「道乘」，念誦「齊克爾」(內部秘傳箴言)。每個蘇非教團都有自己獨特的「齊克爾」。從明末清初開始，一些蘇非教團傳入中國，形成中國式的蘇非教團即「門宦」，又被稱為「新教」。於是，中國伊斯蘭教開始分化。沒有形成門宦制度的部分，相對於門宦新教，被稱為「舊教」或「老教」即「格的木」。即使在門宦盛行的時期，中國絕大多數穆斯林仍然屬於「格的木」。門宦實行教主制。在門宦內，一切權力歸教主，教徒的行動必須聽從教主的命令(討口喚)。門宦一般都神化教主，教主亡故後為其修建拱北，世代崇祭。在門宦存在地區，教務和政務或者由教主直接控制，或者教主派出其代理人(「熱衣斯」)實行分級管理。教主擁有大量動產與不動產。有的教主甚至建立親兵衛隊。教主一般是世襲的。人們認為，教主制的形成是門宦形成的主要標誌。
教派、門宦的分化是清代中國伊斯蘭教史上的重大事件。
中國伊斯蘭教有四大門宦，三大教派。四大門宦是「哲合林耶」、「格底林耶」、「虎非耶」、「庫不林耶」。三大教派是「格的木」、「西道堂」、「伊合瓦尼」。就信徒人數而言，格的木居第一位，哲合林耶居第二位，伊合瓦尼居第三位。
哲合林耶哲合林耶系阿拉伯語音譯，意為高聲，故又稱其為「高念派」，即高聲誦念「齊克爾」。因其念經時頭要左右搖擺，曾被誣稱為「搖頭教」。哲合林耶是人數較多、傳播較廣、影響較大、發展較典型的一個門宦。它主要分布於青海循化、甘肅臨夏、寧夏西吉、海原、固原一帶以及雲南和中原部分地區。它的創始人是馬明心。此人是甘肅人，生於康熙五十八年(公元1719年)，死於乾隆四十六年(公元1781年)。他於雍正六年(公元1728年)10歲時隨叔父去麥加朝覲。在葉門入「沙孜林耶」道堂求學。乾隆九年(公元1744年)回到循化，遵師命傳授沙孜林耶道堂宗旨，取名「哲合林耶」。馬明心提倡簡化部分宗教儀式，反對強征天課，強調布施應用於救濟窮人，教權應該傳賢不傳子，清真寺掌教應該由教眾自由選聘。馬明心的這些主張，很受當地穆斯林的歡迎，信仰者日眾。
哲合林耶傳承世系如下：
第一輩教主馬明心，死於乾隆四十六年(公元1781年)；第二輩教主穆憲章，死於嘉慶十七年(公元1812年)；第三輩教主馬達天，死於嘉慶二十二年(公元1817年)；第四輩教主馬以德，系馬達天長子，死於道光二十九年(公元1849年)；第五輩教主馬化龍，系馬以德長子，死於同治十年(公元1871年)；第六輩教主馬進成，系馬化龍長孫，死於光緒十五年(公元1889年)，他實際上未能行使教權；第七輩教主馬元章，系馬明心四世孫，死於民國九年(公元1920年)；第八輩教主馬震武，系馬元璋第四子。
哲合林耶是一個教乘和道乘兼修的門宦。這是它在宗教功修方面的明顯特徵。但是，不太重視朝覲。認為朝拜教主拱北、道堂可以代替朝拜麥加。道乘方面的主要功課是高聲誦念齊克爾。雖然方式多種多樣，但用樂音高聲唱誦卻是共同的。教主的宗教功修主要是坐靜，每周兩次。教主傳承必須有憑證即「傳教衣帽」。清真寺一般不設宣禮樓，以打梆子代替宣教的呼喚。拱北和道堂同時又是進行群眾性活動的場所。在教區內，實行分級管理的「熱衣斯制」。在服飾方面，哲合林耶信徒頭戴六牙帽，表示「六大信仰」，教主的為綠色，老年人的多為白色，青壯年的為黑色。男子穿中式帶襟長袍，不留鬍鬚。不主張婦女戴蓋頭、蒙面紗。
哲合林耶以伊斯蘭教為旗幟舉行過數次反清武裝鬥爭。計有乾隆四十六年(公元1781年)的蘇四十三起義，乾隆四十九年(公元1784年)的田五起義，同治元年(公元1862年)陝甘地區大起義。