公元1206年成吉思汗建立蒙古政權，1260年忽必烈繼承了汗位，隨後定都大都(今北京)，1271年改國號為元。
元朝統治者實行民族壓迫政策，知識分子的地位十分低下，處於「九儒十丐」的境地。為了加強對知識分子的防範，對著作的出版嚴加限制，史書上說：「元人刻書，必經中書省看過，下所司，乃許刊印。」這就是說刻印書籍，首先要經全國最高行政機關的審閱，而後下發到所屬機構去刻印，主要是指派地方政府印刷。個人著作要付印，先由地方紳士把書稿送請學使審閱，學使認為可以刻印，還要上報到部，經部批准後才能出版。這種前所未有層層審閱圖書的制度，不知要使多少有價值的著作失去了出版機會；再加上生產遭到破壞，紙墨產量不多，這就使印刷業呈現萎縮之勢。
元代刻書，也有官刻、家刻和坊刻。刻書地點有大都、平陽、杭州、建寧、吐魯番等地。
元代官刻，在中央有興文署、廣成局、國子監、太醫院等，不過都刻書不多。其中以興文署刻書最為著名，其刻本也最早，例如1290年刻的宋元之際的史學家胡三省的《音注資治通鑒》和《通鑒釋文辨誤》；1309年刻印的南宋史學家鄭樵著的紀傳體史書《通志》。地方上刻書最多是各級政府設立的儒學，刻了不少經史典籍，如江西路(治所在今江西南昌市)儒學刻的11種經書；建康路(治所在今南京市)等九路分刻的九種史書，都是比較著名的。其他如1227年嘉興路(治所在今浙江嘉興)儒學刻印的北周盧辨著的《大戴禮記注》；1306年紹興路(治所在今浙江紹興)儒學刻印的元代徐天祐著的《吳越春秋音注》，都刻印極精。再如公元1340年慶元路(治所在今浙江寧波市)刻印的宋朝王應麟編的類書《玉海》，共204卷，尤為世人稱道。該書分天文、地理、官制、食物等21門，240多類，重點輯錄典章制度與吉祥善事，內容豐富，徵引完整，因此元代人稱之為「天下古今稀有之奇書」；《四庫全書總目提要》評論該書「貫串奧博，唐宋諸大類書未有能過之者」。這部書的書版到清代還存放在南京藩署，還在修補重印，因歷經元、明、清三朝，世稱「三朝本」。今北京圖書館存有元刻本42卷。元代共有27路儒學刻印過書。但是刻書最多最佳的還是各地書院。根據清代學者顧炎武著的學術筆記《日知錄》一書中說：「宋元刻書，皆在書院，山長(即校長，多由著名學者擔任)主之，通儒訂之，學者則互相易而傳布。故書院之刻，有三善焉：山長無事，則勤於校讎，一也；不惜費而工精，二也；版不貯官，而易印行，三也。」因為書院有這些優越條件，所以所刻書籍又多又好，深受讀者喜愛。再加上刻書「非以圖鬻〔yu育〕」，就更是精益求精了。元代全國有書院100多個，其中杭州西湖書院最為著名，因此宋、遼、金三史和其他要籍，都奉旨送到西湖書院刊印，刻工極精，世稱「院本」。如公元1324年，該書院刻的宋末元初史學家馬端臨著的《文獻通考》(記述歷代典章制度的重要著作)，字體書寫優美，行款疏朗悅目，刻印俱精，是元本中的代表作。西湖書院有學田收入，經費充足，曾經修補了宋朝國子監的書版，共約120種左右，是該書院的最大工程。
南宋大哲學家大教育家朱熹，曾在建陽城外建了竹林精舍，後改名考亭書院，這個書院就有學田500多畝，朱熹的三世孫朱沂在南宋末年就出任過該書院山長。這個書院的學生在元代至正(公元1341—1368年)年間曾編校了法律著作《唐律疏義》，由勤有堂書鋪刻印。當時講學的風氣很盛，書院的師生，有的自己編書刻印，有的為書坊編書，所以元代書院為刻書業和文化教育的發展作出了重大貢獻。
官刻書，因為是官家出資，大都不惜工本，選用能工巧匠和上等紙墨，所以一般刻印精良。
私家刻書最有名的，有江蘇宜興(原名義興，因避宋趙匡義諱，改稱宜興)的岳家，在元初刻有《春秋經傳集解》，據說還刻了許多經書，號稱「岳氏九經」。還有平水(今山西臨汾)曹家在1310年刻的《中州集》 和《中州樂府》。山東東平丁思敬於1304年刻的北宋散文家曾鞏的詩文集《元豐類稿》(因編於宋神宗元豐年間，故名)，葉德輝的《書林清話》稱該書「書法槧〔qian欠〕手，俱極古雅，麻紙濃墨，摹印精工，為元刻上乘。」江西吉安王常於1301年刻的《王荊文公(王安石)詩箋注》等。這些書今天都有傳本。私家刻書校勘都很認真，而且往往由名人書寫上版，刻工高手雕版，所以其中有不少是精品。有的書是作者自己書寫上版的，像1322年槜〔zui最〕李(今浙江嘉興一帶)龔端禮刻的《五服圖解》。他在自序中說：「不辭衰老，細字夜書，厥始厥終，皆出一筆，用倒羞囊之餘，以資鋟〔qin寢〕梓之費。」這就是作者親筆書寫上版的，刻本十分精美。
