明末清初，一些明朝遺民流亡日本，有的就在日本定居下來。他們也為傳播中國文化，促進中日文化交流作出了不少業績。朱舜水就是其中對當時日本思想、文化和教育影響最大的一位學者。
朱舜水(公元1600—1682年)，名之瑜，字魯嶼，浙江餘姚人。因家鄉有一條以古代傳說中的賢君舜命名的河流，故自號舜水。他自幼好學，是江蘇松江府學的秀才。雖然朱舜水滿腹經綸，可是看到明朝末年政治的腐敗，慨然斷絕做官之念。1644年清兵入關，佔領北京。明朝崇禎帝自殺，福王在南京即位後，曾屢次征詔朱舜水，但他見奸臣馬士英當道，力辭不就，不料因此受到迫害，只得避走海外，1645年首次東渡日本。以後朱舜水參加抗清復明鬥爭，奔波於閩浙沿海及日本、安南、暹羅諸國，前後15載，歷盡艱辛。1659年，他隨抗清名將鄭成功北伐，反攻長江流域，兵敗後亡命日本。這已是朱舜水第七次東渡了，他見到復明無望，從此流寓不歸，直到去世，僑居日本20多年。
1659年，朱舜水在長崎登岸時，正值日本德川幕府實行鎖國政策，厲行海禁，不準外國人入境。筑後柳川藩儒臣安東守約久仰朱舜水的道德學問，便拜其為師，並與一些文人學士聯名向長崎鎮巡懇求。經長崎鎮巡黑川正直報告薩摩藩和幕府批准，破例允許留居。當時朱舜水已是60歲的老人，孤身漂泊，囊空財盡，難以維持生活。安東守約節衣縮食，拿出自己微薄薪俸中的一半接濟老師。朱舜水表示「於心不安」，加以推辭，安東卻說：「如果自己的生活優於老師，心中會更加不安。」1663年長崎火災，朱舜水的住房也被燒毀，安東守約聞訊急忙趕到長崎慰問，並說：「如果讓老師餓死，我還有什麼面目活在世上呢！」舜水感嘆像安東守約這樣品學超群的人才，即使在中國也是少見的。師生兩人志同道合，情深義重，在一起便日夜以讀書講道為樂。安東守約在朱舜水的精心教導之下，果然成為日本江戶時代的一位著名學者。
1664年，德川幕府第一代將軍德川家康的孫子、第二代水戶藩主德川光圀(又稱源光圀，guo國)，聽說朱舜水品德高尚，學識淵博，特派儒臣小宅生順到長崎拜訪，第二年正式禮聘朱舜水到江戶(今東京)講學。德川光圀好學不倦，禮賢下士，待朱舜水以賓師之禮，恭敬求教，經常向他請教或商討國家施政方針、禮樂典章制度以及文化學術等方面問題。朱舜水也知無不言，侃侃而談。1669年，朱舜水70誕辰，德川光圀特地在江戶後樂園內為其祝壽，並贈以繪有太公望等六位中日先哲畫像的屏風。1679年，朱舜水80大壽，光圀又登門祝賀。舜水不忘祖國，終生身穿明朝服裝，壽辰那天設香燭拜告天地，身在異邦，心念故鄉，痛哭流涕。光圀也深受感動，便下令奏古樂以示安慰。1682年，朱舜水以83歲高齡在日本逝世。德川光圀悲痛不已，甚至宣稱：「先生死後，我想世上再無這樣的學者了。」並把朱舜水的遺體按明朝禮儀建墳，安葬在本家墓地常陸久慈郡太田鄉瑞龍山麓(今茨城縣常陸太田市)。並親自題寫墓碑：「明徵君朱先生之墓」，私謚為文恭先生。他的遺物被保存在水戶彰考館裡，供人瞻仰。以後又建造了朱舜水的祠堂，周圍種植了他最喜愛的櫻花，每逢忌日，必致祭禮。
