清代初期顧炎武編寫出《天下郡國利病書》，顧祖禹也完成了《讀史方輿紀要》的寫作。二顧的作品是我國古籍中的兩大輿地名著。其中都包括有大量的地名資料。《利病書》的內容涉及農田、水利、鹽務、礦產、交通以及兵防等各個部分，是這些方面的資料彙編，也反映出他自己在經世致用方面的一些看法。書中還有不少重點地區的附圖。書中所載地名之多可想而知，有的地名還作了重點考證。例如卷三十三引用《太守盧藩廬江四辯》，否定了東漢時應劭所說：「夏水出父城東南，至此與肥合，故曰合肥」的說法，認為「合於一源，分而為肥，合一同也，故曰合肥」。書中對海外地名的敘述則有一些訛誤，如說佛朗機國在爪哇南，「蘇門答臘國古大食也」等。
顧祖禹的《讀史方輿紀要》更被認為是一部地理沿革的名著，主體部分和《利病書》一樣，都是按當時15省分別敘述的，前面的歷代州域形勢則是介紹各個朝代的境域範圍和政區劃分。書中所記地名，更較《利病書》為多，對有些地名中的通名，也作了解釋，例如對長城附近的地名解說曰：「大道為關，小道為口，屯軍曰營，列守曰砦。」又如解釋淀字地名說：「淀讀曰殿，淺水為淀也。」又如解釋古代連接渭、漢兩水間的子午道的名稱說：「子北方也，午南方也，道通南北，因名子午。」類似這樣的解釋，還可舉出一些。他又說：「或地名相同而方域絕異，地名本異，而道里正同，千里毫釐，未嘗敢忽也。」可見其對地名工作的重視。當然書中也難免有些小的訛誤，例如把北魏時的橋山說成是西漢時的橋山，就是其中的一例。二顧都是明代遺民，所記內容也都止於明代。兩書中都包括有豐富的地名資料，列入地名要籍也是合適的。
繼二顧之後，乾嘉學派考據學風的形成及地方志書纂修的盛行，推動了地名淵源和地名沿革及相關研究的空前發展，出現了一系列具有地名研究意義的著作，形成了我國古代地名研究的新高潮。這一階段含有地名研究的代表著作有徐善的《春秋地名考略》、胡渭的《禹貢錐指》、沈欽韓的《左傳地名補助》、趙一清的《水經注釋》、全祖望七校的《水經注》等。
由於清代中期多次對西北地區用兵，所以邊疆地理的研究也引起當時學術界的重視，出現了一批有關的作品，例如齊召南的《水道提綱》、《蒙古五十一旗號》，英廉等編纂的《皇輿西域圖志》，祁韻士的《西陲釋地》、《西陲要略》、《藩部要略》，徐松的《新疆事略》、《西域水道記》等一些包括眾多的邊疆地名的書籍。
清代初期也曾利用歐洲傳教士帶來的西方測量技術編製地圖。這些地圖都深藏宮內，難以見到，後來才略有外傳。到同治年間，由胡林翼、嚴樹森等主持編製的《皇朝中外一統輿圖》是流傳較廣的一部地圖集。圖中記載地名甚多，並在跋語中對一些邊境及域外地區的一些通名作了解釋。
此外，清代還出現了我國一部重要地名辭典，即李兆洛等所編的《歷代地理志韻編今釋》，歷時達16年，於道光十七年(公元1837年)完成。譚其驤先生認為「此空前之創著，與讀史者以一大便利」。不過也指出其不足之處，如所收地名僅限於正史地誌所載，又僅限於郡、縣、鎮、堡名稱，未包括其他地名與山、川、陵、谷等名稱，在建置沿革方面也有一些訛誤，並且「是以韻為編，於檢尋上亦非便善之法也」。所以這本首創性的地名辭典未能得到廣泛的流傳。此外，清人所編的《歷代地理沿革表》(陳芳績)、《歷代沿革表》、《歷代疆域表》(段長基)與《歷代輿地沿革表》(龍學泰)等，雖然其中也有不少訛誤，但仍有一定的參考價值。
《清史·地理志》、《大清一統志》、各種地方志書、遊記、考釋等也均含有大量地名記錄和地名研究內容。
段玉裁的《說文解字注》則在《說文解字》的基礎上把地名淵源和地名沿革的探討，又向前推進了一步。
尤其應該注意的是，乾隆時傅恆等編撰了西北地區地名語源辭典《西域同文志》，它以滿、漢、蒙、托忒、藏、維六種文字相對照記述了天山南北及甘、青地區的地名、山名、水名及人名，而以漢字解說地名的語義。例如：
巴爾庫勒，回語，巴爾，有也；庫勒，池也；城北有池，故名。轉音為巴里坤。
這一地名釋例不僅說明了巴里坤的地名語源，而且也說明了它的語義，從而啟發人們理解過去在民族雜居地區普遍存在的「一個地名因寫法不同竟分為幾地」的問題。顯然這是一項地名規範化的工作，對加強民族交往，和睦民族關係具有很重要的意義。
綜上所述，我國古代的地名研究取得了許多成果，積累了寶貴資料，但從研究內容上來看，主要側重在地名的記錄、地名淵源的解釋、地名沿革變化的研究以及對某些地名命名原則的總結和地名的規範化探討等方面，而缺乏對地名問題的系統與綜合性研究，故未能形成獨立的地名學學科。這是由於我國古代地名研究長期附屬於歷史學、語言學和輿地學的結果。
鴉片戰爭之後，一方面西方傳教士紛至沓來，開始介紹與翻譯西方近代科學知識包括西方地名研究的成果與著作，對中國傳統地名研究產生了一定影響；另一方面，帝國主義瓜分中國、掠奪我國神聖領土的罪惡行徑，極大地激發了中國學者的愛國熱忱及對祖國地理沿革和地名沿革研究的重視，尤其對東北、西北和西南廣大的邊遠地區疆域沿革及地名淵源與地名沿革的研究得到重視與加強。一大批胸懷報效祖國、維護國家主權和領土完整的愛國學者，或查閱典籍，披覽歷史文獻，考察故實；或踴躍深入人煙稀少的萬裡邊疆，考察訪問，了解邊地風土民情，搜集第一手資料，撰著了數以百計的邊疆地理和地名研究的專著，形成了以「圖志」、「圖說」形式研究邊疆地名的時代特色。這一時期，全國性地名研究的重要成果以楊守敬、熊會貞的《水經註疏》、《水經注圖》及《歷代輿地圖》為代表；而邊遠地區地名研究的重要成果以張穆的《蒙古游牧記》，何秋濤的《朔方備乘》，曹廷傑的《東三省輿地圖說》、《東北邊防紀要》，丁謙的《蓬萊軒地理學叢書》為代表。王錫祺以20餘年時間編製完成的《小方壺齋輿地叢鈔》收錄清代地理著作1400餘種，則在更廣闊的區域背景上展示了地理和地名研究的成果。這些集大成的輿地著作的完成標誌著我國地理沿革和地名沿革研究至清末民初已達到了前所未有的高度，同時也為維護國家主權和領土完整作出了應有貢獻，為進行愛國主義教育提供了生動教材。