這是我國古老的民族之一。早在兩千多年以前，該族的情況已載入漢文歷史文獻，最早見於《史記》、《漢書》的「鬲昆」、「隔昆」、「堅昆」等，可能是柯爾克孜族先民自稱的漢文音譯。當時，他們主要居住在南西伯利亞的葉尼塞河上游地區。公元前3世紀，因被漠北匈奴貴族所迫，一部分部落往天山周圍遷徙。大約500年左右之後，即公元2世紀至3世紀，葉尼塞河的柯爾克孜人逐漸強大，西與丁令、烏孫、康居為鄰，擺脫了匈奴的控制，建立了汗國，被稱為「紇骨」、「契骨」、「結骨」、「黠戛斯」。在突厥興起之前，紇骨曾是鐵勒諸部之一。突厥興起之後，柯爾克孜先民被突厥汗國所統治。公元630年，唐朝消滅了東突厥汗國以後，柯爾克孜先民與中原建立了直接的關係。由於西突厥內爭不休，黠戛斯趁機擺脫了突厥的統治，首領失缽屈阿棧親自來朝，向唐進貢貂裘、貂皮，隸屬於唐朝。唐朝將黠戛斯所在地設堅昆都督府，正式歸入唐朝版圖。公元744年，回紇滅東突厥，建立回紇汗國，柯爾克孜先民又被漠北回紇(後改為回鶻)所統治，雙方進行了長期的爭鬥，於840年將回鶻汗國推翻，建立了黠戛斯汗國，所轄之地西至天山西部，東至貝加爾湖一帶，南接唐朝。根據《新唐書》記載，7至10世紀，黠戛斯和漢族的交往已很頻繁，氏族組織已趨於瓦解。
10世紀至18世紀中葉，柯爾克孜先民被稱為「轄戛斯」、「紇里紇斯」、「乞兒吉斯」、「吉利吉斯」、「布魯特」等。遼、宋之際，活動範圍很廣。12世紀末，成吉思汗興起，直至明代，乞爾吉斯人長期受到異族的蹂躪，先後受遼國(契丹)、喀拉汗國(黑汗)、西遼(黑契丹)、蒙古(元)以及蒙古族察合台後裔的統治。明代，乞爾吉斯被蒙古瓦剌(後為準噶爾)貴族所迫，雙方有激烈的鬥爭。葉尼塞河的乞爾吉斯被迫向西南方向遷移，至阿克蘇地區。從此，主要在天山、帕米爾高原和昆崙山一帶活動，直到15世紀，乞兒吉斯的部落依然存在，不過各部落已統一為一個整體，也是天山突厥各部落人數眾多的集團之一。他們與契丹人、欽察人、乃蠻人、蒙古人、回鶻人都有歷史淵源關係。19世紀中葉以後，沙俄侵佔了天山西部的熱湖、納林河一帶乞兒吉斯地區。一個統一的民族被分裂。在我國境內的，後來統稱為柯爾克孜族，80%聚居於新疆西南部克孜勒蘇柯爾克孜自治州。南疆、北疆亦有。黑龍江省富裕縣等地有少數人，是200多年前被清政府迫遷去的。
柯爾克孜族在歷史上長期受異族統治，和平安居的時間很短，總是不停息地進行反抗、征戰，是一個苦難的在馬背上度日的民族。他們的史詩《瑪納斯》反映的大約是12世紀至18世紀的社會歷史現實。因此，堪稱該族的詩史。