在日本，扁豆被稱為隱元豆，據說是清朝初年中國隱元禪師傳到日本的。這位隱元禪師就是日本禪宗三大派之一黃檗〔bo柏〕宗的創始人、被日本天皇賜以「大光普照國師」稱號的隱元隆琦。
隱元，俗姓林，名隆琦，1592年生於福建省福清縣。六歲時父親外出不歸，少年時因家庭貧困而輟學，以耕樵為生。21歲時出外尋父，來到南海普陀山(今浙江舟山)，祈求觀音保佑，產生了投入佛門的念頭。1620年終於入福清黃檗山禪寺，投師鑒源禪師，剃髮出家，法名隱元隆琦。此後，他歷游浙江各地名剎，訪師學道。曾從禪宗高僧密雲圓悟和費隱通容等學習臨濟宗禪法。1637年擔任黃檗山萬福寺住持。隱元重修寺廟，興建大雄寶殿、齋堂，繼承祖師遺志，實現黃檗山復興大業。以後又到各地雲遊說法，曾應邀主持崇福寺、福岩寺、龍泉寺等寺院。1646年回到黃檗山萬福寺任住持，廣收門徒，著書立說。隱元不僅精通佛法而且博學多才，擅長詩文書法，著有《黃檗語錄》、《黃檗山志》等書，在當時中國的佛教界和文化界都享有盛名。
當時日本禪宗處於停滯不振狀態。在江戶時代的對中國貿易唯一開放港口長崎，由於有不少中國商人和華僑聚居，並為求神佛保佑中日間船隻往來平安，在當地集資修建了三座禪寺，即興福寺(南京寺)、福濟寺(漳州寺)、崇福寺(福州寺)，人稱唐三寺。三寺都聘請中國僧人擔任主持，但在隱元之前卻沒有請到很有名的高僧。興福寺的住持逸然，久仰隱元的聲名，經過與三寺僧眾商量，並由德川幕府批准，於1652年派人到福建黃檗山邀請隱元東渡傳法。前三次邀請他都辭謝了，直到逸然第四次又派古石和尚來邀請，隱元終於為其誠意所感動，答應東渡日本。
1654年5月10日，已是63歲高齡的隱元禪師，不顧僧眾們的勸阻和挽留，把黃檗山交給弟子慧門主持，毅然下山踏上旅途。5月21日，他帶領30多位隨從弟子，從泉州出海東渡。途中波濤洶湧，船工失色，而隱元仍談笑自如。經過15天的航程，終於在7月5日抵達長崎。隱元受到逸然禪師和唐三寺的僧人的熱烈歡迎，長崎的僧侶和民眾也聚集在街頭兩旁，向他頂禮膜拜。隱元一行被迎進興福寺後，當天就在寺內演法。由於這位中國高僧的到來，使沉寂多年的日本禪林為之一振，在長崎唐三寺興起了一個興禪拜佛的熱潮。
1655年，隱元又應日本禪宗名僧之邀到本州攝津(今大阪府)的慈雲山普門寺開堂演法，並與各寺院的禪僧及京都公卿貴族們交往。隱元東渡時原準備只在日本逗留三年就回國，福建黃檗山的僧眾也一再寫信促其西歸。但是，日本僧眾懇切的挽留使他不忍輕易離開。1658年冬，隱元來到江戶(今東京市)，德川幕府第四代將軍德川家綱親自接見了他，大老酒井忠勝等高級官員也來向他問禪。幕府的竭力挽留，終於使隱元下決心要像唐朝的鑒真和尚一樣，為在東瀛弘揚佛法而貢獻餘生。
1659年，天皇賜給隱元京都附近宇治的土地營建新寺院。他決定以中國的黃檗山萬福寺為榜樣，興建日本的黃檗山萬福寺。1661年，宇治萬福寺建成，隱元擔任第一任住持。從此日本佛教禪宗又出現一個新的派別黃檗宗，連禪宗其他宗派曹洞宗、臨濟宗的禪僧們也競相歸附其門下參禪問法。幕府則贈送黃金、木材，用以營造佛殿之用。宇治黃檗山萬福寺的堂塔殿堂建築、佛像雕塑、堂塔配置、儀式法規等都仿照中國明代禪寺的式樣，甚至參禪念佛誦經也用漢音，飲食生活也保持了中國風格。因此傳入最晚的黃檗宗比其他日本佛教宗派更富有中國禪學風味。
1664年，73歲的隱元在日本黃檗山萬福寺擔任住持三年之後，自感年老體衰，精力不濟，便讓位給弟子木庵性瑫，自己退隱於松隱堂。1673年，後水尾上皇賜隱元以「大光普照國師」之號。不久因病去世，享年82歲。隱元被奉為日本黃檗禪宗的開山始祖，其後從二世祖木庵，直至13世祖笠庵，均為來自中國的高僧，自第14世祖龍統開始，才大多由日本僧人繼任。隱元一生著述甚多，共約40餘種。渡日後的主要著作有《普照國師廣集》30卷、《示眾語錄》20卷，《黃檗清規》一卷等，還有不少詩文之作。現已編成《隱元全集》12冊在日本出版。
