東漢郡國名稱大體恢複西漢舊制，不過也有一些變動與增減。開國初期，由於戰亂以後人口銳減，所以並減較大，後來又逐漸增置，與西漢相比，值得重視的有以下各點：
西漢的13個刺史州僅是監察區，不是郡上的一級政區。後漢，特別是在黃巾起義階段，朝廷不派刺史而派權位很高的人去坐鎮某地，主管並處理州內的政務，稱為州牧，而不稱刺史，這樣牧即成了郡上一級的行政長官，從而形成了州、郡、縣的三級政區體系。
東漢朔方刺史部併入并州刺史部，可是又讓首都所在的司隸校尉部與州平行，所以西漢、東漢都保持有13部的名稱。
東漢建都於洛陽，以長安為西都，劉秀興起於南陽郡宛縣，以南陽作為南都，因而又有了三都的稱號。
前後漢時王國、侯國變動較大，撤建有所不同，有的名稱改變，有的境域調整，值得注意的東漢還有公國的設置，例如汝南郡有宋公國(在今安徽界首縣東北)，東郡有衛公國(在今河南清豐縣東南)，實際它們都和侯國轄境相似。
西漢時在邊疆地區設有屬國都尉，大體與郡同級。東漢安帝時在邊境地區設立了犍為、廣漢、蜀郡、張掖、居延及遼東六個屬國，其下大都領有縣或城，地位與郡相似，則和西漢不同。
西域與中原的聯繫在王莽時一度中斷，東漢時經過班超、班勇父子的銳意經營，聯繫得以恢複。班勇還寫了《西域傳》一文。當時取道於今吐魯番盆地的北線日趨重要，比西出陽關沙害較少，班勇曾任西域長史，有可能那時西域都護府已易名為西域長史府。