我國醫藥學的發展，也像其他學科一樣，與各歷史階段生產力的發展和社會變革有著密切的關係。雖然它在不斷地進步，但也並非是一帆風順的。這要從我國歷史上第一個朝代——夏王朝說起。
夏、商兩代是我國奴隸制度產生與發展的時代，在農業、畜牧業和手工業的生產都有著突出的成就。特別是起於夏末、盛於商周的青銅文化，以及殷商業已成熟的甲骨文字，標誌著我國高度的古代文明。自然在醫藥方面也會有一些進步。從殷墟出土的甲骨卜辭中，發現當時人們對疾病已有明確的分類，所涉及的範圍已包括今天的內、婦、兒、外、五官等科疾病，疾病名稱有20多種。有些病名的發明在醫學史上是很有意義的。如對齲齒的記載就是有關該病的世界最早記錄。當時有「疾年」的說法，指多病之年，是有關流行病的最早記錄。在治療疾病的藥物和方法上，也有一些經驗積累。但夏、商醫藥學發展比較緩慢，與生產、文化的突出成就極不相稱。其直接原因是夏、商時代的醫療活動是控制在巫師手中的。巫產生於原始社會末期，至商已成鼎盛之勢。他們被認為是神與人之間的媒介，可以參與包括國家大事在內的一切社會事務，有著舉足輕重的社會地位。在萬事求助於巫的時代，巫、醫一體的「巫醫」自然也應運而生。巫醫之所以能取信於人，是因為他們在巫術的掩飾下，也施行醫藥治療。《山海經》就有關於巫師們常採藥於靈山及「操不死之葯」的記載。可見巫醫之所以「能祝延人之福，愈人之病」，並非不倚重藥物。因此在巫醫一體的時代，就形成了醫藥為巫服務，而巫師控制了醫藥的可悲局面。故夏、商兩代，醫藥學仍戴著沉重的神權枷鎖，不可能有突破性的發展，致使醫學理論的產生推遲了很長時間。
西周至春秋時期，奴隸制度從興盛走向衰落，戰國時期的各諸侯國陸續完成了封建制的過渡。至秦建立了歷史上第一個統一的封建帝國。周初由於生產力進一步發展，社會分工更趨於專業化。《周禮》所設的政府機構已將巫師與醫師的職責明確分開：醫師(醫官)隸屬於天官冢宰；巫師隸屬於春官宗伯 。「醫師掌醫之政令，聚毒藥以共(供)醫事。」「司巫掌群巫之政令。若國大旱，則率巫而舞雩〔yu於〕；國有大災，則率巫而造……」表明當時醫、巫分職，已經有了法定的醫政組織。周代的一些書籍中一些有關記載，反映了醫藥學已積累了豐富的經驗。如《周禮》記載了醫學分科、粗略的診察疾病和內治、外治的一般原則；《詩經》、《爾雅》、《山海經》等記載了很多藥物知識；「陰、陽、風、雨、晦、明」六氣致病說 的出現，強調了醫學本身的科學性和獨立性，為戰國至秦、漢時期醫學理論體系的形成，奠定了基礎。雖然如此，由於巫醫的影響由來已久，社會上仍存在著對「信巫」還是「信醫」的抉擇。為此醫家對巫術展開的堅決鬥爭從來也沒有停止過。如《內經》強調：「拘於鬼神者，不可與言至德(指醫學理論)。」並告誡：「妄作雜術，謬言為道」是醫生的過失。而醫生最有力的批判武器，就是巫術不可能產生的醫療效果。《史記》中載有一個典型的例子，東周時虢〔guo國〕國太子病危，國中為「治禳」(祈禱活動)停止一切活動，但無濟於事，還是賴秦越人高超的醫術而得救。司馬遷追述這段史實後，曾總結病有「六不治」，「信巫不信醫」是其中之一。醫、巫分業使醫學發展進入科學軌道，醫對巫的鬥爭保證了醫學的健康發展。
1973年在長沙馬王堆三號墓出土了大批簡帛醫書，共14種，三萬多字。書中對有關經絡、脈法、醫方、養生、胎產等知識，無不涉及。據考證，這些醫書為春秋至秦、漢之際各時期著作。其中《足臂十一脈灸經》和《陰陽十一脈灸經》，是迄今發現的有關經絡的最早文獻。
據《漢書·藝文志》記載，漢初尚能見到先秦的醫著中醫經有七家，計216卷。然而後世僅存《黃帝內經》一家，18卷。這就是至今仍被奉為醫宗正典的《靈樞》和《素問》，各九卷。《黃帝內經》證明我國醫學理論體系已經形成。兩千多年來，祖國醫學的基礎理論儘管在不斷地充實和發展，但皆未離《內經》其宗。《內經》全面地論述了人的生理、病理、診斷、治則、治法及人與自然的關係。中醫的陰陽、五行、臟腑、經絡、病因、病機等理論，皆宗於這些醫學經典。它反映了中醫學整體的、宏觀的學術特點，是中醫辨證論治的理論依據。《黃帝內經》有很完整的學術思想體系，所以它既不可能是孤立產生的，也不可能是歷史上第一部醫學理論專著。《內經》中引用了很多古代醫學文獻，其中明確書名的就有20餘種。這是失傳的先秦醫籍的重要線索。關於《內經》的成書年代，歷代學者分歧很大，較為客觀的意見是，《內經》約問世於戰國時期，其後在不斷傳抄過程中，經秦、漢醫家綜合、充實而成。
