清代地方政區名稱仍沿用明制，官方也曾採用承宣布政使司名稱，但習俗上都稱為省，當然南京這一名稱隨著明亡而廢除了，改為江南省，南京城改為江寧府，江寧與上元兩個附郭縣也依舊。後來江南省一分為二，江蘇以蘇州府與江寧府為治所，安徽治所則為安慶府(今為市)，與今蘇、皖兩省轄境相差無幾。同樣，由陝西分置甘肅，湖廣則分為湖北、湖南。除甘肅包括今寧夏及青海的一小部分外，其他新設三省範圍都與今者大體相同。與明代相比，已由15個省增加為18個省。就全國而言，清代所控制的範圍則比明代大。《清史稿·地理志》曾說：「闢地至數萬里，幅員之廣，可謂極矣。」當時東北地區，遠及外興安嶺，包括黑龍江出海口兩側及庫頁島在內，北部邊界在貝加爾湖南端附近，西到巴爾喀什湖西南；西藏的西界也遠達克什米爾東部。
省下設州縣也與明一致。清代的州也分直隸州與散州(屬州)兩種，和明代相同，但清代的散州下不統縣，則與明代不同。以四川的巴州(今巴中縣)為例，明、清皆屬保寧府(今閬中縣)，都是散州，但明代巴州領通江與南江兩縣，而清代則無屬縣。保寧府的另一個屬州劍州(今劍閣縣)明代下轄梓潼縣，清代梓潼縣改屬綿州直隸州(今綿陽縣)，也無屬縣。這是明清兩代政區中通名一樣而內容卻有差異之處。
此外清代在政區通名中又多出了一個「廳」的名稱，這是明代所未見的，是清代新創的制度。廳也有直隸廳與散廳二種，直隸廳與府及直隸州平行，散廳則與散州和縣平行，其職官為同知或通判。廳一般設於邊遠的少數民族地區或內地一些情況複雜地區，前者如雍正時期設在長城附近並控制口北廣大地區的「口北三廳」，包括廳治在張家口的張家口廳，廳治在獨石口(河北沽源、赤城間)的獨石口廳與廳治在多倫諾爾(今內蒙古多倫縣)的多倫諾爾廳，均直屬於直隸省。又如四川省西北部設松潘、雜谷(後改理番，今理縣)等直隸廳，在東部設石砫〔zhu柱〕直隸廳(今石柱土家族自治縣)，都直隸於四川省。至於散廳則為數更多，仍以四川省為例，屬敘州府(今宜賓市)的有雷波廳(今雷波)、馬邊廳(今馬邊)。屬雅州府(今雅安市)的有打箭爐廳(今康定)，屬重慶府(今重慶市)的有江北廳(今江北)，屬綏定府(今達縣市)的有城口廳(今城口縣)等等，其中後二者則與少數民族無大關係。清代在貴州境內所設的廳有一些是改土歸流後設立的。「改土」指改變土司制，「歸流」是指推行流官制。土司是一些少數民族地區的大小不一的土皇帝，雖然接受朝廷的封號，但他們世襲的統治權未變。歸流則是指革除土司後，換上由上級委派的地方官。這一措施明代已經實行，到清代由雲貴總督進一步推行。例如八寨廳(今丹寨縣)、丹江廳(今雷山縣)、都江廳(今三都水族自治縣東部)、台拱廳(今台江縣)、清江廳(今劍河縣)等等都是改土歸流後設立的。雲南省境內的威遠廳(今景谷傣族彝族自治縣)、思茅廳(今思茅縣)等都是如此。
18省外，陪都盛京轄奉天與錦州兩府，下轄廳、州、縣等，與內地大體相同，設內大臣、副都統及八旗駐防，內大臣後來又改稱為鎮守奉天等處將軍。吉林、黑龍江將軍轄境則與今範圍差異頗大，吉林北部遠至黑龍江口左側並包括庫頁島；黑龍江則北至外興安嶺。吉黑之間界線也與今天有很大不同。嘉慶二十五年(公元1820年)吉林將軍轄境劃為五個副都統轄區，黑龍江將軍轄境劃為三個副都統轄區和呼倫貝爾的副都統銜總管轄區，事實上都是軍事區劃兼為政區。吉林將軍駐地曾由寧古塔(今黑龍江省寧安)改到吉林，黑龍江將軍駐地也曾由黑龍江城(原愛輝，在江東岸；後移西岸今黑河市南)遷到墨爾根(今嫩江)，再遷至齊齊哈爾。
蒙古地區的內蒙古部分，除察哈爾部曾附明抵抗遭受毀滅性打擊，余部被安排在冀、晉兩省長城外編為八旗駐牧外，其他各部各旗劃分為哲里木、卓索圖、昭烏達、錫林郭勒、烏蘭察布、伊克昭六盟。所謂盟是指由各部、各旗約定於會盟地點共同商討彼此之間的一些事務與問題而得名。這一名稱，在目前仍在使用，有的盟名也未改動，還設立了一些新的盟、旗。清代還有兩個不設盟的旗：一個是阿拉善旗，一個是額濟納旗。準噶爾部首領噶爾丹稱汗以後在沙俄支持下，不斷向外侵略擴張，額魯特部土地被占，其酋長率部逃到近邊，「上書求給牧地，詔於寧夏、甘州邊外畫疆給之」(《清史稿·地理志》)。這就是阿拉善額魯特旗的由來，今簡稱為阿拉善旗，也有人認為阿拉善一名是賀蘭山的訛稱。額濟納舊土爾扈特一旗原來牧地也在今新疆塔城附近，「明季為準噶爾所逼，往居俄境」，後來一部分人「入藏禮佛，準噶爾阻其歸路，乃款塞乞內屬，賜牧包爾騰，旋定牧額濟納河」(《清史稿·地理志》)，定名為額濟納舊土爾扈特部一旗。所以額濟納旗的由來更為曲折，這兩個旗在1949年以後都有了新的發展，阿拉善旗現分為左右二旗，與額濟納共同組成新設的阿拉善盟，生產不斷發展。其遷居俄境的其他土爾扈特部，居住在伏爾加河下游，備受沙皇苛待，後來在乾隆年間也跋涉萬里，回歸祖國。清代討伐準噶爾的叛亂先後歷經三朝，現在稱新疆北部的盆地為準噶爾，也是因其地為準噶爾部活動的範圍而得名。