蒙古早期的政治中心在和林，位於今蒙古人民共和國烏蘭巴托西南的鄂爾渾河上游右岸，後來移到上都，在今內蒙古錫林郭勒盟多倫縣西北閃電河北岸。閃電河為灤河的上源，可能是上都河的訛誤寫法。這是元世祖忽必烈稱帝前所建，後來即帝位於此。稱為開平府，又加號上都。忽必烈改蒙古王朝為元朝，採用漢法，建立年號，後來他又把統治中心移到金代所建的中都。這座城位於今北京舊城圈的西南側，是金代投入大量人力物力興建起來的，其中有些器材、物品還是由宋都開封與真定府(今河北正定)的潭園移來，可是半個多世紀以後即被蒙古騎兵所摧毀，又將中都改為燕京。這次忽必烈遷來，雖然復稱中都，實在名不副實，所以決心放棄舊城，另於舊城東北面興建新城，命名為大都。大都中心為舊城東北面的金代離宮(大寧宮)，因為離城較遠，未受到大的破壞。忽必烈南遷後也住在這裡；新城也仿中都舊制分為宮城、皇城、外城三圈，但規模比舊都大很多。
元大都的平面設計，可以說是最接近於我國古代一種理想的設計方案，除北面僅開二門外，東、南、西各開三門，內部中心為宮城，其外為皇城，再外則為大城。皇帝的祖廟叫太廟，在東側南門(齊化門)內路北；祭祀土神、穀神的地方為社稷壇，在西側南門(平則門)內的東北。重要衙署大都在皇城以南。中央部位的前方是朝廷，後方則為市場，尤其在鐘鼓樓附近，商品買賣十分熱鬧。據《析津志》記載，什麼面市、米市、鵝鴨市、珠子市、沙剌(珍寶、金、銀)市、鐵器市，應有盡有，甚至還有窮漢市、人市。可以看出，這樣的城市布局也是合於古代所謂前朝、後市、左祖、右社這些設計要求的。大都蒙語稱為「汗八里」，也就是「大汗之城」的意思。
元代對大都和上都城市的管理承襲了金代制度，設置了警巡院。這是一種「領(城市)民事及供需」的獨立城市行政建制。大都舊城即舊中都城仍劃分為62坊，大都新城先劃分為50坊，後增加到76坊，新舊二城共劃分為138坊。因城市規模大，警巡院由最初的兩個後來增加到三個。中期之後又增設分管大都城四隅的分院二個。每警巡院均置達魯花赤(元代專由蒙古人或色目人充任，以掌握一行政單位實權的總轄官)、警巡使、副使等官佐，負責各項行政事務。上都僅置警巡院一，其行政職能與大都諸警巡院相同。順便一提的是，在諸總管府及某些地位衝要的路沿城市還相應設置了錄事司，全國共100個。錄事司與警巡院的行政職能完全相同，只是行政職級較警巡院低一級。元代對102個城市實行專門行政管理，無論在中國城市發展史上還是在世界城市發展史上都是第一次，值得重視。