鄭軍順利登陸後，就使荷蘭殖民者盤踞的赤嵌樓和台灣城，處於分隔被圍狀態。當時，荷蘭侵略軍頭目揆〔kui奎〕一據守在台灣城，城中守軍約有1100人。據守赤嵌樓的頭目是荷蘭侵略軍司令官描難實叮，城中官兵也只三四百人。此外，在台灣城附近停泊的荷蘭船僅有「赫克托」和「斯·格拉弗蘭」號兩艘戰艦，一艘領航船及幾隻小艇。荷蘭侵略者妄圖憑藉船堅炮利和城堡堅固，乘鄭軍立足未穩，打退鄭軍。
在海面上，荷蘭殖民者以其主力戰艦「赫克托」號率領其他幾艘艦隻前來阻擊鄭軍，鄭成功集中60艘戰艦將其團團包圍，展開激烈的炮戰。鄭軍戰艦的裝備雖然不及荷軍，但戰士們異常勇敢，他們從四面八方向「赫克托」號進行猛烈轟擊，安平港外，炮聲隆隆，沒有多大工夫，「赫克托」號首先被擊沉，「船上的貨物和士兵全歸於盡」(C.E.S《被忽視的福摩薩》卷下)。其他荷艦企圖逃遁，被鄭軍戰船緊緊咬住圍攻，結果，一艘縮回台灣城下，一艘被熊熊的烈火吞沒，一艘在被擊敗後逃往荷蘭佔領的巴達維亞(今印度尼西亞雅加達)。在陸上，四月初三日(公曆5月1日)當鄭軍登陸北線尾(是一個不到一平方公里的沙灘)後，荷蘭殖民者派艦長貝德爾上尉(《從徵實錄》叫他拔鬼仔)率領240名鳥銃兵，乘船急駛北線尾，上岸後即分兩路列隊前進，連放排槍，神氣十足。這時，鄭軍在北線尾的部隊約有4000人，鄭軍將領陳澤以主要兵力從正面迎擊，另派七八百人，從側翼繞過小山，向敵人後面抄襲。荷蘭侵略軍腹背受敵，當場被打死118人，拔鬼仔也一命嗚呼了，只有少數人逃回台灣城。在赤嵌樓守軍的要求下，揆一又派另一船長阿爾多普上尉率領200名士兵渡海去增援，乘舢板到達赤嵌附近，企圖阻擋鄭軍的登陸，結果遭到鄭軍優勢兵力的攻擊，大敗而歸。
鄭成功大敗荷蘭侵略軍後，便以12000人的兵力圍困赤嵌樓。荷蘭守將描難實叮寫信向駐守台灣城的荷酋揆一求救，信上只有兩句話：「中國兵是從天上來的，我們很危險，很危險！」鄭成功命令每名士兵各備一束乾草，準備火攻赤嵌樓。派通事吳邁通知赤嵌樓荷酋描難實叮：「如果不投降，將放火燒城」。描難實叮在「孤城援絕，城市乏水」的情況下，無法再守，被迫率領300多名官兵出城投降，赤嵌樓被收復了。