元明時期的土府、州、縣和明代羈縻衛、所既是對唐宋羈縻州縣的繼承和發展，又是元明土司制度的產物。土司制度是元明乃至清代在西南少數民族地區分封各族首領，世襲官職，「以土官治土民」的制度。元代在西南邊遠地區授各族首領以宣慰使、宣撫使、安撫使、招討使等官職，並在其管轄地區建置府、州、縣，以土酋任知府、知州、知縣，是為土官。因此，土府、州、縣及土官是我國古代民族自治政策的產物，具有明顯的進步意義。
明代土府、州、縣等級建置和設官制度類似於中原府、州、縣，只是知府、知州、知縣及其佐貳官均由不同等級的民族首領充任，宣慰、宣撫、安撫、招討、長官諸司為統轄各少數民族的專門機構。按《明史·地理志》記載，歷明一代，有土府19個、土州47個、土縣6個，宣慰司11個、宣撫司10個、安撫司22個、招討司1個、長官司169個、蠻夷長官司5個。主要分布於湖南、廣西、貴州、雲南、四川等邊遠省區。
明朝政府除給予土府、州、縣等各級土官以各種特權之外，為實行有效的控制，還採取了「流官輔佐」的辦法，收到一定效果。但土官承襲糾紛、爭地仇殺、不服朝命、虐其屬民時有發生，明政府在完善土司制度的同時，開始實行改土歸流，即革除土官世襲，以流官代替土官，使土府、州、縣納入地方行政系統。但由於土官勢力甚大，改土歸流在明代進展甚為緩慢。至清代中期，改土歸流的速度才得以加快，至民國時期基本完成。
明朝在西南少數民族地區建置土府、州、縣的同時，於東北、西北等地建置了羈縻都司、衛、所，以當地少數民族首領、酋長為都督、都指揮、指揮、千百戶、鎮撫等官，而由朝廷賜予敕書、印信，使各統部民，因俗而治。
在東北黑龍江流域女真居地，永樂時建置了奴爾干都司及130多個衛所。至正統後，在奴爾干都司屬地置衛達384個，所四個，地面(明代東北女真居地的一種區劃單位)七個、站七個、寨一個。明後期，奴爾干各衛先後被努爾哈赤建立的後金政權所統一。
在西北嘉峪關以西畏兀兒居地，明初先後設置了哈密、沙州(今敦煌)、赤斤蒙古(今甘肅玉門市西北赤金)、安定、阿端(今青海格爾木縣西北)、曲先(今青海格爾木縣西北)、罕東(今青海青海湖以東)七衛。明中葉後，日漸遭到破壞。
在川西和青藏地區的藏族居地，明初先後設置了烏思藏(今西藏大部)、朵生衛(西藏東部、青海大部及川西)二都司及俺不羅(今西藏浪卡子)、牛兒宗寨(拉薩西南)等行都司，隴答(今西藏貢覺、昌都地區)、必里(黃河河源地區)、隴卜(今青海玉樹北)等衛，及宣慰司三個、招討司六個、千戶所17和若干萬戶府、軍民元帥府等。
這些羈縻都司、衛、所的建立明顯地加強了各邊遠少數民族地區各民族與明朝政府的政治、經濟與文化聯繫，為中華一統帝國的最終形成打下了良好的基礎。