「藏象」一詞首見於《內經》，「藏」是居藏於體內的五臟六腑；「象」是表現於外的生命活動徵象。它的研究內容是以五臟(心、肝、脾、肺、腎)為中心，闡述臟腑的生理功能，以及臟、腑(胃、小腸、大腸、三焦、膀胱、膽等)之間，及與外在組織，五官九竅之間的關係，並將人與自然、局部與整體進行有機的聯繫。如《內經》認為：心為君主之官，主神明，主明則下安。其華在面，其充在血脈，開竅於舌，與小腸互為表裡，心包(亦稱心包絡)為其外圍。意思是說心在臟腑中至為重要，相當於一國之君。神，廣義指整個人體生命活動的外在表現；狹義的神指人的精神、思維活動。心主神明是說心為精神之所會，故「所以任物者謂之心」。脈為血之府，為血液通行的隧道。心有推動血液在脈管內運動的作用，故說「心主血脈」。面部血管豐富，最能反映心氣的盛衰；面部表情豐富，最能反映情志、精神的變化，故說「其華在面」。心經別絡(別絡為本經別走鄰經之絡脈)上行於舌，所以心的生理變化，病理變化均能反映在舌體。心臟功能(神明、血脈)如此重要，所以說「主(主宰之義，指心)明則下安；主不明則十二官(指各臟、腑，各司其職，故以官職比喻。如肺為相傅之官，出治節；肝為將軍之官，出謀慮等)危。」以上以心為例，說明藏象學說對本臟(腑)功能的解釋。
藏象學說的形成是與古代醫家長期的觀察、反覆的醫療實踐，及當時具有的簡單的解剖知識分不開的，由感性認識逐步上升為理性認識，再回過頭來指導醫療實踐。如人生氣、著急、上火眼睛就會發紅疼痛，而「怒」的情態變化與肝有關，通過瀉肝火的藥物治療後會好轉，因而推論出「肝開竅於目」。又如脾胃虛弱的患者常出現食慾減退，腹瀉，四肢水腫，乏力消瘦，也就總結出「脾主運化」、「胃主受納」、「脾主升清(升提清陽之氣，有利於水谷精微為身體所利用)」等生理功能。限於古代的解剖學水平，中醫主要著眼於對活著的、運動著的人體，進行整體的、動態的觀察。經幾千年來的臨床實踐證明，這種研究方法與解剖為基礎的研究方法不同，它具有整體觀念，同時也是中醫和西醫形成兩個截然不同的理論體系的重要原因之一。
自《內經》以後，歷代醫家對藏象學說不斷地充實與提高。一方面是加深了解剖學的新認識；另一方面隨著金元、明清時代醫學流派的崛起，各個醫家從不同的角度深化了藏象學說的內容，並形成了一系列的理論及臨床行之有效的方劑，至今仍廣泛應用於臨床。如金元時期李東垣對脾胃的闡述；明代張景岳對腎陰、腎陽的探討；李時珍對大腦功能的認識；清代王泰林對肝的研究等，使藏象學說更臻完善。
藏象還以五行歸類的認識方法來說明臟、腑與各組織器官及自然界之間的聯繫。以木、火、土、金、水為五個系統，它們之間存在著生、克、乘、侮等關係，而各系統分別以肝、心、脾、肺、腎為中心，各有所屬。
能了解藏象學說是怎麼回事，也就清楚了中醫和西醫所用的臟器名稱有時相同，但二者所指，及其生理功能範圍卻是根本不相同的，決不能混淆。比如有人眼睛有了問題，中醫說「其病在肝」，患者就背上了包袱，自己覺得需要抽血查肝功能情況。其實是不了解中醫藏象學說的肝，不同於西醫所說的肝。這種誤會在今天是太普遍了。
精氣神學說源於道家學派。道家學派初創於春秋末年，盛於戰國中後期。西漢初葉，主要宣傳道家學說的《淮南子》 的編撰完成使精氣神學說趨於完善。《淮南子》闡述了形、氣、神之間的關係，而且將精氣神學說、陰陽學說、五行學說熔為一爐，探討了自然界萬物的本源和演化過程，以及精神與物質的關係。
