明代建國以後，起初也曾沿用一些舊稱，後來對元代的地方區劃作了大的調整，省的名稱改稱為承宣布政使司。首都北京所直轄地區稱為京師，又稱北直隸。南京所轄地區又稱南直隸，前者與今京、津及河北省範圍大體相當，後者則相當於今蘇、皖、滬的範圍，兩京以外，則劃分為山東、山西、陝西、四川、雲南、貴州、廣西、廣東、福建、浙江、江西、湖廣、河南等13個承宣布政使司。不過這個名稱太長，習慣上仍合稱為兩京十三省，其中陝西大體包括今陝、甘、寧三省區，湖廣包括今湘、鄂兩省，山東隔海領有今東北部分地區，山西包括今內蒙古一些地方。川、雲、貴三省間的界線與今也有一些差異，其他一些省的範圍可以說與今已大體相同。此外今東北北部屬奴兒干都司，西南今青、藏兩地屬朵甘與烏斯藏兩都司。今內蒙古大部分為韃靼與瓦剌活動範圍，對明王朝時而臣服，時而侵擾。今新疆仍為元時察合台後王領地，其後裔不斷分裂與混戰，勢力日衰，公元1370年建別失八里國，後受到瓦剌的侵擾，將統治中心由別失八里(今吉木薩爾)，即唐時金滿城，西遷到亦力把里(今伊寧市)。伊寧舊稱伊犁，亦力也就是伊犁的舊譯名。當時亦力把里也指其統轄的全部地區。
上一段提到「都司」一名，它是都指揮使司的簡稱，原是明代的軍事機構，上屬於五軍都督府，分設於兩京外的十三省以及大寧、遼東、萬全等處，指揮使司之在京者稱留守衛指揮使司。都指揮司駐在地多與承宣布政使司(即省)駐地相同。另外有些省內還設有「行都指揮使司」，作為輔助。都司以下則轄有衛與所等。永樂中定全國都司21，留守司二，內外衛493，千戶所359，都司、衛、所本為軍事性質的機構，與政區無關。但有些邊境地區或少數民族地區，原缺行政機構或機構遭受破壞而不存，則往往由軍區管理民事，這樣軍事機構兼管了土地與人民，擁有實際控制的地域範圍和人口，不屬所在州縣。因而也就轉化為政區性質的一種機構，所以在《明史·地理志》中也記載了一些都司衛所等名稱。例如在今遼寧境內(時屬山東)的瀋陽中衛(今瀋陽)、鐵嶺衛(今鐵嶺)、寧遠衛(今興城)、廣寧中後所(今綏中)、撫順所(今撫順)，在今寧夏(時屬陝西)的寧夏中衛(今中衛)、靈武所(今靈武)，在今青海境內的西寧衛(今西寧市)、歸德所(今貴德)等等。都司、衛、所一般都冠以所在地的政區名或地名，如上各例。
明代政區與元不同的除了廢除路級外，還取消了州級的附郭縣，但府的附郭縣則仍保留。附郭縣也叫倚郭縣，志書中往往在這樣的縣名下面註上「倚」字或稱「附郭」。明代取消了一些附郭縣，不僅簡化了政區，也節約了開支。例如南京附近的和州、滁州、廣德州，以及稍遠的徐州，都是與府同級的直隸州，皆無附郭縣，至於屬於揚州府的泰州、通州以及稍遠屬於淮安府的海州、邳州等，也都撤消了它們的附郭縣如海陵、靜海、朐山、下邳等。元代政區等級較多易混，明代政區與軍區又往往糾纏不清，所以都比較複雜。