元代書坊之多不亞於宋代。福建道建寧路的建安、建陽兩縣，見於記載的書坊有42家。其中余志安的勤有堂、劉錦文的日新堂、葉日增的廣勤堂和虞平齋的務本堂都是歷史悠久的著名書坊，都刻印了很多書籍。前兩家各刻印了近20種著作。勤有堂刻了元代文學家、史學家蘇天爵著的《國朝(元)名臣事略》，該書保存了大量元代歷史文獻。日新堂刻印了元代學者虞集(字伯生)的詩集《伯生詩續編》，此書是用行書寫刻，別具一格。廣勤堂則精於刻印醫藥書籍，如刻印了我國魏晉間醫學家王叔和著的脈學專著《王氏脈經》 。該書第一次將脈象分為24種，基本上包括了循環生理上所有的現象，是現存最早的脈學專著。務本堂於1341年刻了元代著名大書畫家趙孟頫〔fu俯〕(字子昂)的詩集《趙子昂詩集》。這些書今天也都有傳本。建寧書坊大約刻書幾百種之多。
此外，燕山竇桂芳的活濟堂，也精於刻印醫書，如1312年刻印了他自己編的《針灸四書》。山西平陽張家的晦明軒和王家的中和軒都是金元兩代的老書坊，晦明軒在1149年刻印了宋人著的藥物學著作《證類本草》；中和軒在1306年刻印了用於寫作韻文的字典《韻略》等書。杭州書坊刻印了元代大劇作家關漢卿的《關大王單刀會》、尚仲賢的《尉遲恭三奪槊》、王伯成的《李太白貶夜郎》等七種戲曲著作，今天也多有傳本。
這些書坊所刻書籍，刻印量大，流傳廣，對文化的傳播起了不小的作用。但是書坊刻印最多的書，還是戲曲小說等文學作品和科舉應試用書與醫書等，刻印大部經典史籍和諸子善本的不多。因為前一類書適合一般知識分子和平民百姓的需要，官家和私人刻印的很少，所以這類書在市場上賣的又快，賺錢又多，因而各書坊紛紛刻印。只是許多書坊旨在營利，只求速成，雕刻粗疏，校勘不精，書寫也不規範，粗製濫造者不少，這幾乎是一般書坊的通病。
元代還繼續刻印佛教道教經典，而最大的印刷工程還數雕印佛教《大藏經》。如杭州路餘杭縣大普寧寺大約於公元1277—1290年刻印的《大藏經》，共6004卷，人稱《普寧藏》。刻工精巧細緻，裝幀古樸典雅。江蘇平江府磧〔qi棄〕砂(在今江蘇吳縣內)延聖院(後改名磧砂禪寺)，大約在南宋理宗寶慶(公元1225—1227年)或紹定(公元1228—1233年)年間開雕藏經，到元英宗至治二年(公元1322年)完成，歷經宋元兩朝約90年，收經1532部6362卷，人稱《平江府磧砂延聖院大藏經》，簡稱《磧砂藏》(圖8)。這些佛經大都由寺院募緣雕印而成。1982年底，在雲南發現了元代官刻《大藏經》殘本32卷，估計全藏至少有6500卷，僅次於《趙城藏》(現藏雲南省圖書館)，這一發現填補了過去佛教人士認為元代無官刻藏經的空白。此外，在新疆吐魯番一地，就發現有漢文、蒙文、藏文、西夏文、維吾爾文、梵文等六種文字的佛經刻本，可見元代刻印佛經的盛行。至於道教經典還在忽必烈建立元朝之前，即1244年蒙古就刻印了《道藏》7800卷，因為雕刻于山西平陽玄都觀，故又名《玄都寶藏》。後來由於道教在與佛教鬥爭中失敗，1281年元世祖下令除《道德經》外，其餘道書和道經的印版全部燒毀。一時京師內外道教經版印本，大都化為灰燼，《玄都寶藏》也未能逃此厄運。從此道經亡佚很多，道教勢力也一蹶不振。
元代還印了大量的紙幣，由於發行額太大，造成通貨膨脹，以致最後被拒絕使用。
元代刻本流傳至今的約有六七百部，而現存於北京圖書館等17家圖書館中的也只有270多部，台灣存有230部，其他則散於他處。
縱觀元代印刷業雖然繼承了宋、金的傳統，刻印了很多書籍，甚至有的元版書還勝過宋本，如平陽梁宅本《論語註疏》；平水曹氏進德齋本《爾雅郭璞音注》；葉增南阜書堂刻本《東坡樂府》等，都為宋本所不及。杭州刻印的元大德本《繪圖列女傳》，圖畫秀麗工整，在我國版刻藝