三國兩晉南北朝時期的正史地理志、州郡志，如《晉書·地理志》、《宋書·州郡志》、《南齊書·州郡志》、《魏書·地形志》等，均記載了大量地名，同樣也涉及了對地名淵源的解釋和地名沿革的說明。漢代之後，解釋地名淵源之風頓開。如曹魏如淳、孟康、張宴及三國吳韋昭均對《漢書·地理志》的某些地名作了解釋。如孟康釋汝南郡新息，「故息國，其後徙東，故加新雲」。釋吳房，「本房子國，楚靈王遷房於楚。吳王闔閭弟夫概奔楚，楚封於此，為堂谿〔xi溪〕氏。以封吳，故曰吳房，今吳房城堂谿亭是」。從而指出了因人事遷移使地名沿革變化的情況。張宴釋魏郡邯會，「漳水之別，自城西南與邯山之水會，今城旁猶有溝渠在也」。
此外，舉凡解釋地名淵源及沿革變化的輿地著作也日漸增多起來，如晉代《太康地記》及王隱的《晉地道記》，袁山松的《漢郡國志》，樂資的《九州要記》，張勃的《吳錄地理志》。這些著作雖多已亡佚，但從後世著作的徵引中亦可略見這些著作對地名解釋的情況。如《藝文類聚》引《晉地道記》說：「涼州城有卧龍形，故名卧龍城。」《太平御覽》引《晉地道記》：「幽州因幽都以為名。」《經典釋文》引《太康地記》：「徐州取徐丘為名」等等。當時的輿地著作僅常璩〔qu渠〕的《華陽國志》被完整地保存下來，其中解釋地名淵源達20餘處。
東晉初，地理學家郭璞研究地名淵源，認為是地名命名的空間差異和時間變化使地名研究變得異常困難：
凡山川或有同名而異實，或同實而異名，或一實而數名，似是而非，似非而是，且歷代久遠，古今變異，語有楚夏，名號不同，未得詳也。
因他用功甚勤，故頗多真知灼見。其研究成果主要保存在他所注釋的《爾雅·釋山》和《爾雅·釋水》中。如：
馬頰，河勢上廣下狹，狀如馬頰；
覆鬴〔fu釜〕，水中可居住而有狀如覆釜；
嶧，言(山)絡繹相聯屬。
南北朝時期的其他地理著作如北魏闞駰〔kanyin看因〕的《十三州志》、劉宋盛弘之的《荊州記》、宋齊間劉澄之的《宋永初山川記》、陳顧野王的《輿地誌》等也均含有對地名淵源的解釋。
關於域外地名的記述，則以東晉高僧法顯的《佛國記》(又稱《法顯傳》)內容較多。他從陸路取道今巴基斯坦等地進入印度，巡訪佛跡，記下許多重要地名，後由海道自今孟加拉灣，繞道師子國(今斯里蘭卡)，然後返回祖國。