現存的另一部很有影響的醫學典籍是《黃帝八十一難經》，簡稱《難經》。《舊唐書·經籍志》稱此書為秦越人所撰。但歷來大多數學者經考證反對這一說法。從張仲景著《傷寒雜病論》曾參考該書，說明至遲在東漢時《難經》已流行於世。從其內容看，明顯是以《內經》的理論為基礎，在某些方面，尤其是命門、三焦、奇經等問題，有更深入的探討，顯然該書是著述於《黃帝內經》之後，但也不會晚於兩漢。
我國現存最早的藥物學專著《神農本草經》像《內經》一樣，並非出自一時、一人之手筆，大約是秦、漢以來許多醫家的經驗結晶，最後成書於東漢。它總結了先秦、兩漢的藥物學成就，以後歷代的本草著作都是在《神農本草經》的基礎上擴充而來。
東漢時最重要的醫學成就是張仲景的《傷寒雜病論》問世。他在以往醫學理論和實踐的基礎上，創造了以「六經辨證」論治傷寒病(外感熱病體系)；以「臟腑辨證」論治雜病的診療思想模式，形成了理、法、方、葯密切聯貫的辨證論治體系。《傷寒雜病論》是歷代醫家必須研讀的醫學典籍。此外，東漢的另一位名醫華佗的麻醉術和剖腹手術，是世界醫學史上的奇蹟，對醫學做出了卓越的貢獻。
魏、晉至唐，醫學有了全面的發展，對臨床醫學尤為重視。晉代針灸學與脈學的發展較為突出。王叔和搜集了前代醫家的有關診脈方法的闡述，結合個人臨證經驗，著成《脈經》10卷，把脈象歸納為24種，明確了切脈診病的方法，使後世脈學研究有所依據。皇甫謐〔mi密〕所著的《黃帝三部針灸甲乙經》(簡稱《甲乙經》)，為現存最早的針灸學專著。由於該書以切合實用、便於掌握為宗旨，故對普及和發展針灸學做出了貢獻。《甲乙經》後來還傳到國外，在世界上產生了一定的影響。
隋朝醫家很重視對病因、證候學的研究。巢元方等人所著的《諸病源候論》具有很高的學術價值。全書論述了1700餘種病候，成為後世病名研究的模式。如婦產科疾病，就分為婦人雜病、妊娠病、將產病、難產病、產後病五類，幾乎包括了現在中醫婦科的所有病症。對流行性傳染病、寄生蟲病，甚至某些過敏性疾病，都有一定的認識。對消渴(糖尿病)、腳氣病、麻風病等，描述已經非常詳細，為世界前列。該書的內容還反映出當時已經能做人工流產(妊娠欲去胎候)、腸吻合(金瘡斷腸候)、拔牙(拔齒損脈候)等手術。其中腸吻合手術的方法、要點、步驟及術後護理，介紹得詳細、合理，與史書粗略記載的華佗治法一致，彌補了華佗手術治法失傳的部分缺憾。
自東漢以降，方書盛行，很多醫家都留下了寶貴的醫療用藥經驗，學術影響澤於後世。晉代葛洪所著的《肘後救卒方》，就是其中的佼佼者。它不但切合實用，而且有些內容屬世界首創。如有關恙蟲病、天花病的描述，用狂犬腦防治狂犬病等，在醫學史上佔有重要地位。南北朝時曾問世兩部很重要的方書，即陳延之的《小品方》和姚僧坦(一作僧垣)的《集驗方》。唐代曾將《小品方》列為醫生必讀之書。可惜二書北宋時即已失傳，而唐宋間認為：「古之如張仲景、《集驗》、《小品方》最為名家。」唐代孫思邈的《千金方》、王燾的《外台秘要》兩部巨著，是集東漢以來臨床驗方之大成的代表作，標誌著唐以前臨床醫學較高的學術水平。
宋代由於朝廷重視醫學，設置了校正醫書局，加之文士習醫成為風尚，以及活版印刷術的發明，給古醫籍的校訂、刊行工作提供了良好的條件，所以對古醫籍的整理最有成就，很多古代醫籍賴此得以流傳後世。當時的方書、本草著作也大量刊行。如最早的很有影響的婦科專著《婦人大全良方》、兒科專著《小兒葯證直訣》、外科專著《劉涓子鬼遺方》、眼科專著《銀海精微》等均問世於宋代。宋人宋慈所著《洗冤集錄》為世界上第一部法醫學專著，歷來受到國際法醫學者的高度重視。宋代系統地整理了古代醫學文獻，並在臨床專科治療方面成績突出，為金元時期醫學各家學派的理論建樹打下了良好的基礎。
金元時代社會動亂，百病叢生。醫者