從春秋末年起，江、淮之間一直有運河溝通。這條運河南起今日揚州市，北到今日清江市。它在歷史上曾相繼被稱為邗溝、中瀆水、山陽瀆、揚楚運河、淮揚運河、淮南河等，明朝稱南河。由於它也是南糧北運的必經孔道，而又存在著許多問題，所以也是明清時期治理的主要對象之一。
自元朝到明初，這段運河都在淮安城北與河淮合槽連接。平時運河水位高，黃河水位低，運河水量容易流失。黃河汛期，水位黃河高運河低，黃河的洪水和泥沙，又容易沖積運河河道。明朝初年，當陳瑄繼宋禮負責治理河運時，在河運交接處，並排修建以仁、義、禮、智、信命名的五壩，以防止運河水量流失和黃河洪沙湧入。當時所以建壩五座，旨在便於舟船分散盤壩，以減少等候時間。以後，又因盤壩畢竟費工、費時，陳瑄又在當地故老指點下，重開宋朝沙河故道，並在道上每隔10里左右修一閘門，共修五閘。舟楫進出河運，改走此道，舟來開閘，船去立即關閉，既便捷，又無運河水量流失、黃河洪沙內灌的問題。
在較好地解決河運連接問題的同時，陳瑄也比較妥善地處理了江運間的通航問題。本來運河只有一口入江，後來，由於長江北岸泥沙的堆積，舊口漸淤，只好又開新口。到明朝，實際上形成了多個通江運口，如儀真(今儀征)運口、瓜洲運口、白塔河口、北新河口等。江運間多口相通，雖有維修工作繁重、容易泄水等缺陷，但優點也不少。一是當時運河已頗繁忙，過往舟船很多，多口出入可以避免擁擠。二是各地來船可以就近入運，既縮短運道，又減少江上風險。如從長江中上游來船，可進最西面的儀真運口；從太湖流域取道鎮江北上的漕船，可入瓜洲運口，來自太湖流域取道孟瀆或德勝新河的糧船，渡江便可進入白塔河和北新河。陳瑄等對於這些運口，基本上都加以治理，如疏浚港道，建築水壩和閘門等。在運口修建閘門，工程比較複雜，但它便於舟船進出；在長江水位下降時，可以關閘防止運河水量流失；在長江涌潮水位提高時，可以開閘引水。
除南北兩端外，明朝對南河的河道，也進行大規模的整治，主要的工程是建湖堤、穿月河等，逐步使湖運分離。
南河有很長的航道屬河湖不分，即以自然湖泊為航道，漕船穿湖航行。但是，湖大、風急、浪高，常有舟船覆沒。為防止湖浪翻船，起初，明朝在寶應老人柏叢桂的建議下，決定修建護船湖堤，另穿航道。較早的一次工程實施於洪武九年(公元1376年)，當時發淮揚丁夫五萬，「築高郵湖堤二十餘里，開寶應倚湖直渠四十里，築堤護之。」(《明史·河渠志三》)既在高郵湖中築堤防浪，保護糧船從堤旁通航；又在寶應湖旁開渠，並在湖渠之間築堤護渠。宣德年間(公元1426—1435年)，陳瑄主持河運工程時，又把這項工程擴展到白馬、氾光等湖(圖4)。
這種護運湖堤為磚土結構，抗禦風浪的性能較差，雖有保護漕船的作用，但其本身極易被風浪摧毀，維修任務十分繁重。為了改變這種情況，於是弘治年間(公元1488—1505年)，在戶部侍郎白昂主持下，復河(月河或越河)工程開始修建。他主持穿鑿的這條復河叫康濟河，長40里，西距高郵湖數里，在舊渠之東，引湖水為水源。由於離湖較遠，風浪不及，比較安全。繼白昂之後，萬曆十三年(公元1585年)，採納總漕都御史李世達建議，又在寶應湖東穿弘濟月河，長1700餘丈。接著劉東星也在萬曆二十八年(公元1600年)，在邵伯、界首兩湖的東面，分別鑿成邵伯月河和界首月河。前者長18里，寬18丈多，後者長12里多。經過這一系列工程，南河航道，基本上擺脫了湖浪的威脅。