隱元及其弟子們的東渡，對推動中日文化交流，尤其是促進日本佛教禪宗發展以及傳播中國明清時期書法、繪畫、篆刻、雕塑、建築、醫學等文化藝術成就，作出了許多貢獻。
隱元等黃檗僧人東渡時帶去了大批明清名家書畫真跡都作為黃檗文化的珍品收藏在萬福寺內，使宇治黃檗山成為薈萃中華文物精品的寶庫。如隱元把恩師費隱的手跡制匾懸掛在萬福寺開山堂。當時一些無法出國門的日本文人雅士常到黃檗山以一睹為快，滿足平生之願並從中受到啟迪。而且隱元及其不少弟子都是書法大家。隱元、木庵，即非三人的書法以大字草書為特色，筆力雄渾，被稱為「黃檗三筆」，創立了日本書道黃檗流派。弟子獨立善於篆隸，在日本傳授書法和篆刻，被稱為日本近世唐樣書法(中國風格書法)第一人的北島雪山就是他的學生。
中國明清畫風也因隱元及其弟子的介紹傳播到日本。黃檗僧人中畫家林立，黃檗畫風以人物畫像為主。17世紀後半期到18世紀上半期，被稱為黃檗畫像的人物肖像畫在長崎十分流行。這些畫像側重寫真，臉部有明暗陰影，具有立體傳神之妙，饒有西洋寫實技法的意境，在日本繪畫史上別開生面。
隨著書法繪畫的發展也推動了日本篆刻和印刷業的進步。隱元的徒弟獨立、高泉等善於篆刻並把技法傳授給長崎高天漪等弟子。黃檗第15世大鵬正鯤著有《印章篆說》，在日本流傳很廣。黃檗僧人刻印的各種佛像也非常精美，如《觀音圖》、《地藏圖》、《五百羅漢圖》等，均栩栩如生。隱元的徒孫鐵眼道光還於1681年募款刻印6956卷《大藏經》，即所謂黃檗版大藏。
在建築雕塑藝術方面，宇治黃檗山萬福寺和長崎唐三寺、各地黃檗宗寺，均由渡日中國僧人設計與監工建築，並採用純粹的明清建築式樣。宇治萬福寺巍峨雄偉，可稱得上日本建築史上的一顆明珠。長崎崇福寺的三門據記載是在中國由工匠雕成後再運到日本裝配起來的。供奉在黃檗宗各寺的佛像也大多出自中國雕塑師之手。如應隱元招聘渡日的福建泉州人范道生為萬福寺雕塑的達摩等佛像被日本人視為國寶。黃檗山的十八羅漢像也具有典型的中國雕塑風格。1663年，隱元72歲壽誕時，諸弟子請范道生用西域木刻成隱元坐像，現存萬福寺開山堂。還如福建漳州人方三官也雕了許多佛像，被譽為日本唐風佛工之祖，長崎福濟寺法堂本尊觀音像就是他的傑作。
隱元及其弟子在中日醫藥交流方面也有貢獻。如隱元的高徒獨立性易，俗姓戴，名笠，字曼公，杭州人，曾從名醫學醫，1654年已經59歲時投拜隱元為師。他的醫術很高明，尤長於痘科，被日本人奉為神醫。他還把自己的醫術傳授給日本弟子池田正直等人，所傳醫書有《生理病理圖》等七種，及《痘科鍵》等六部。此外，黃檗僧人化林、心越、澄一等人，亦通醫學，並把醫術傳授給日本醫生。
隱元東渡時還帶去一些中國植物種子，如在日本民間家喻戶曉的「隱元豆」(扁豆)、「隱元蓮」(蓮花)、「隱元豇豆」等。黃檗僧人的日常生活長期保持中國方式，對日本人的生活方式也起到潛移默化的影響。他們常吃的中國式食品如胡麻豆腐、隱元豆腐、黃檗饅頭等，也傳入日本寺院和民間。宇治萬福寺前的白雲庵也是傳布日本各地的中國風格凈素烹飪「普茶料理」的發源地。
中國僧侶東渡，對日本文化產生重大影響的代表人物，在唐代有鑒真和尚，在明清之際則有隱元禪師。隱元受到中日兩國人民的崇敬和紀念。正如杜立德撰《普照國師塔銘》所讚頌：「師兩開黃檗，應化西東，現身說法，四十載間。上自皇帝宰相，遠及東國王臣，下及士庶工商，僧俗男女，罔不景仰瞻依，傾心向化。自唐宋以來，未有若斯其盛。」