中醫學用精、氣、神來解釋人體生命活動中的形、神統一的轉化規律。精為人身之本，是生命活動的物質基礎，有先天、後天之分。先天之精稟受於父母，與生俱來；後天之精來源於飲食所化生的精微物質。氣的含義有二：一指流動著的細微難見的精微物質，如元氣、衛氣、營氣、經絡之氣等；一指臟腑的生理功能，如脾胃之氣、心氣、膀胱之氣等。
神是精與氣的外在表現，即表現於外的生命徵象。《素問·移精變氣論》說：「得神者昌，失神者亡。」所以診病時望診最重要的內容就是神。廣而言之，不唯望診，切診所據的脈象、問診所據的生理徵象、聞診所據的聲音都能反應患者神的狀況。人的精神活動如神(狹義的神)、魂、魄、意、志，也屬神的範疇。神對氣有調節作用，從而影響精的藏、泄、聚、散。神對氣與精的調節作用，可以說是氣功運動的主要理論依據。
精、氣、神三者之間的關係概括地說：精為基礎，氣為功用，神為表現，存亡與共，相互影響，化生不息，維繫生命。因此精氣神學說體現了中醫學的「人體恆動觀」。它反映的正是精神與物質之間的辯證關係，這一理論應用於中醫診斷、治療、防病、保健等各個方面。
經絡學說是研究人體經絡系統的生理功能、病理變化，及其與臟腑相互關係的學說。經絡是人體內運行氣血的通路，它是溝通人體表裡、上下，聯繫臟腑器官的獨特系統。
經絡學說內容包括經脈、絡脈兩部分。經脈有正經、奇經之分；絡脈有別絡、孫絡之別。人體五臟六腑、四肢百骸、五官九竅、皮肉脈筋骨，雖具有各種不同的生理功能，卻能共同進行著有機的整體活動，主要是依賴經絡的聯繫。疾病的發生、傳變，由表入里也是以經絡為途徑的。所以經絡循行部位發生變化，也可以作為診斷疾病的依據。
經絡中最重要的幹線是十二正經，即手太陰肺經、手陽明大腸經、足陽明胃經、足太陰脾經、手少陰心經、手太陽小腸經、足太陽膀胱經、足少陰腎經、手厥陰心包經、手少陽三焦經、足少陽膽經、足厥陰肝經，經氣順序循行，如環無端。由此可見經絡學說與藏象學說是密切相關，不可分割的。
兩千多年以前，經絡學說已經相當成熟了。至於是什麼時候開始發現，又是如何發現這一腧〔shu術〕穴確切、線路明晰、龐大複雜的網路系統的，可以說至今仍無人做出滿意的解釋。現在國內外對經絡的實質做了大量研究，多數報道的循經感傳路線與古代醫籍記載的經絡循行路線基本是相符的，但又和解剖學上的神經、血管、淋巴的分布很不一致。值得注意的是經絡學說雖然尚不能用西醫理論及現代科學進行完滿的解釋，但針灸治療疾病卻遍及世界各國，受到了高度的重視，可見經絡學說是經得起時間和臨床實踐考驗的。也可以說經絡學說是肯定有其物質基礎的。
在春秋時代，我們的祖先對於致病因素的認識已經很系統了。在《內經》中，關於六淫、七情、飲食、勞傷致病的理論有完整的論述。雖然後世在病因學上有所發展，但就其範圍看，兩千多年來，沒有離開這幾方面的概括。
六淫指風、寒、暑、濕、燥、火六氣淫勝，而成為人的致病因素。中醫稱為外因邪氣。
七情指喜、怒、憂、思、悲、恐、驚七種情志變化，太過也會使人生病。
飲食、勞傷致病，是由於飲食失調，起居無常，疲勞過度，房事不節等原因。
病機就是病理機制，是指疾病發生的原理以及反映疾病的病位、病性及發展變化的規律。對病機的系統論述，仍首推《內經》。概括地說，中醫認為正氣不能抵抗邪氣則發病；在發病過程中正勝邪退則病趨於好轉；邪勝正衰則病趨於惡化；而疾病的傳變方式是各種各樣的。對於病因、病機分析的結果，自然證候也就辨別出來了。當然病因病機的分析是以藏象、經絡學說為其理論基礎的。