太湖流域下游，地勢平緩，向東注入東海，向東北注入長江，向東南注入杭州灣的水道，都因比降很小和潮水頂托，行洪緩慢。又因為圩田的經濟效益很好，一些達官貴人又往往倚仗權勢，強行在湖區和河道上修圩，使湖泊蓄水能力下降，水道行洪更為困難，結果是洪澇災害急劇上升。近人繆啟愉先生根據歷史資料統計，唐宋元明清各代，太湖流域發生水災的頻率是：唐朝20年一次，北宋六七年一次，南宋四至九年一次，元朝三至五年一次，明朝三至七年一次，清朝四年一次。因此，元、明、清三代都把疏浚太湖流域下游的水道，作為這裡農田水利工作的重點。
據史載，元朝90多年中，疏浚太湖下游的河道不下百次，平均約一年一次。在古代，吳淞江是太湖流域排洪的最重要孔道，對太湖水利深有研究的宋人郟僑說，吳淞江「故道深廣，可敵千浦」。因此，元朝疏浚的主要對象便是這條水道。其中有兩次的治理，效果較好。一次是在元大德元年(公元1297年)，由江浙行省平章徹里(蒙古族)主持。從事這一工程的有數萬軍工，他們清除了沉積在吳淞江口的大量由潮汐搬來的泥沙，從而恢複了吳淞江的排洪作用。另一次是元大德八年(公元1305年)，由當時著名的水利行家、都水監丞任仁發主持，治水的規模也很大，用工(工作日)共165萬，疏浚了吳淞江中堵塞比較嚴重的38里江道。
明朝，太湖流域的經濟繼續發展。它每年上交國家的夏秋兩稅，僅北部蘇州、松江、常州、鎮江四府，便高達500萬石左右，約為當時山東、湖廣(湖北、湖南)兩個納稅大省的總和，佔全國兩稅總額2900萬石的1/6強 。太湖流域是明朝的經濟命脈，而當時水旱災害又十分嚴重，特別是水災，所以明朝政府不得不用更大的力量，治理這裡的水道。明朝歷時276年，以浚河排水為主，在太湖流域施工1000多次。
在明朝頻繁的疏導太湖流域河道的工程中，最重要的是永樂元年(公元1403年)戶部尚書夏原吉主持的一次。他認為太湖流域治水的關鍵是疏浚下遊河道，使洪水暢流入海。又認為吳淞江的下游淤塞嚴重，重新疏浚工費太大。於是，他率領10萬多河工，既重點開夏駕浦，引吳淞江上游之水，取道劉家河入長江；又重點鑿范家浜，使之與黃埔江相接，將太湖東部河湖之水，特別是浙西來水，循黃埔江排入長江。這次治水，不僅改善了太湖下游的泄水狀況；而且改變了泄水格局，由從前以吳淞江為主泄道，逐步變成以黃埔江為主泄道，這種情況，一直延續到今天。
繼夏原吉之後，周忱、徐貫、李充嗣、林應訓、呂光洵、海瑞等，都曾對太湖水道作過較大規模的治理，對排洪都起過一定作用，而以林應訓的成就更為顯著。林應訓是在萬曆五年到八年(公元1577—1580年)，在大學士張居正大力支持下，主持治理太湖水道的。他認為太湖下游雖有黃埔江、劉家河等可以泄水，而仍多水災，與歷史上的主要泄水道吳淞江淤塞有關。因此，他的治水以浚吳淞江為施工重點，兼疏黃埔江、白茆港等其他一批水道。先後疏浚吳淞江140里，黃浦江90多里，白茆港45里，以及其他港浦數十處。這是一次對太湖水道較為全面的治理，工程質量也較好，排洪作用得到了改進。
由於太湖流域的特殊經濟地位，清朝也在這裡進行頻繁的水利建設，據統計，在它立國267年中，以疏河為主的施工在2000次以上。它對太湖流域的一些主要泄水道，如吳淞江、黃浦江、瀏河、白茆河、孟瀆等，都一再加以治理，尤其是吳淞江和瀏河，先後疏浚一二十次之多。有些工程規模也很大，如康熙十年(公元1671年)、嘉慶二十三年(公元1818年)、道光七年(公元1827年)三次疏浚吳淞江河道，長度都在10000丈(150丈為一里)以上。清朝的這些治水工程，對於減輕太湖流域的水旱災害，都有積極意義。
修建河浦湖陂等工程(包括改造自然河湖和穿鑿人工河湖兩個方面)，對防禦乾旱和一般洪水，成效都比較顯著，它促進了太湖流域農業的發展。但是，太湖流域常遭颱風雨的襲擊，其中強颱風雨，日降雨量可達幾百毫米。它會形成特大洪水，而在特大洪水面前，這些工程就顯得軟弱無力了。就河浦來說，它受太湖流域碟狀地形的制約，比降極小，無法將特大洪水迅速排往江海。就湖陂來說，它不像後來的大型水庫周圍築有堅固而高大的堤壩，無力容納大量的洪水。洪水水量大，排蓄能力弱，釀成洪澇災害是不可避免的。古人在太湖流域修建農田水利很勤，而洪澇災害仍然頻頻發生，應該說這就是主要原因。
現代，人對自然鬥爭的能力大大增強，已經有可能較為徹底地征服太湖流域的水旱災害了。為了將可能變成現實，中華人民共和國建立以後，便著手在太湖流域推行這樣一個綜合性的水利建設計畫。其主要內容為，在上遊興建七座大型水庫，以便有效地攔蓄上游洪水，它既可灌溉當地農田，又能減輕中下游的洪水壓力；在中游，於太湖周圍修建堅固的混凝土大堤，一方面可以大大增加太湖的蓄水量，另一方面又能防止太湖洪水潰堤泛濫；在下游，除疏浚舊有排水道外，還要穿鑿10多條新的泄洪幹道，以提高排洪能力；在江(長江、錢塘江)邊，建造八座大功率的電力抽水站，以便澇時迅速抽洪水入江，旱時抽江水內灌。這些計畫中的工程，一部分已經建成，全部完工後，便可基本上解除太湖流域的水旱災害。從最難解決的洪澇災害來說，可由目前的三五年一遇，提高到50年一遇。這一計畫完成後，又能解決區域內的工業用水和城市人民生活用水。它還可滿足擴建後江南運河增水的需要。到那時，太湖流域才是真正的人間天堂。