永曆十五年(順治十八年，公元1661年)三月初一，鄭成功在戰鬥準備工作就緒之後，決定命令他的兒子鄭經留守廈門，親自率領大軍東征。臨出發前，鄭成功在金門舉行了隆重的「祭江」誓師儀式。除了文武將士以外，老百姓也扶老攜幼前來參觀，並送別親人。二十三日(公曆4月21日)，鄭成功率大軍25000人(一說40000多人)，戰船100多艘(一說300艘)，從金門料羅灣出發，但見帆檣蔽日，旌旗如雲。數百船艦，首尾魚貫，浩浩蕩蕩地向東南挺進。第二天，大軍到達澎湖海面，狂風暴雨突然襲來。鄭成功傳令船艦暫停前進。但是一連一個星期，暴風越刮越大，並無稍殺之勢。有的部將建議繼續停泊，但是為了早日收復國土，鄭成功當機立斷，決定衝破狂風駭浪，按照預定計畫，於三十日(公曆4月28日)晚，下令大軍冒雨從澎湖開拔，於次日拂曉航抵鹿耳門港外，候潮應風而進。
台灣海岸線很長，可以登陸的地點很多，鄭成功選擇鹿耳門登陸台灣，是經過周密考慮的。鹿耳門位於赤嵌城、台灣城附近，一入鹿耳門，就可以控制赤嵌城及其港口，斷敵出海之路。但鹿耳門形勢非常險峻，由鹿耳門外海進港只有兩條航路：一條是一鯤身和北線尾島中間的南航道。這條航道，口寬水深，但有敵艦防守，荷蘭人在台灣城上又置重炮控制了航道，要想通過，需要付出很大代價。另一條是北線尾島北部的鹿耳門航道，即北航道。這條航道，闊僅里許，迂迴曲折，水中沙石淤淺，是荷蘭殖民者疏於防範的一條航道。通過此航道，可在赤嵌樓北部的禾寮港登陸。鄭成功決定從北航道突入，他所以作出這樣抉擇，一是了解荷軍在此並未設防，二是有何廷斌等熟悉航路的人作嚮導，並掌握了該處的潮汛情況。
四月初一中午，鹿耳門海潮大漲。鄭成功「密令何廷斌坐在船頭，按圖紆迴」(江日升《台灣外紀》卷十一)而進，使大小戰艦順利地通過鹿耳門，進入內海，將船艦分布在台江之上。荷蘭侵略者對鄭軍這種出乎意料的行動感到束手無策，驚叫「兵自天降」。當晚，鄭軍突破海面上荷蘭夾板船和赤嵌樓炮台火力的攔阻，只用了不到兩個小時的時間，就在赤嵌西北約10里地的禾寮港登上了海岸，切斷赤嵌樓與台灣城之間的聯繫，並紮下營寨，準備從側後進攻赤嵌樓。台灣各族人民聞訊接踵而至，「男婦壺漿，迎者塞道」。(楊英《從徵實錄》)爭先恐後地用各種運輸工具幫助鄭軍登陸，表現了台灣人民殷切盼望和熱烈歡迎祖國軍隊收復台灣的熱情。