朱舜水提倡實學，主張「為學當有實功，有實用」，「學問之道，貴在實行。」(《朱舜水集》)認為知識分子要關心國家政治，「能變化於民風土俗」。他反對程朱理學一味究心談性空談虛論的學風。他的這種經世致用、實事求是的思想，對日本江戶時代思想界尤其水戶學派影響很大。他還重視史學，主張總結吸取歷史上國家興亡得失的經驗教訓，在他的影響和指導下，1672年德川光圀開設彰考館，召集學者編纂鼓吹「尊王一統」的《大日本史》，第一位修史總裁就是朱舜水的弟子安積覺。以編纂《大日本史》為中心，逐漸形成了以強調尊王賤霸、大義名分為特色的水戶學派。對幕末維新志士尊王倒幕思想的產生，也有很大的影響。
朱舜水也十分注重教育，認為「學校誠為天下國家之命脈」，大力推動江戶時代日本教育事業的發展。他對儒臣小宅生順說：「興國學是國家大典，而在貴國更為重要，我對此寄予期望。」他在日本講學20多年，對自己的學生和前來求教的人，始終是滿腔熱忱，有問必答，誨人不倦。至今留下了朱舜水與日本各界人士的大量問答筆錄，從經史文學、典章制度、修身處世、山川風物、農田播種，直到國家之法，學問之方、簡牘之式、器具之制，事無巨細，無不儘力給予耐心的講解和精闢的論述。直到他逝世前的最後幾年裡，由於年老體衰，經常頭昏手顫，可還是堅持為學生批閱文章，回覆書信，答疑解難。他講課具有針對性和感染力，常使學生聽完豁然開朗。以至連一些白髮老人也扶杖前來聽講，有的則是父子同入門下。由於朱舜水在水戶講學、聲望遠播，連加賀等藩也慕名派學者來請教。日本學者文人都尊敬地稱他為「朱夫子」或「舜水先生」。他教育培養的學生英才輩出，很多都成為江戶時代的有名學者。如安積覺、栗山願、佐佐宗淳、人見傳等人曾擔任彰考館修史總裁等職。舜水教學要求嚴格，如安積覺幼時曾隨他學習漢語，「其課程嚴峻，晨讀夕誦，結果至老而不忘」。至今日本天理圖書館還珍藏著朱舜水為安積覺制定的功課表——「逐日功課自實簿」手跡原件。
朱舜水既是一位才學超群、博古通今的學者，又是懂得科技、擅長工藝的技師。他積極地把中國的有關工程設計、建築技術、農業園藝、醫學種痘等科學知識技能介紹給日本人民。朱舜水在江戶的小石川模仿中國西湖等名勝設計了後樂園的石橋等景，成為日本著名的園林之一。他還應德川光圀之請，作《學宮圖說》，並設計出圖樣，讓木匠製成相當實物1/30的木製模型，甚至有時親自動手操作。這個學宮模型中有文廟、明倫堂、尊經閣、學舍等，十分精巧，至今還保存在水戶的弘道館裡。後來東京湯島的聖堂，就是按這個模型製造的。朱舜水與日本一些民間匠人也有交往，有時還親臨指導，授以技藝，以至有的日本人誤以為他是「南京的漆工」。
朱舜水雖然在日本大力弘揚中國文化，但他同時也反對輕視外國的華夷思想。他表示自己視日本與中國「同為一體，未嘗有少異於中國也」。對日本人民，「如一家昆弟父子」。而批評那種以為中國一切勝於外國的論調是「眼界逼窄」的陋識。他熱愛中國，也熱愛日本，在多年僑居日本並與日本人民長期相處中認識到日本是一個「山川降神，才賢秀出」的國家。誠懇地希望日本發展文化教育事業，早日繁榮富強。朱舜水大力主張中日兩國平等相處，親如一家，世代友好。在給安東守約的信中希望日本「與中國世世通好，若漢趙之交」。並意識到自己的言行也「動關中國、日國千年之好」。
朱舜水正是以自己的身教與言教，架起中日文化交流的友好橋樑，也贏得了中日兩國人民的崇敬。